21日又發布如下的命令：
“湖口、徐州等處暴徒倡亂，政府為整肅紀綱，維持國本起見，不得不以兵力戡定，迭經先後布告。本大總統躬承國民付託之重，值此變出非常，蕩平內亂，責無旁貸，耿耿此心，當為我國民所共諒，各友邦所悉知。惟恐傳聞之異詞，或以方針之未定，國民以姑息養奸所責備，外商以身命財產為隱憂，若不明白宣告，使我全國人民鹹知順逆從違之所在，各外商共悉鎮亂靖暴之有方，其何以靖人心而昭大信？為此通令，條舉三端：
一、該暴徒勾煽叛兵，僭竊土地，擅行宣布獨立，破壞民國之統一，擾害地方之治安，此等行為，實為亂黨，政府不得不依照國家法律以兵警戒。是用兵定亂，為行使約法上之統治權，民國政府當然有此責任。二、各國商民之通商傳教，載在條約。凡有亂警地方，該地司令官均應照約實力保護，務使各外國人之身命財產，不致因亂事稍受危險。
嗣後各該地方之外國人所有身命財產，如因鎮壓變亂而直接受有損失者，民國政府必完全負其責任。三、亂黨到處勾結，如有本國人與之訂立一切契約，而影響可以及於國家或一地方者，無論用何種方法，及何種名義，民國政府絕不承認。以上三端，自本令發布以後，應由各該地司令官通行布告。仍著外交總長行文駐京各國公使查照，以副友邦熱誠贊助之雅懷，而示本大總統除暴安良之至意。此令。”
當袁大舉向南方用兵時，雖然已對國民黨撕破了臉，滿口亂黨叛徒，可是獨對孫中山先生還很客氣。不過孫中山卻不能不表示嚴正的態度，乃發電致袁，原電雲：
“北京袁大總統鑒：文於去年北上，與公握手言歡，聞公諄諄以人民國家為念，以一日在職為苦。文謂國民屬望於公，不僅在臨時政府而已，十年以內，大總統非公莫屬。
此言非僅對公言之，且對國民言之。自是以來，雖激昂之士，於公時有責言，文之初衷未嚐少易。何圖宋案發生以來，證據宣布，愕然出諸意外，不料公言與行違至於如此，既憤且懣；而公更違法借款，以作戰費，無故調兵，以速戰禍，異己既去，兵釁仍挑，以致東南民軍，荷戈而起，眾口一辭，集於公之一身。意公此時，必以平亂為言，故無論東南軍民，未叛國家，未擾秩序，不得雲亂；即使曰亂，而釀亂者誰？公於天下後世亦無以自解。公之左右陷公於不義，致有今日，此時必且勸公乘此一逞，樹威雪憤。此但自為計，固未為國民計，為公計也。清帝辭位，公舉其謀，清帝不忍人民塗炭，公寧忍之？公果欲一戰成事，宜用於效忠清帝之時，不宜用於此時也。說者謂公雖欲引退，而部下牽掣，終不能決，然人各有所難，文當日辭職，推薦公於國民，固有人責言，謂文知徇北軍之意，而不知顧十七省人民之付託，文於彼時，屹不為動。人之進退，綽有餘裕，若謂為人牽掣，不能自由，苟非託辭，即為自表無能，公必不爾也。為公僕者，受國民反對，猶當引退，況於國民以死相拚！殺一無辜以得天下，猶不可為，況流天下之血以從一己之欲！公今日舍辭職外，決無他策；昔日為任天下之重而來，今日為息天下之禍而去，出處光明，於公何憾！公能行此，文必力勸東南軍民，易惡感為善意，不使公懷騎虎之慮；若公必欲殘民以逞，善言不入，文不忍東南人民久困兵革，必以前此反對君主專製之決心，反對公之一人，義無反顧。謹為最後之忠告，惟裁鑒之！”
孫中山同時發出通電一道，略雲：
