中央書記處這一時期多次召開會議，討論中央和國家機關的機構改革問題。一九八一年十月十五日，中央書記處會決議定中央機關機構改革由胡耀邦、趙紫陽主持，中央直屬機關機構改革由習仲勛牽頭，宋任窮、馮文彬、鄧力群等參加;國務院機關機構改革由萬裏牽頭，餘秋裏、穀牧、姚依林、袁寶華等參加。十一月九日，中央書記處決定由習仲勛、萬裏分別負責製定中直機關和國務院機構改革方案，提交中央書記處會議討論。習仲勛、萬裏組織力量，經過近兩周的艱苦工作，在前期工作的基礎上起草了《關於中直機關機構改革方案》和《關於國務院精簡機構和人員的意見》。十一月二十三日，中央書記處會議對這兩個文件草案進行了討論。二十七日，中央書記處會議又一次討論，基本同意兩個文件，決定提交中央政治局擴大會議討論。
一九八二年一月初，中共中央政治局討論中央機構精簡問題，原則同意《關於中直機關機構改革方案》和《關於國務院精簡機構和人員的意見》。在這次會上，鄧小平嚴肅指出：“如果不搞這場革命，讓黨和國家的組織繼續這樣的機構臃腫重疊，職責不清，許多人員不稱職、不負責，工作缺乏精力、知識和效率的狀況，這是不可能得到人民贊同的。”“這場革命不搞，讓老人、病人擋住比較年輕、有於勁、有能力的人路，不隻是四個現代化沒有希望，甚至於要涉及亡黨亡國的問題。”
一月二十八日，中央書記處再次討論中央機關的精簡問題，通過《中央書記處各同誌對精簡整編機構工作的分工》意見。中直機關由習仲勛總負責，馮文彬協助，負責的單位是中央辦公廳、中央調查部、中央書記處研究室、中央黨校、全國總工會、共青團中央、全國婦聯、全國人大常委會機關等。
這次中央機關機構改革的目的，是精簡機構、壓縮編製，建立正常的幹部離退休製度，使一批老同誌退下來，選拔一批年輕的幹部進入領導班子，實現幹部革命化、年輕化、知識化、專業化。習仲勛要求，中直機關幹部要從生產關係重大變革的角度來認識機構改革的重大意義。他指出，黨中央這個決心下得對，是一項戰略決策，具有深遠的曆史意義。精簡機構是一場深刻的革命，觸及到每個人。老同誌退下來也是革命。他說，退下來的老同誌於什麽?有的同誌精力還很充沛，有的同誌還有剩勇餘力，要“餘熱”利用，還可以為黨為人民做許多事情。
習仲勛對中直機關的幹部說，必須按照德才兼備的原則選拔十部，尤其是中青年幹部。所謂德，最主要的就是堅持社會主義道路和黨的領導。在這個前提下，幹部隊伍要年輕化、知識化、專業化。他還著重指出，要通過機構改革，採取適當的過渡辦法，逐步廢除幹部領導職務的終身製，建立有利於大量培養、選拔優秀的中青年幹部到各級領導崗位的新製度，保證我們黨和國家的事業繼往開來、持續發展。機構改革不僅要解決幹部年輕化的問題，而且要解決官僚主義、辦事拖拉、工作效率低的問題。因此，機構改革是適應曆史發展的客觀要求，合乎人民心願的一場深刻革命，絕不是簡單地為了撤併一些機構，減少幾個幹部。如果把機構改革看成僅僅是為了減少機構和工作人員，那就沒有認識到這次改革的根本目的和深淵意義。
中直機關機構改革方案經中央批準後，習仲勛一個單位一個單位地調查研究，按照單位的特點精心組織、分類指導、具體落實，他多次與部門領導和有關幹部談話，耐心細緻地做思想工作。
在全國總工會、共青團中央、全國婦聯機關的機構改革工作中，注意體現群眾團體的特點，進行分類指導，就很能說明習仲勛的工作風格。習仲勛在工作中非常注意從實際出發，按照具體情況開展工作。他認為，工會、共青團、婦聯是群眾組織，組織機構、人員配備、活動內容、工作製度、工作方法、工作作風等等，都要有利於密切聯繫群眾，充分反映群眾的意願和要求，維護群眾正當的權利和利益。他把機構改革方案和群眾組織單位的工作實際緊密地結合起來，要求工、青、婦“搞一個精簡的方案，搞一個精簡的機構，造成一個好傳統”，使它們真正成為群眾自己的組織。這三個群眾組織在習仲勛的直接指導下，機構得到精簡，領導班子得到加強，建立了一係列聯繫群眾的製度，形成了各具特色的工作特點。
