袁的病開始於5月27日，在此以前袁已心疲力竭，27日發病時，來勢很猛，其家屬乃急延中醫劉竺笙、蕭龍友會診，但無效果。29日湖南獨立，袁左右本不打算讓袁知道，可是袁在病中仍逐日召集榻前會議，躬親處理文電，所以無法瞞他。
6月2日袁命張一麐打電報給老朋友徐世昌，這時徐已歸隱河南輝縣，袁請他立即到北京來見最後一麵。徐於6月5日抵京，立即趕到總統府，袁仰臥病榻，有氣無力，喘得很厲害，顫氣地說：“菊人，來得……好，來……得好，我……已是不中用……了。”
徐世昌和袁締交最久，40年的好朋友，不論公誼和私交都相處甚歡，這時見到袁垂危的病容，也不禁老淚縱橫。他悄悄背過身去試了眼淚，然後輕輕地說：“總統不必焦心，好好養幾天就會好的。”袁卻搖搖頭閉了眼睛，眼角旁流下了一大顆眼淚。原來先一天袁已病勢加劇，總統府急請法國公使館醫官卜西爾診視病狀，卜西爾診視結果，確定為尿毒症，加以神經衰弱，肝火湧塞，病入膏肓，斷定已難挽救。到5日，袁的精神越為不濟，卜西爾替袁打了一針“強心針”，袁的神誌才略為清醒，正巧徐世昌來了，可是不久袁又陷於昏迷狀態。
在袁最後彌留時，口中斷斷續續地說出了“他害了我”四個字，這好像是他最後的遺言。是誰害了他？他的兒子嗎？還是他的朋友或是部下呢？袁死後這一句話以訛傳訛，竟說成是革命黨以40萬金賄賂法籍醫生卜西爾給袁打了一支毒針，所以袁打針後喃喃說：
“他害死了我”一句話。這當然是無稽之謠，然而袁這句話的真意則和他的去世而埋葬了。
民國5年6月6日清晨3時，袁終於斷了氣，這位亂世奸雄，清末民初兩個時代的重要人物，終於和人世永別了。
袁死後發表遺令如下：
“民國成立，五載於茲。本大總統忝膺國民付託之重，徒以德薄能鮮，心餘力絀，於救國救民之素願，愧未能發攄萬一。溯自就任以來，晝作夜息，殫勤擘畫，雖國基未固，民困未蘇，應革應興，萬端待理；而賴我官吏將士之力，得使各省秩序粗就安寧，列強邦交克臻輯治，撫衷稍慰，懷疚仍多。方期及時引退，得以休養林泉，遂我初服；不意感疾，寖至彌留。顧念國事至重，寄託必須得人，依《約法》第二十九條，大總統因故去職，或不能視事時，副總統代行其職權。本大總統遵照《約法》，宣告以副總統黎元洪代行中華民國大總統職權。副總統忠厚仁明，必能宏濟時艱，奠安大局，以補本大總統闕失，而慰全國人民之望。所有京外文武官吏，以及軍警士民，尤當共念國步艱難，維持秩序，力保治安，專以國家為重。昔人有言：‘惟生者能自強，則死者為不死’，本大總統猶此誌也，中華民國五年五月六日。國務卿陸軍，總長段祺瑞。外交總長、交通總長曹汝霖，內務總長王揖唐。財政總長周自齊。海軍總長劉冠雄。司法總長、農商總長章宗祥。教育總長張國淦。”
袁死後，張一麐在他辦公桌的抽屜中發現了他親筆自撰的輓聯：
為日本去一大敵；
看中國再造共和。
這是袁留以自挽的最後遺筆，但他真的是日本大敵嗎？
有好事者對袁自稱帝以至失敗而死一幕醜劇戲為輓聯雲：
病起六君子；（此指洪憲六君子為禍首）
命送二陳湯！（二陳指陳宦、陳樹藩，一湯指湯薌銘）洪憲六君子之首，帝製罪魁的楊度挽袁聯雲：
