董仲舒的倫理學思想有一個非常突出的特點，就是強調“義利之辨”。孔孟主張重義輕利，並不是不要利，不談利。有利在前，先要衡量要了它是否合於義，確認符合於義，便可以取之。董仲舒把孔孟思想發展到極端，認為隻能談義，不能談利，主張“正其誼(義)不謀其利，明其道不計其功。”(《漢書·董仲舒傳》)就是隻追求道義，不謀求功利。他要人們把功利二字從心中抹掉，並不是真的不要功利。試想如果人人都隻追求道義，一心忠君孝親，全麵遵行三綱五常(仁義禮智信)，這不是最有利於君父、最有利於封建宗法君主製的國家嗎?所以，董仲舒是以義為利，以義求封建國家之大利。他的義利觀對宋明時代的儒者產生極大影響，他們讚賞董仲舒，提出“窒慾”，“存天理，滅人慾”的口號。董仲舒的思想在封建社會上升時期，也未見得合理(將君父與臣子，國家與個人的利益協調起來豈不更好?)，而在封建社會沒落時代更顯出壓製工商業發展和個性解放的反動作用。
綜觀董仲舒的理論體係，可以看到他提出的政治原則、道德準則，恰恰是漢王朝這個中國曆史上第一個封建宗法君主專製國家長期尋求的建國方略。他把國家組織和家族組織結合在一起，把儒家的仁禮與法家的刑政結合在一起，避免了孔孟的迂闊和韓非子的寡恩，使封建國家建立在穩固的基礎之上。這個體係對整個封建社會都是有意義的。影響之深遠隻有極少數人的體係能與之相比。有人認為董仲舒把孔子的道理歪曲了，如果沒有董仲舒，孔子之道將大行於天下。這是一種非常幼稚的看法。不可否認孔子思想的基本原則也適用於漢代，但它畢竟是春秋時代的產物，如果沒有董仲舒根據幾百年的曆史經驗和漢代實際情況對它重新解釋，它在漢代就不可能起作用。從西漢建國到董仲舒迴答武帝策問，其間經曆60多年，讀過《論語》的人成千上萬，為什麽沒有人把《論語》獻給高帝、惠帝、文帝、景帝去作為國家的根本指導思想?就因為單純的、未加解釋的《論語》不管用，經董仲舒解釋的《論語》才活了，才管用。因為有解釋，傳統才能存在，有改變，傳統才能延續。董仲舒在儒學發展史上是大有功的人物。
武帝“獨尊儒術”還隻是指出方向，儒術實際上被尊起來是宣帝、元帝時期的事情。特別是石渠閣會議之後，經學的地位達到最高點，今文經學成為國教，絕不容許有任何懷疑。一門學問發展到這種地步，它的生命也就停止了。在西漢後期，今文經學的粗劣變種讖緯經學出現。這種東西實際上是巫師、方士用宗教預言、符籙瑞應等附會儒家經典，影射政局的變化，王朝的興衰，權貴的命運等等，是赤裸裸的神學迷信。統治者倡導讖緯，表現了他們的精神空虛和腐敗沒落。這樣一來，經學就形成三大派：今文經學、古文經學、讖緯經學。東漢初年，統治者看到經學內部的意見分歧，影響人心與政局的穩定，於是由漢章帝出麵召集白虎觀會議，裁定經學的正宗理論。但是這次會議並未能實現經學的統一，欽定的權威反倒加速了經學的崩潰。
官方儒學——神學經學沒落了，但這並不意味整個儒學的沒落，相反的，它在神學經學之外萌發出勃勃生機。西漢末葉，揚雄不滿於讖緯和神學經學的荒誕無稽，試圖在經學之外恢複正統儒學。他吸收了黃老思想，仿照周易的模式，演繹出“太玄”的哲學體係，批評有神論，批評當時的苛政、奢侈以及外戚、宦官的專權等等。