從中央調查部機構改革的過程中，可以看出習仲勛工作的細緻和耐心。中央調查部在“文化大革命”中受到嚴重衝擊遺留問題比較多，機構改革難度較大。習仲勛為了很好地解決這個部的問題，先後同調查部的負責人羅青長、陳忠經、馮基平、王濤江等談話，做深入細緻的工作。一九八二年四月九日，在弄清情況的基礎上，他又與調查部的十二位領導幹部一起願談，因為有年齡偏大的幹部要退下來，所以還特別請中央組織部副部長趙振清一起聽取意見。
在座談會上，習仲勛首先肯定調查部的工作，他說，調查部勝中央的一個重要工作部門。長期以來，廣大幹部戰鬥在這條特殊的、隱蔽的戰線上，工作做得是好的，有很大成績，這一點一定要充分肯定。解放戰爭時期，熊向暉、陳忠經同誌在胡宗南那裏搞情報，熊向暉同誌鑽到了胡宗南的心髒，當了機要秘書，他很有才華，搞了很多重要情報。調查部班子的一個特點就是不少同誌長期從事情報工作，這是黨的寶貴財富。同時指出，情報工作專業性強，要有連續性，要一茬一茬接下去，解決接班問題對調查部來說更為重要，老同誌不退下來不行，要充實年輕同誌進入領導班子。他要求進班子的年輕同誌要有戰鬥的、生氣勃勃的精神，改進工作方法，提高工作效率，克服官僚主義。
隨後，習仲勛代表中央宣布了經中央書記處討論通過並經中共中央政治局常委批準的調查部新的領導班子成員。由於事前作做得細緻周到，退下來的幹部心平氣和，新進班子的幹部信心十足，得到了中央調查部幹部職工的擁護。
習仲勛特別叮囑新班子要處理好“文化大革命”中出現的一些問題。他說，調查部在“文化大革命”中多災多難，受苦很大。真正恢複過來是一九七五年鄧小平同誌主持中央工作調整調查部領導班子以後。在延安時康生管過這個部，“文化大革命”中他更沒有放過。部裏有人來信反映的情況大多數是真實的，都是在特定曆史條件下發生的問題。“文化大革命”情況那麽複雜，看一些同誌所犯的錯誤不能離開當時特殊曆史條件，那個時候周總理也不能硬頂。對有些問題，不要再糾纏了，不要揪住不放。有的人說了點錯話，做了點錯事;有的是違心地奉命辦事;有的可能想的不周到而犯了點錯誤。有錯誤不要緊，隻要勇於自我批評，善於聽取正確的批評，向群眾說清楚，群眾是會諒解的。這些同誌今後要嚴格要求自己，改造世界觀，爭取不犯或少犯錯誤。習仲勛這種實事求是、關心愛護幹部的工作方法，受到大家的讚揚。
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一九八二年一月初，中共中央政治局討論中央機構精簡問題，原則同意《關於中直機關機構改革方案》和《關於國務院精簡機構和人員的意見》。在這次會上，鄧小平嚴肅指出：“如果不搞這場革命，讓黨和國家的組織繼續這樣的機構臃腫重疊，職責不清，許多人員不稱職、不負責，工作缺乏精力、知識和效率的狀況，這是不可能得到人民贊同的。”“這場革命不搞，讓老人、病人擋住比較年輕、有於勁、有能力的人路，不隻是四個現代化沒有希望，甚至於要涉及亡黨亡國的問題。”
一月二十八日，中央書記處再次討論中央機關的精簡問題，通過《中央書記處各同誌對精簡整編機構工作的分工》意見。中直機關由習仲勛總負責，馮文彬協助，負責的單位是中央辦公廳、中央調查部、中央書記處研究室、中央黨校、全國總工會、共青團中央、全國婦聯、全國人大常委會機關等。
這次中央機關機構改革的目的，是精簡機構、壓縮編製，建立正常的幹部離退休製度，使一批老同誌退下來，選拔一批年輕的幹部進入領導班子，實現幹部革命化、年輕化、知識化、專業化。習仲勛要求，中直機關幹部要從生產關係重大變革的角度來認識機構改革的重大意義。他指出，黨中央這個決心下得對，是一項戰略決策，具有深遠的曆史意義。精簡機構是一場深刻的革命，觸及到每個人。老同誌退下來也是革命。他說，退下來的老同誌於什麽?有的同誌精力還很充沛，有的同誌還有剩勇餘力，要“餘熱”利用，還可以為黨為人民做許多事情。