民國誤共和，共和未誤民國，千載而還再平是獄；明公負君憲，君憲未負明公，九泉之下三複斯言。
袁易簣前託孤寄命的共有四位要人，是段祺瑞、王士珍、張鎮芳、徐世昌，還有“太子”袁克定也在病榻旁。徐世昌看袁是不行了，乃輕聲地說，“總統有什麽交代？”
袁眨著慘白的眼光，上氣不接下氣，口中隻說出了“約法”兩個字，可是《約法》有新有舊的，袁所指的是新是舊呢？接受遺命的都有點茫然。舊《約法》規定總統不能行使職權時，由副總統繼任總統。這是護國軍方麵堅持的。可是這個舊《約法》已被袁廢止了。新《約法》是袁自己製定的，關於繼任總統問題，規定由現任總統提名三人，寫在一張名單上，藏之金匱石屋，俟總統死後取出來，在三位候選人中決選一人繼任總統，這意思是避免大家競爭。金匱石屋的鑰匙有三把，由總統、總理、參議院長各執其一，三把鑰匙中需要有兩把配合起來才能把“石屋”打開。
當袁說出“約法”兩字而大家都感到茫茫困惑的時候，袁克定搶著補充一句話：
“金匱石屋”。大家把臉轉了過來看袁，袁則似點頭非點頭，口裏已經說不出話來了。
袁死後大家打開石屋一看，總統繼承人的名單上寫著三個名字，順序排列是：
黎元洪、徐世昌、段祺瑞。
段祺瑞這個名字原來寫的是袁克定，袁克定也知道這迴事，所以才提議“金匱石屋”。
怎知袁病重時卻瞞著兒子改為段祺瑞，而袁克定還蒙在鼓裏。袁為什麽要在死生俄頃之際修改名單呢？是不是“人之將死，其言也善！”其實這是袁高明之處，他知道他已眾叛親離，還要人擁立他的兒子，豈不是癡人說夢，而他的皇帝位子都保不住，怎能還有家天下的思想。在他最後一段政治生命中，他一手建立的北洋軍係對他都不忠順，他怎敢希望北洋諸將會擁護他的兒子！所以他死前及時把袁克定改為段祺瑞。
袁雖是6月6日清晨去世，但不省人事則是6月5日，6月5日這天正是陰曆端午節，由於袁被人稱為癩蛤蟆，於此遂又得一證明，因為俗語有“癩蛤蟆難過端午節”。
袁斷氣時，家人環哭，哭得最不悲痛的，是袁克定，因為袁克定關心的是金匱石屋中的總統候選名單。
袁死後北京政府特派曹汝霖、周自齊、袁乃寬為大喪典禮承辦員，喪禮條目凡十三條，奠祭事項八條。
喪禮議定條目：（一）各官署、軍營、軍艦、海關下半旗二十七日，出殯日下半旗一日，靈櫬駐在所亦下半旗，至出殯日為止。（二）文武官吏停止宴會二十七日。（三）民間輟樂七日，及國民追悼日，各輟樂一日。（四）文官左臂纏黑紗二十七日。（五）武官及兵士於左臂及刀柄上纏黑紗二十七日。（六）官署公文封麵、紙麵用黑邊，寬約五分，亦二十七日。（七）官署公文書蓋用黑色印泥二十七日。（八）官報封麵亦用黑邊二十七日。（九）自殯奠之後一日起，至釋服日止，在京文武各機關，除公祭外，按日輪班前往行禮，京外大員有來京者，即以到日隨本日輪班機關前往行禮。（十）各省及特別行政區域，與駐外使館，自接電日起，擇公共處所，由長官率同僚屬，設案望祭凡七日。（十一）出殯之日，鳴炮一百零八響，官署、民間均輟樂一日。京師學校均於是日輟課。（十二）新華公府置黑邊素紙簽名簿二本，一備外交團簽名用，一備中外官紳簽名用。（十三）軍隊分班至新華門舉槍致敬。