“北京參議院、眾議院、國務院、各省都督、民政長、各軍、師、旅長鑒：江西事起，南京各處以次響應，一致以討袁為標幟……大勢至此，全國流血之禍繫於袁氏之一身，聞袁氏決以兵力對待，是無論勝敗，而生民塗炭，必不可免。……使袁氏果而出此，非惟貽民國之禍，亦且騰各國之笑。……袁不宜藉口部下之擁戴，而拒東南人民之要求，可斷言矣。諸公維持民國，為人民所攸賴，當此人民絕續之際，望以民命為重，以國危為急，同向袁氏勸以早日辭職，以息戰禍！倘袁氏執拗不聽，必欲犧牲國家人民，以成一己之業，想諸公亦必不容此禍魁！文於此時，亦惟有從國民之後，義不返顧。”
二次革命是由江西肇始，贛軍雖然在開始時打了一場漂亮的勝仗，可是北洋軍增援後，大舉猛進，相持十餘日，湖口要塞司令陳廷訓被袁收買，暗與北軍相通，於7月24日晚令炮兵反擊贛軍。贛軍不及防備，前後受敵，不得已遂放棄湖口。25日北軍遂入據湖口縣，李烈鈞雖戮力抵抗，但要塞已失，門戶大開，江西已無險可守，8月18日南昌失陷。
袁世凱以李純為江西護軍使，李廷玉襄辦江西軍務，旅長馬繼增升第六師師長。
袁軍攻入南昌後，軍紀之壞，和洗劫南京大同小異，南昌富室均被指為國民黨，劫掠其財物，姦淫其子女，尤以第六師十一旅旅長兼南昌衛戍司令張敬堯所部，一如辮子軍張勳所部一樣，入南昌的第一天就橫屍1000餘具，其慘狀可以想像。南昌危急時，江西都督歐陽武自稱罪人，到吉安青源山為僧，號止戈和尚。9月中旬北洋軍已完全占領江西後，江西水巡局長倪占魁，把他從山上解到南昌來，李純命予以優待，發交軍法處收押。他寫信給南昌商會，有：“祖母九旬，老父七十，為武不肖，朝夕聚哭，求死不得，言之心酸。”商會乃代為求情。9月27日解北京，判處二等有期徒刑八年，10月30日獲特赦。
安徽宣告獨立時，民元做過皖軍總指揮、臨陣失蹤的胡萬泰，又爬上了都督座位，把署理都督孫多森請到原來的民政長椅子上。不久討袁軍兩路失敗，胡乃取消獨立，於7月22日偕孫多森逃走，剩下都督的空位子，給憲兵營長祁耿寰坐了幾天，又讓給劉國棟。
7月27日柏文蔚迴到安慶來，劉乃退迴原職小小參謀椅子上。8月6日，逃走的胡萬泰突又出現，通電數柏五大罪狀，可是這時柏亦已離皖，胡再任都督，宣告獨立，可是這把椅子已輪不到他了。8月28日倪嗣衝來到安慶，倪早在7月27日就由袁世凱任命為安徽都督，從此，安徽變成了北洋軍閥一個主要的巢穴了。
北洋軍既然節節勝利，袁係的升官圖便在南方出現，段芝貴仍兼第一軍軍長，升上將，實授江西宣撫使；張勳亦升上將，段芝貴的右司令王占元兼湖南護軍使。
上海方麵因南京革命軍失敗，亦功敗垂成，袁命第四師師長楊善德為鬆江鎮守使，鄭汝成為上海鎮守使，海軍總長劉冠雄為福建都督。
廣東和四川兩地解決得最快而不吃力，7月27日袁派龍濟光、覲光兄弟為廣東正副鎮守使，8月3日龍濟光升上將繼任粵督，8月5日陳炯明出走。四川方麵熊克武雖於8月9日宣告獨立，但為時隻一月就解職下野。
湖南獨立的局麵，主要受湖北的壓迫，以及廣東獨立失敗的影響，遂使湘督譚延闓