揚雄認為，漢代的經學已經走偏了路，不再具有儒家實質，隻是虛有其表而已。好比羊披著虎皮，仍然是羊而不是虎。它見了草就高興，見了豺狼便發抖，忘了自己有一張虎皮。他對於當時活躍起來的道家、道教與其他各家也不滿意，頗多指摘。在他看來，隻有孔孟之道是正確的，所以他要學習孟子，對於當時的異端邪說來一番掃蕩廓清，使真正的儒學思想大行於天下。不過他也不主張全部照搬先秦儒家的東西，他自己便有因(繼承)有革(變革)地開創儒家理論的新局麵。他堅持以仁義為道德理想，以禮為行為準則，做人以孝為根本，為政以修身、教化為根本，為君子以學習與實踐聖賢之道為根本等等儒家思想。他在天命問題上與孔子、孟子都不一致，特別是反對董仲舒的目的論思想，認為天道是自然無為的，萬物都是自己發展變化，天在這裏並不做什麽。在人性論上，他既不同意董仲舒的性三品說，也不同意孟子的性善論，而提出自己的“善惡混”的思想。在他看來，人性中既有善，也有惡，兩個方麵混雜在一起，努力發揚性中之善就是善人，著意表演性中之惡就是惡人。這個理論與孟子性善論、荀子性惡論相比可以說各有所長，但是它否定等級，承認人性的普遍性，承認人人皆可為善，則顯然優於董仲舒的人性論。另外，揚雄哲學思辨的深度也顯然高過孔、孟、荀、董，他的《太玄經》提出的本體論思想，是魏晉玄學的重要思想資源。
東漢初年的王充，繼承揚雄的事業，高舉反對虛妄的旗幟，用元氣自然論批判神學目的論，同天人感應和讖緯迷信展開針鋒相對的鬥爭。對於他來說，天不是神，天和地一樣是自然的物體。天氣向下，地氣向上，它們在兩間交會，自然地又是偶然地產生出人和萬物，這裏完全沒有神意。天地既不能有意識地做什麽，也不能查知人事，所謂祥瑞、譴告純粹是偶然現象，決不是感應的結果。他積極倡導無神論，指出人的精神現象並不神秘，那是一種特殊物質——精氣活動的結果。精氣依附於血脈、形體。人死之後血脈竭、形體朽，精氣也就不存在了，正如火依賴於薪，薪盡則火滅一樣。形體朽，精神滅，所以人死無知，不能為鬼，更不能害人。王充尊重孔子和其他儒家聖賢，但認為他們是人不是神，堅決反對神學經學對他們的神化、妖化。他寫《問孔》《刺孟》，指出聖賢雖高於普通人，也難免犯錯誤，指出他們的錯誤是有益的。凡此種種都體現了儒家現實的和理性主義的思想光輝。
東漢後期，神學經學日益荒誕、繁瑣，特別是皇帝、外戚、宦官以及其他權貴，用他們自己的昏庸無道、窮奢極欲的行動，把儒家倫理道德破壞得幹幹淨淨，因此多數知識分子厭棄了神學經學。他們開闢新的路子，以學術研究的觀點對待儒家經典，他們不願出仕，寧願在野，而且大辦私學傳授自己的觀點。在這種客觀形勢和思想氛圍中，強大的社會批判思潮應運而生。這個思潮的代表人物是王符、崔寔〔shi拾〕、仲長統。他們把握儒家的社會政治和倫理道德的基本觀點，對當時社會現狀，春秋以來的曆史做現實的理性的分析，與神學經學家，即使是那些想救治社會疾病的神學經學家完全不同。王符認為，東漢的嚴重社會問題是奢侈性工商業畸形發展。豪強地主兼併土地，積累了巨萬家財，他們在生活上追求享樂，刺激了奢侈性工商業的發展，吸引很多人捨棄農桑，投身這一行業，結果虧了本業——農業，造成“一夫耕，百人食之，一婦桑，百人衣之”的局麵，於是種種社會病接踵而至：貧窮、竊盜、鎮壓……為挽救危機，他主張“崇本抑末”，重農桑，抑遊業。崔寔看到土地兼併的嚴重性，富戶有家財巨億，有田畝農夫，像個封君，另一麵窮人無立足之地，一家老小不得不為富人服役。他們的救治方案是，恢複井田，使人人都有田產。他們都認為最大的病根在於皇帝、外戚、宦官、大官僚腐朽墮落，為了一己私利破壞公法，破壞儒家倫理道德，從根本上動搖了王朝的基礎。皇帝起了極壞的作用，窮奢極欲，造成巨大的浪費;任人唯親，重用宦官，寵貴外戚，形成兩個極其貪婪邪惡的勢力。整個官僚體製又培養出大大小小奸邪昏庸的官僚。王符等人看到了王權的禍害，但囿於傳統觀念萌生不出民主意識，認為王權是必要的，但要用重民思想加以補充。但是整個製度的問題，豈是一種思想所能解決得了的?他們雖然開了很多藥方，到頭來也隻能眼看東漢政權走向覆滅的深淵。仲長統總結春秋以來各個王朝的發展趨勢，認為大體上有三個階段，一是興起階段，統治者打敗群雄，但立足未穩，所以勵精圖治，奮發向上;二是鞏固階段，尊卑上下關係已定，統治權力穩固，帝王隻須守成;三是崩潰階段，統治者迷信自己的政權，以為永遠不垮，於是腐化墮落，破壞道德法律，殘酷壓榨人民，這就蘊育著新的社會大動亂。他的發現是深刻的，可以適用於整個封建時代，但真正的藥方是沒有的，麵對東漢覆亡前的種種現象隻有哀嘆。
