在平息平涼、固原匪患的過程中，根據中共中央和習仲勛的有關指示，西北軍政委員會及時派出慰問團慰問群眾，發放救災款，派醫療隊給群眾療傷治病。同時，西北軍政委員會公安部和平涼專署具體擬定了剿匪的政策和策略，首先在迴漢群眾中揭露匪特，解釋人民政府的民族政策，實行先在漢族地區剿匪，公開鎮壓挑撥民族仇殺的漢族匪特頭子;在迴民地區暫以防禦為主，緩和民族矛盾，改善迴漢民族關係，把群眾和土匪嚴格區分開來，堅決保護群眾、特別是少數民族群眾，實行剿撫結合。在工作中，區分不同性質的問題，對官僚主義造成的問題，不要同土匪特務問題混為一談，主動爭取和團結一切可能同我們合作的人，包括地主、阿訇、喇嘛、王公、千百戶等等，甚至爭取已經脫離敵人組織、今天不再反對我們的敵特人員。當時所採取的這些措施，緊緊圍繞著民族問題這個核心，把複雜的矛盾層層解開，集中打擊了一小撮匪特。當地政府又積極“做好群眾工作，大力發揚民主，誠懇地徵求迴漢各界人民的意見，糾正與改進過去一切工作中所發生的偏向與缺點，加強和群眾聯繫，整頓幹部作風”，迅速穩定了形勢，取得了剿匪鬥爭的勝利。
與此同時，寧夏、青海和新疆等地的剿匪鬥爭也取得了重大勝利。八月二十七日，西北軍區司令部致電彭德懷、習仲助，報告青海軍區剿匪部隊所取得的勝利。正在出席中共中央西北局常委會議的彭德懷、習仲勛十分高興，立即複電：“我一軍一部追剿惡匪馬虎臣、馬文英、馬禎、冶青祥等，已殲其大部，甚快甚慰!該匪是互助、門源、祁連、民樂、永昌間祁連山南端最大一股政治土匪，並望一、三兩軍進剿部隊繼續努力，克服困難(進山部隊帶皮衣棉衣)，徹底幹淨、一個不留的捕捉散匪。”
到一九五一年底，西北地區的剿匪鬥爭取得階段性勝利，幾百支大的股匪已基本消滅，隻有少數漏網匪首和慣匪還在甘青新、甘青川和甘青交界的山區活動。這些土匪的匪首多是馬步芳部的舊軍官，同台灣國民黨保持著聯繫，其中有的為匪數十年，殺人成性;有的是部落頭人，為了維護自己的統治和既得利益，繼續為匪作惡。他們挑唆民族關係，裹脅群眾，與人民政府為敵。習仲勛對繼續解決這部分政治土匪十分重視，西北軍區有關匪情的電報，他每報必讀，對一些重要的都及時作出指示，提出要求，轉有關部門落實，有的還及時上報中共中央和政務院。對西吉事件和阿木去乎問題，他處置果斷，措施得力，使事件盡快得以平息。
甘肅的西吉、海原、固原和隆德四個縣(四縣今屬寧夏迴族自治區)，是迴漢民族聚居地，數百年來民族糾紛不斷。一九五〇年春平涼叛亂平息後，以馬國瑗(西吉沙溝教主之於)、馬國璉(隆德新店教主之子)和楊枝雲(海原韭菜坪教主)為首的一部分少數民族上層人士，受國民黨特務分子的煽動，網羅了三百多名地主、惡霸、慣匪和國民黨殘留軍政人員，以道堂、寺院為基地，打著“保迴保教”的旗號，提出“依靠地主，團結富農，不管中農，打倒貧農”的主張，叫囂“前方細菌戰(指韓戰)，後方斧頭幹”。一九五二年四月初，他們再次煽動數千人叛亂，波及四個縣的六十六個鄉，裹脅群眾上萬人，攻打區鄉政府和西吉縣城，搶劫公糧一百多萬斤，破壞電桿電線八十多裏。
叛亂發生後，習仲勛和張治中立即指示平涼軍分區和地委、專署負責人深入各縣，具體領導防匪剿匪工作，在軍事進剿的同時爭取群眾、孤立匪首。西北軍政委員會再次派出慰問團，慰問在叛亂中受傷害的迴漢群眾，召開各界人士座談會和群眾大會，“傳達軍政委員會對他們的關懷與慰問”，“講明平息匪亂的各項政策與有關救濟、醫療的原則，以及人民政府的民族政策等”，迅速發放救濟款，幫助群眾恢複生產。習仲勛還指示中共中央西北局宣傳部和中共甘肅省委及時“駁斥敵人，揭穿敵人的叛亂陰謀，用向匪區發傳單及召開群眾會的辦法宣傳之”。