和湘軍師長趙恆惕功虧一簣。8月12日湖南為環境所迫取消獨立，9月17日袁令湯薌銘率楚有等四艘淺水艦駛入嶽州，派第三師曹錕部進駐嶽州，又以袁係的卅九混成旅旅長伍祥禎為嶽州鎮守使。這樣一來，湖南便完全落入袁的掌握中。袁仍然施借刀殺人計，命黎元洪兼領湘督，黎當然不會中計，敬辭大命；袁乃請黎薦人自代。黎自然不會推薦與袁無關的人，他覺得湯薌銘是袁的死黨，又是湖北人，黎和湯的長兄湯化龍又是老朋友，因此順水推舟保薦了湯為湘督。10月7日湯薌銘赴長沙晤譚延闓，10月24日袁發表人事命令，免譚，以湯繼任都督，王瑚繼任民政長，王未到任前以湯兼署。並命譚即日入京，同時令將師長趙恆惕解往北京聽候處分。袁的軍隊於11月15日入駐長沙。
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“湖口、徐州等處暴徒倡亂，政府為整肅紀綱，維持國本起見，不得不以兵力戡定，迭經先後布告。本大總統躬承國民付託之重，值此變出非常，蕩平內亂，責無旁貸，耿耿此心，當為我國民所共諒，各友邦所悉知。惟恐傳聞之異詞，或以方針之未定，國民以姑息養奸所責備，外商以身命財產為隱憂，若不明白宣告，使我全國人民鹹知順逆從違之所在，各外商共悉鎮亂靖暴之有方，其何以靖人心而昭大信？為此通令，條舉三端：
一、該暴徒勾煽叛兵，僭竊土地，擅行宣布獨立，破壞民國之統一，擾害地方之治安，此等行為，實為亂黨，政府不得不依照國家法律以兵警戒。是用兵定亂，為行使約法上之統治權，民國政府當然有此責任。二、各國商民之通商傳教，載在條約。凡有亂警地方，該地司令官均應照約實力保護，務使各外國人之身命財產，不致因亂事稍受危險。
嗣後各該地方之外國人所有身命財產，如因鎮壓變亂而直接受有損失者，民國政府必完全負其責任。三、亂黨到處勾結，如有本國人與之訂立一切契約，而影響可以及於國家或一地方者，無論用何種方法，及何種名義，民國政府絕不承認。以上三端，自本令發布以後，應由各該地司令官通行布告。仍著外交總長行文駐京各國公使查照，以副友邦熱誠贊助之雅懷，而示本大總統除暴安良之至意。此令。”
當袁大舉向南方用兵時，雖然已對國民黨撕破了臉，滿口亂黨叛徒，可是獨對孫中山先生還很客氣。不過孫中山卻不能不表示嚴正的態度，乃發電致袁，原電雲：
“北京袁大總統鑒：文於去年北上，與公握手言歡，聞公諄諄以人民國家為念，以一日在職為苦。文謂國民屬望於公，不僅在臨時政府而已，十年以內，大總統非公莫屬。
此言非僅對公言之，且對國民言之。自是以來，雖激昂之士，於公時有責言，文之初衷未嚐少易。何圖宋案發生以來，證據宣布，愕然出諸意外，不料公言與行違至於如此，既憤且懣；而公更違法借款，以作戰費，無故調兵，以速戰禍，異己既去，兵釁仍挑，以致東南民軍，荷戈而起，眾口一辭，集於公之一身。意公此時，必以平亂為言，故無論東南軍民，未叛國家，未擾秩序，不得雲亂；即使曰亂，而釀亂者誰？公於天下後世亦無以自解。公之左右陷公於不義，致有今日，此時必且勸公乘此一逞，樹威雪憤。此但自為計，固未為國民計，為公計也。清帝辭位，公舉其謀，清帝不忍人民塗炭，公寧忍之？公果欲一戰成事，宜用於效忠清帝之時，不宜用於此時也。