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6月2日袁命張一麐打電報給老朋友徐世昌，這時徐已歸隱河南輝縣，袁請他立即到北京來見最後一麵。徐於6月5日抵京，立即趕到總統府，袁仰臥病榻，有氣無力，喘得很厲害，顫氣地說：“菊人，來得……好，來……得好，我……已是不中用……了。”
徐世昌和袁締交最久，40年的好朋友，不論公誼和私交都相處甚歡，這時見到袁垂危的病容，也不禁老淚縱橫。他悄悄背過身去試了眼淚，然後輕輕地說：“總統不必焦心，好好養幾天就會好的。”袁卻搖搖頭閉了眼睛，眼角旁流下了一大顆眼淚。原來先一天袁已病勢加劇，總統府急請法國公使館醫官卜西爾診視病狀，卜西爾診視結果，確定為尿毒症，加以神經衰弱，肝火湧塞，病入膏肓，斷定已難挽救。到5日，袁的精神越為不濟，卜西爾替袁打了一針“強心針”，袁的神誌才略為清醒，正巧徐世昌來了，可是不久袁又陷於昏迷狀態。
在袁最後彌留時，口中斷斷續續地說出了“他害了我”四個字，這好像是他最後的遺言。是誰害了他？他的兒子嗎？還是他的朋友或是部下呢？袁死後這一句話以訛傳訛，竟說成是革命黨以40萬金賄賂法籍醫生卜西爾給袁打了一支毒針，所以袁打針後喃喃說：
“他害死了我”一句話。這當然是無稽之謠，然而袁這句話的真意則和他的去世而埋葬了。
民國5年6月6日清晨3時，袁終於斷了氣，這位亂世奸雄，清末民初兩個時代的重要人物，終於和人世永別了。
袁死後發表遺令如下：
“民國成立，五載於茲。本大總統忝膺國民付託之重，徒以德薄能鮮，心餘力絀，於救國救民之素願，愧未能發攄萬一。溯自就任以來，晝作夜息，殫勤擘畫，雖國基未固，民困未蘇，應革應興，萬端待理；而賴我官吏將士之力，得使各省秩序粗就安寧，列強邦交克臻輯治，撫衷稍慰，懷疚仍多。方期及時引退，得以休養林泉，遂我初服；不意感疾，寖至彌留。顧念國事至重，寄託必須得人，依《約法》第二十九條，大總統因故去職，或不能視事時，副總統代行其職權。本大總統遵照《約法》，宣告以副總統黎元洪代行中華民國大總統職權。副總統忠厚仁明，必能宏濟時艱，奠安大局，以補本大總統闕失，而慰全國人民之望。所有京外文武官吏，以及軍警士民，尤當共念國步艱難，維持秩序，力保治安，專以國家為重。昔人有言：‘惟生者能自強，則死者為不死’，本大總統猶此誌也，中華民國五年五月六日。國務卿陸軍，總長段祺瑞。外交總長、交通總長曹汝霖，內務總長王揖唐。財政總長周自齊。海軍總長劉冠雄。司法總長、農商總長章宗祥。教育總長張國淦。”
袁死後，張一麐在他辦公桌的抽屜中發現了他親筆自撰的輓聯：
為日本去一大敵；
看中國再造共和。
這是袁留以自挽的最後遺筆，但他真的是日本大敵嗎？
有好事者對袁自稱帝以至失敗而死一幕醜劇戲為輓聯雲：
病起六君子；（此指洪憲六君子為禍首）
命送二陳湯！（二陳指陳宦、陳樹藩，一湯指湯薌銘）洪憲六君子之首，帝製罪魁的楊度挽袁聯雲：
民國誤共和，共和未誤民國，千載而還再平是獄；明公負君憲，君憲未負明公，九泉之下三複斯言。