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綜觀董仲舒的理論體係，可以看到他提出的政治原則、道德準則，恰恰是漢王朝這個中國曆史上第一個封建宗法君主專製國家長期尋求的建國方略。他把國家組織和家族組織結合在一起，把儒家的仁禮與法家的刑政結合在一起，避免了孔孟的迂闊和韓非子的寡恩，使封建國家建立在穩固的基礎之上。這個體係對整個封建社會都是有意義的。影響之深遠隻有極少數人的體係能與之相比。有人認為董仲舒把孔子的道理歪曲了，如果沒有董仲舒，孔子之道將大行於天下。這是一種非常幼稚的看法。不可否認孔子思想的基本原則也適用於漢代，但它畢竟是春秋時代的產物，如果沒有董仲舒根據幾百年的曆史經驗和漢代實際情況對它重新解釋，它在漢代就不可能起作用。從西漢建國到董仲舒迴答武帝策問，其間經曆60多年，讀過《論語》的人成千上萬，為什麽沒有人把《論語》獻給高帝、惠帝、文帝、景帝去作為國家的根本指導思想?就因為單純的、未加解釋的《論語》不管用，經董仲舒解釋的《論語》才活了，才管用。因為有解釋，傳統才能存在，有改變，傳統才能延續。董仲舒在儒學發展史上是大有功的人物。
武帝“獨尊儒術”還隻是指出方向，儒術實際上被尊起來是宣帝、元帝時期的事情。特別是石渠閣會議之後，經學的地位達到最高點，今文經學成為國教，絕不容許有任何懷疑。一門學問發展到這種地步，它的生命也就停止了。在西漢後期，今文經學的粗劣變種讖緯經學出現。這種東西實際上是巫師、方士用宗教預言、符籙瑞應等附會儒家經典，影射政局的變化，王朝的興衰，權貴的命運等等，是赤裸裸的神學迷信。統治者倡導讖緯，表現了他們的精神空虛和腐敗沒落。這樣一來，經學就形成三大派：今文經學、古文經學、讖緯經學。東漢初年，統治者看到經學內部的意見分歧，影響人心與政局的穩定，於是由漢章帝出麵召集白虎觀會議，裁定經學的正宗理論。但是這次會議並未能實現經學的統一，欽定的權威反倒加速了經學的崩潰。
官方儒學——神學經學沒落了，但這並不意味整個儒學的沒落，相反的，它在神學經學之外萌發出勃勃生機。西漢末葉，揚雄不滿於讖緯和神學經學的荒誕無稽，試圖在經學之外恢複正統儒學。他吸收了黃老思想，仿照周易的模式，演繹出“太玄”的哲學體係，批評有神論，批評當時的苛政、奢侈以及外戚、宦官的專權等等。
揚雄認為，漢代的經學已經走偏了路，不再具有儒家實質，隻是虛有其表而已。好比羊披著虎皮，仍然是羊而不是虎。它見了草就高興，見了豺狼便發抖，忘了自己有一張虎皮。他對於當時活躍起來的道家、道教與其他各家也不滿意，頗多指摘。在他看來，隻有孔孟之道是正確的，所以他要學習孟子，對於當時的異端邪說來一番掃蕩廓清，使真正的儒學思想大行於天下。不過他也不主張全部照搬先秦儒家的東西，他自己便有因(繼承)有革(變革)地開創儒家理論的新局麵。他堅持以仁義為道德理想，以禮為行為準則，做人以孝為根本，為政以修身、教化為根本，為君子以學習與實踐聖賢之道為根本等等儒家思想。他在天命問題上與孔子、孟子都不一致，特別是反對董仲舒的目的論思想，認為天道是自然無為的，萬物都是自己發展變化，天在這裏並不做什麽。在人性論上，他既不同意董仲舒的性三品說，也不同意孟子的性善論，而提出自己的“善惡混”的思想。在他看來，人性中既有善，也有惡，兩個方麵混雜在一起，努力發揚性中之善就是善人，著意表演性中之惡就是惡人。這個理論與孟子性善論、荀子性惡論相比可以說各有所長，但是它否定等級，承認人性的普遍性，承認人人皆可為善，則顯然優於董仲舒的人性論。另外，揚雄哲學思辨的深度也顯然高過孔、孟、荀、董，他的《太玄經》提出的本體論思想，是魏晉玄學的重要思想資源。