武裝叛亂的主力被剿匪部隊擊潰後，匪首馬國瑗、楊枝雲等帶著少數殘匪繼續流竄，企圖東山再起。少數阿訇及地主也在暗中活動，秘密開會，製造謠言，散布“大爺再有口喚，還不得不去”的言論，恫嚇威脅群眾。針對這種情況，習仲勛指示要充分發揮少數民族上層人士的作用來平息匪亂。他在幾十年後迴憶說：當時單憑“武的不行。甘肅有個大教主叫馬震武，他一句話可以煽動迴族群眾起來叛亂，一句話也可以把這個叛亂平息下去。他能起到我們一個黨員所起不到的作用”。習仲勛親赴蘭州，分別找中共甘肅省委副書記孫作賓和馬震武談話，指出：“對叛亂的民族上層分子，‘隻看現在，不問過去。哪怕他昨天還拿槍和我們對抗，隻要今天放下武器，投向人民，就可以寬大處理’的‘來降免死’政策。”之後，馬震武同孫作賓深人西吉灘，“用黨的寬大政策招降了馬國瑗，其他大小匪首也隨之全部投降。至此，西吉叛亂始告平息”。
在甘青川邊界的剿匪中，習仲勛注意發揮藏族上層人士黃正清的作用，收到了很好的效果。抗美援朝戰爭爆發後，馬步芳、馬鴻逵的殘部馬良、馬元祥等人，聚集在甘青川交界處夏河縣南部的藏族部落阿木去乎，企圖利用民族和宗教問題，把這一地區變成所謂“陸上台灣”，迎接蔣介石反攻大陸。國民黨台灣當局還委任馬良為“中華反共救國軍第一〇三路司令”，馬元祥為“第一〇二路司令”，十多次為他們空投特務和武器彈藥。一九五二年四月中旬，這股反動武裝糾集千餘人，圍攻地方政府，煽動藏民部落叛亂。
當時，許多部落頭人受馬良、馬元祥的矇騙和收買，與人民政府為敵。阿木去乎地域遼闊，多是樹林和草原，匪特憑藉這些條件猖獗活動。習仲勛和西北軍政委員會決定，先進行政治爭取，即組成甘南藏區訪問團，由藏族上層人士黃正清任總劇長，前往阿木去乎開展宣傳和政治爭取工作。有些人對任用黃正清顧慮重重，而習仲勛對黃正清充分信任，多方做解釋工作。訪問團臨行前，習仲勛關切地對黃正清說：“你是總團長，任務繁重，相信你會圓滿完成任務的!希望你大膽工作，不要有什麽顧慮。有什麽困難和問題，隨時給我打招唿。”黃正清沒有辜負習仲勛的期望，“按照習書記交待的辦法”，深入甘南藏區，向頭人、宗教人士和廣大群眾宣傳黨的方針政策，開展團結教育工作，使大部分藏族部落疏遠了馬良和馬元祥。之後，習仲勛和中共中央西北局、西北軍區按照中共中央和中央軍委的指示精神，進行較大規模的軍事進剿，成立甘青剿匪指揮部，任命黃正清為第三副司令員。出發前，習仲勛為黃正清餞行，並送他一支小手槍，叮囑說：“帶上它好護身，組織相信你能完成任務”，同時授受他應對國民黨特務拉攏的策略。黃正清十分感激習仲勛的關懷和信任，在剿匪中不辱使命，發揮了重要的作用。由於方法得當，策略正確，阿木去乎叛亂很快得以平息。
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與此同時，寧夏、青海和新疆等地的剿匪鬥爭也取得了重大勝利。八月二十七日，西北軍區司令部致電彭德懷、習仲助，報告青海軍區剿匪部隊所取得的勝利。正在出席中共中央西北局常委會議的彭德懷、習仲勛十分高興，立即複電：“我一軍一部追剿惡匪馬虎臣、馬文英、馬禎、冶青祥等，已殲其大部，甚快甚慰!該匪是互助、門源、祁連、民樂、永昌間祁連山南端最大一股政治土匪，並望一、三兩軍進剿部隊繼續努力，克服困難(進山部隊帶皮衣棉衣)，徹底幹淨、一個不留的捕捉散匪。”
到一九五一年底，西北地區的剿匪鬥爭取得階段性勝利，幾百支大的股匪已基本消滅，隻有少數漏網匪首和慣匪還在甘青新、甘青川和甘青交界的山區活動。這些土匪的匪首多是馬步芳部的舊軍官，同台灣國民黨保持著聯繫，其中有的為匪數十年，殺人成性;有的是部落頭人，為了維護自己的統治和既得利益，繼續為匪作惡。他們挑唆民族關係，裹脅群眾，與人民政府為敵。習仲勛對繼續解決這部分政治土匪十分重視，西北軍區有關匪情的電報，他每報必讀，對一些重要的都及時作出指示，提出要求，轉有關部門落實，有的還及時上報中共中央和政務院。對西吉事件和阿木去乎問題，他處置果斷，措施得力，使事件盡快得以平息。