袁易簣前託孤寄命的共有四位要人，是段祺瑞、王士珍、張鎮芳、徐世昌，還有“太子”袁克定也在病榻旁。徐世昌看袁是不行了，乃輕聲地說，“總統有什麽交代？”
袁眨著慘白的眼光，上氣不接下氣，口中隻說出了“約法”兩個字，可是《約法》有新有舊的，袁所指的是新是舊呢？接受遺命的都有點茫然。舊《約法》規定總統不能行使職權時，由副總統繼任總統。這是護國軍方麵堅持的。可是這個舊《約法》已被袁廢止了。新《約法》是袁自己製定的，關於繼任總統問題，規定由現任總統提名三人，寫在一張名單上，藏之金匱石屋，俟總統死後取出來，在三位候選人中決選一人繼任總統，這意思是避免大家競爭。金匱石屋的鑰匙有三把，由總統、總理、參議院長各執其一，三把鑰匙中需要有兩把配合起來才能把“石屋”打開。
當袁說出“約法”兩字而大家都感到茫茫困惑的時候，袁克定搶著補充一句話：
“金匱石屋”。大家把臉轉了過來看袁，袁則似點頭非點頭，口裏已經說不出話來了。
袁死後大家打開石屋一看，總統繼承人的名單上寫著三個名字，順序排列是：
黎元洪、徐世昌、段祺瑞。
段祺瑞這個名字原來寫的是袁克定，袁克定也知道這迴事，所以才提議“金匱石屋”。
怎知袁病重時卻瞞著兒子改為段祺瑞，而袁克定還蒙在鼓裏。袁為什麽要在死生俄頃之際修改名單呢？是不是“人之將死，其言也善！”其實這是袁高明之處，他知道他已眾叛親離，還要人擁立他的兒子，豈不是癡人說夢，而他的皇帝位子都保不住，怎能還有家天下的思想。在他最後一段政治生命中，他一手建立的北洋軍係對他都不忠順，他怎敢希望北洋諸將會擁護他的兒子！所以他死前及時把袁克定改為段祺瑞。
袁雖是6月6日清晨去世，但不省人事則是6月5日，6月5日這天正是陰曆端午節，由於袁被人稱為癩蛤蟆，於此遂又得一證明，因為俗語有“癩蛤蟆難過端午節”。
袁斷氣時，家人環哭，哭得最不悲痛的，是袁克定，因為袁克定關心的是金匱石屋中的總統候選名單。
袁死後北京政府特派曹汝霖、周自齊、袁乃寬為大喪典禮承辦員，喪禮條目凡十三條，奠祭事項八條。
喪禮議定條目：（一）各官署、軍營、軍艦、海關下半旗二十七日，出殯日下半旗一日，靈櫬駐在所亦下半旗，至出殯日為止。（二）文武官吏停止宴會二十七日。（三）民間輟樂七日，及國民追悼日，各輟樂一日。（四）文官左臂纏黑紗二十七日。（五）武官及兵士於左臂及刀柄上纏黑紗二十七日。（六）官署公文封麵、紙麵用黑邊，寬約五分，亦二十七日。（七）官署公文書蓋用黑色印泥二十七日。（八）官報封麵亦用黑邊二十七日。（九）自殯奠之後一日起，至釋服日止，在京文武各機關，除公祭外，按日輪班前往行禮，京外大員有來京者，即以到日隨本日輪班機關前往行禮。（十）各省及特別行政區域，與駐外使館，自接電日起，擇公共處所，由長官率同僚屬，設案望祭凡七日。（十一）出殯之日，鳴炮一百零八響，官署、民間均輟樂一日。京師學校均於是日輟課。（十二）新華公府置黑邊素紙簽名簿二本，一備外交團簽名用，一備中外官紳簽名用。（十三）軍隊分班至新華門舉槍致敬。
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