東漢初年的王充，繼承揚雄的事業，高舉反對虛妄的旗幟，用元氣自然論批判神學目的論，同天人感應和讖緯迷信展開針鋒相對的鬥爭。對於他來說，天不是神，天和地一樣是自然的物體。天氣向下，地氣向上，它們在兩間交會，自然地又是偶然地產生出人和萬物，這裏完全沒有神意。天地既不能有意識地做什麽，也不能查知人事，所謂祥瑞、譴告純粹是偶然現象，決不是感應的結果。他積極倡導無神論，指出人的精神現象並不神秘，那是一種特殊物質——精氣活動的結果。精氣依附於血脈、形體。人死之後血脈竭、形體朽，精氣也就不存在了，正如火依賴於薪，薪盡則火滅一樣。形體朽，精神滅，所以人死無知，不能為鬼，更不能害人。王充尊重孔子和其他儒家聖賢，但認為他們是人不是神，堅決反對神學經學對他們的神化、妖化。他寫《問孔》《刺孟》，指出聖賢雖高於普通人，也難免犯錯誤，指出他們的錯誤是有益的。凡此種種都體現了儒家現實的和理性主義的思想光輝。
東漢後期，神學經學日益荒誕、繁瑣，特別是皇帝、外戚、宦官以及其他權貴，用他們自己的昏庸無道、窮奢極欲的行動，把儒家倫理道德破壞得幹幹淨淨，因此多數知識分子厭棄了神學經學。他們開闢新的路子，以學術研究的觀點對待儒家經典，他們不願出仕，寧願在野，而且大辦私學傳授自己的觀點。在這種客觀形勢和思想氛圍中，強大的社會批判思潮應運而生。這個思潮的代表人物是王符、崔寔〔shi拾〕、仲長統。他們把握儒家的社會政治和倫理道德的基本觀點，對當時社會現狀，春秋以來的曆史做現實的理性的分析，與神學經學家，即使是那些想救治社會疾病的神學經學家完全不同。王符認為，東漢的嚴重社會問題是奢侈性工商業畸形發展。豪強地主兼併土地，積累了巨萬家財，他們在生活上追求享樂，刺激了奢侈性工商業的發展，吸引很多人捨棄農桑，投身這一行業，結果虧了本業——農業，造成“一夫耕，百人食之，一婦桑，百人衣之”的局麵，於是種種社會病接踵而至：貧窮、竊盜、鎮壓……為挽救危機，他主張“崇本抑末”，重農桑，抑遊業。崔寔看到土地兼併的嚴重性，富戶有家財巨億，有田畝農夫，像個封君，另一麵窮人無立足之地，一家老小不得不為富人服役。他們的救治方案是，恢複井田，使人人都有田產。他們都認為最大的病根在於皇帝、外戚、宦官、大官僚腐朽墮落，為了一己私利破壞公法，破壞儒家倫理道德，從根本上動搖了王朝的基礎。皇帝起了極壞的作用，窮奢極欲，造成巨大的浪費;任人唯親，重用宦官，寵貴外戚，形成兩個極其貪婪邪惡的勢力。整個官僚體製又培養出大大小小奸邪昏庸的官僚。王符等人看到了王權的禍害，但囿於傳統觀念萌生不出民主意識，認為王權是必要的，但要用重民思想加以補充。但是整個製度的問題，豈是一種思想所能解決得了的?他們雖然開了很多藥方，到頭來也隻能眼看東漢政權走向覆滅的深淵。仲長統總結春秋以來各個王朝的發展趨勢，認為大體上有三個階段，一是興起階段，統治者打敗群雄，但立足未穩，所以勵精圖治，奮發向上;二是鞏固階段，尊卑上下關係已定，統治權力穩固，帝王隻須守成;三是崩潰階段，統治者迷信自己的政權，以為永遠不垮，於是腐化墮落，破壞道德法律，殘酷壓榨人民，這就蘊育著新的社會大動亂。他的發現是深刻的，可以適用於整個封建時代，但真正的藥方是沒有的，麵對東漢覆亡前的種種現象隻有哀嘆。
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