甘肅的西吉、海原、固原和隆德四個縣(四縣今屬寧夏迴族自治區)，是迴漢民族聚居地，數百年來民族糾紛不斷。一九五〇年春平涼叛亂平息後，以馬國瑗(西吉沙溝教主之於)、馬國璉(隆德新店教主之子)和楊枝雲(海原韭菜坪教主)為首的一部分少數民族上層人士，受國民黨特務分子的煽動，網羅了三百多名地主、惡霸、慣匪和國民黨殘留軍政人員，以道堂、寺院為基地，打著“保迴保教”的旗號，提出“依靠地主，團結富農，不管中農，打倒貧農”的主張，叫囂“前方細菌戰(指韓戰)，後方斧頭幹”。一九五二年四月初，他們再次煽動數千人叛亂，波及四個縣的六十六個鄉，裹脅群眾上萬人，攻打區鄉政府和西吉縣城，搶劫公糧一百多萬斤，破壞電桿電線八十多裏。
叛亂發生後，習仲勛和張治中立即指示平涼軍分區和地委、專署負責人深入各縣，具體領導防匪剿匪工作，在軍事進剿的同時爭取群眾、孤立匪首。西北軍政委員會再次派出慰問團，慰問在叛亂中受傷害的迴漢群眾，召開各界人士座談會和群眾大會，“傳達軍政委員會對他們的關懷與慰問”，“講明平息匪亂的各項政策與有關救濟、醫療的原則，以及人民政府的民族政策等”，迅速發放救濟款，幫助群眾恢複生產。習仲勛還指示中共中央西北局宣傳部和中共甘肅省委及時“駁斥敵人，揭穿敵人的叛亂陰謀，用向匪區發傳單及召開群眾會的辦法宣傳之”。
武裝叛亂的主力被剿匪部隊擊潰後，匪首馬國瑗、楊枝雲等帶著少數殘匪繼續流竄，企圖東山再起。少數阿訇及地主也在暗中活動，秘密開會，製造謠言，散布“大爺再有口喚，還不得不去”的言論，恫嚇威脅群眾。針對這種情況，習仲勛指示要充分發揮少數民族上層人士的作用來平息匪亂。他在幾十年後迴憶說：當時單憑“武的不行。甘肅有個大教主叫馬震武，他一句話可以煽動迴族群眾起來叛亂，一句話也可以把這個叛亂平息下去。他能起到我們一個黨員所起不到的作用”。習仲勛親赴蘭州，分別找中共甘肅省委副書記孫作賓和馬震武談話，指出：“對叛亂的民族上層分子，‘隻看現在，不問過去。哪怕他昨天還拿槍和我們對抗，隻要今天放下武器，投向人民，就可以寬大處理’的‘來降免死’政策。”之後，馬震武同孫作賓深人西吉灘，“用黨的寬大政策招降了馬國瑗，其他大小匪首也隨之全部投降。至此，西吉叛亂始告平息”。
在甘青川邊界的剿匪中，習仲勛注意發揮藏族上層人士黃正清的作用，收到了很好的效果。抗美援朝戰爭爆發後，馬步芳、馬鴻逵的殘部馬良、馬元祥等人，聚集在甘青川交界處夏河縣南部的藏族部落阿木去乎，企圖利用民族和宗教問題，把這一地區變成所謂“陸上台灣”，迎接蔣介石反攻大陸。國民黨台灣當局還委任馬良為“中華反共救國軍第一〇三路司令”，馬元祥為“第一〇二路司令”，十多次為他們空投特務和武器彈藥。一九五二年四月中旬，這股反動武裝糾集千餘人，圍攻地方政府，煽動藏民部落叛亂。
當時，許多部落頭人受馬良、馬元祥的矇騙和收買，與人民政府為敵。阿木去乎地域遼闊，多是樹林和草原，匪特憑藉這些條件猖獗活動。習仲勛和西北軍政委員會決定，先進行政治爭取，即組成甘南藏區訪問團，由藏族上層人士黃正清任總劇長，前往阿木去乎開展宣傳和政治爭取工作。有些人對任用黃正清顧慮重重，而習仲勛對黃正清充分信任，多方做解釋工作。訪問團臨行前，習仲勛關切地對黃正清說：“你是總團長，任務繁重，相信你會圓滿完成任務的!希望你大膽工作，不要有什麽顧慮。有什麽困難和問題，隨時給我打招唿。”黃正清沒有辜負習仲勛的期望，“按照習書記交待的辦法”，深入甘南藏區，向頭人、宗教人士和廣大群眾宣傳黨的方針政策，開展團結教育工作，使大部分藏族部落疏遠了馬良和馬元祥。之後，習仲勛和中共中央西北局、西北軍區按照中共中央和中央軍委的指示精神，進行較大規模的軍事進剿，成立甘青剿匪指揮部，任命黃正清為第三副司令員。出發前，習仲勛為黃正清餞行，並送他一支小手槍，叮囑說：“帶上它好護身，組織相信你能完成任務”，同時授受他應對國民黨特務拉攏的策略。黃正清十分感激習仲勛的關懷和信任，在剿匪中不辱使命，發揮了重要的作用。由於方法得當，策略正確，阿木去乎叛亂很快得以平息。
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