習仲勛對中直機關的幹部說，必須按照德才兼備的原則選拔十部，尤其是中青年幹部。所謂德，最主要的就是堅持社會主義道路和黨的領導。在這個前提下，幹部隊伍要年輕化、知識化、專業化。他還著重指出，要通過機構改革，採取適當的過渡辦法，逐步廢除幹部領導職務的終身製，建立有利於大量培養、選拔優秀的中青年幹部到各級領導崗位的新製度，保證我們黨和國家的事業繼往開來、持續發展。機構改革不僅要解決幹部年輕化的問題，而且要解決官僚主義、辦事拖拉、工作效率低的問題。因此，機構改革是適應曆史發展的客觀要求，合乎人民心願的一場深刻革命，絕不是簡單地為了撤併一些機構，減少幾個幹部。如果把機構改革看成僅僅是為了減少機構和工作人員，那就沒有認識到這次改革的根本目的和深淵意義。
中直機關機構改革方案經中央批準後，習仲勛一個單位一個單位地調查研究，按照單位的特點精心組織、分類指導、具體落實，他多次與部門領導和有關幹部談話，耐心細緻地做思想工作。
在全國總工會、共青團中央、全國婦聯機關的機構改革工作中，注意體現群眾團體的特點，進行分類指導，就很能說明習仲勛的工作風格。習仲勛在工作中非常注意從實際出發，按照具體情況開展工作。他認為，工會、共青團、婦聯是群眾組織，組織機構、人員配備、活動內容、工作製度、工作方法、工作作風等等，都要有利於密切聯繫群眾，充分反映群眾的意願和要求，維護群眾正當的權利和利益。他把機構改革方案和群眾組織單位的工作實際緊密地結合起來，要求工、青、婦“搞一個精簡的方案，搞一個精簡的機構，造成一個好傳統”，使它們真正成為群眾自己的組織。這三個群眾組織在習仲勛的直接指導下，機構得到精簡，領導班子得到加強，建立了一係列聯繫群眾的製度，形成了各具特色的工作特點。
從中央調查部機構改革的過程中，可以看出習仲勛工作的細緻和耐心。中央調查部在“文化大革命”中受到嚴重衝擊遺留問題比較多，機構改革難度較大。習仲勛為了很好地解決這個部的問題，先後同調查部的負責人羅青長、陳忠經、馮基平、王濤江等談話，做深入細緻的工作。一九八二年四月九日，在弄清情況的基礎上，他又與調查部的十二位領導幹部一起願談，因為有年齡偏大的幹部要退下來，所以還特別請中央組織部副部長趙振清一起聽取意見。
在座談會上，習仲勛首先肯定調查部的工作，他說，調查部勝中央的一個重要工作部門。長期以來，廣大幹部戰鬥在這條特殊的、隱蔽的戰線上，工作做得是好的，有很大成績，這一點一定要充分肯定。解放戰爭時期，熊向暉、陳忠經同誌在胡宗南那裏搞情報，熊向暉同誌鑽到了胡宗南的心髒，當了機要秘書，他很有才華，搞了很多重要情報。調查部班子的一個特點就是不少同誌長期從事情報工作，這是黨的寶貴財富。同時指出，情報工作專業性強，要有連續性，要一茬一茬接下去，解決接班問題對調查部來說更為重要，老同誌不退下來不行，要充實年輕同誌進入領導班子。他要求進班子的年輕同誌要有戰鬥的、生氣勃勃的精神，改進工作方法，提高工作效率，克服官僚主義。
隨後，習仲勛代表中央宣布了經中央書記處討論通過並經中共中央政治局常委批準的調查部新的領導班子成員。由於事前作做得細緻周到，退下來的幹部心平氣和，新進班子的幹部信心十足，得到了中央調查部幹部職工的擁護。
習仲勛特別叮囑新班子要處理好“文化大革命”中出現的一些問題。他說，調查部在“文化大革命”中多災多難，受苦很大。真正恢複過來是一九七五年鄧小平同誌主持中央工作調整調查部領導班子以後。在延安時康生管過這個部，“文化大革命”中他更沒有放過。部裏有人來信反映的情況大多數是真實的，都是在特定曆史條件下發生的問題。“文化大革命”情況那麽複雜，看一些同誌所犯的錯誤不能離開當時特殊曆史條件，那個時候周總理也不能硬頂。對有些問題，不要再糾纏了，不要揪住不放。有的人說了點錯話，做了點錯事;有的是違心地奉命辦事;有的可能想的不周到而犯了點錯誤。有錯誤不要緊，隻要勇於自我批評，善於聽取正確的批評，向群眾說清楚，群眾是會諒解的。這些同誌今後要嚴格要求自己，改造世界觀，爭取不犯或少犯錯誤。習仲勛這種實事求是、關心愛護幹部的工作方法，受到大家的讚揚。
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