說者謂公雖欲引退，而部下牽掣，終不能決，然人各有所難，文當日辭職，推薦公於國民，固有人責言，謂文知徇北軍之意，而不知顧十七省人民之付託，文於彼時，屹不為動。人之進退，綽有餘裕，若謂為人牽掣，不能自由，苟非託辭，即為自表無能，公必不爾也。為公僕者，受國民反對，猶當引退，況於國民以死相拚！殺一無辜以得天下，猶不可為，況流天下之血以從一己之欲！公今日舍辭職外，決無他策；昔日為任天下之重而來，今日為息天下之禍而去，出處光明，於公何憾！公能行此，文必力勸東南軍民，易惡感為善意，不使公懷騎虎之慮；若公必欲殘民以逞，善言不入，文不忍東南人民久困兵革，必以前此反對君主專製之決心，反對公之一人，義無反顧。謹為最後之忠告，惟裁鑒之！”
孫中山同時發出通電一道，略雲：
“北京參議院、眾議院、國務院、各省都督、民政長、各軍、師、旅長鑒：江西事起，南京各處以次響應，一致以討袁為標幟……大勢至此，全國流血之禍繫於袁氏之一身，聞袁氏決以兵力對待，是無論勝敗，而生民塗炭，必不可免。……使袁氏果而出此，非惟貽民國之禍，亦且騰各國之笑。……袁不宜藉口部下之擁戴，而拒東南人民之要求，可斷言矣。諸公維持民國，為人民所攸賴，當此人民絕續之際，望以民命為重，以國危為急，同向袁氏勸以早日辭職，以息戰禍！倘袁氏執拗不聽，必欲犧牲國家人民，以成一己之業，想諸公亦必不容此禍魁！文於此時，亦惟有從國民之後，義不返顧。”
二次革命是由江西肇始，贛軍雖然在開始時打了一場漂亮的勝仗，可是北洋軍增援後，大舉猛進，相持十餘日，湖口要塞司令陳廷訓被袁收買，暗與北軍相通，於7月24日晚令炮兵反擊贛軍。贛軍不及防備，前後受敵，不得已遂放棄湖口。25日北軍遂入據湖口縣，李烈鈞雖戮力抵抗，但要塞已失，門戶大開，江西已無險可守，8月18日南昌失陷。
袁世凱以李純為江西護軍使，李廷玉襄辦江西軍務，旅長馬繼增升第六師師長。
袁軍攻入南昌後，軍紀之壞，和洗劫南京大同小異，南昌富室均被指為國民黨，劫掠其財物，姦淫其子女，尤以第六師十一旅旅長兼南昌衛戍司令張敬堯所部，一如辮子軍張勳所部一樣，入南昌的第一天就橫屍1000餘具，其慘狀可以想像。南昌危急時，江西都督歐陽武自稱罪人，到吉安青源山為僧，號止戈和尚。9月中旬北洋軍已完全占領江西後，江西水巡局長倪占魁，把他從山上解到南昌來，李純命予以優待，發交軍法處收押。他寫信給南昌商會，有：“祖母九旬，老父七十，為武不肖，朝夕聚哭，求死不得，言之心酸。”商會乃代為求情。9月27日解北京，判處二等有期徒刑八年，10月30日獲特赦。
安徽宣告獨立時，民元做過皖軍總指揮、臨陣失蹤的胡萬泰，又爬上了都督座位，把署理都督孫多森請到原來的民政長椅子上。不久討袁軍兩路失敗，胡乃取消獨立，於7月22日偕孫多森逃走，剩下都督的空位子，給憲兵營長祁耿寰坐了幾天，又讓給劉國棟。
7月27日柏文蔚迴到安慶來，劉乃退迴原職小小參謀椅子上。8月6日，逃走的胡萬泰突又出現，通電數柏五大罪狀，可是這時柏亦已離皖，胡再任都督，宣告獨立，可是這把椅子已輪不到他了。8月28日倪嗣衝來到安慶，倪早在7月27日就由袁世凱任命為安徽都督，從此，安徽變成了北洋軍閥一個主要的巢穴了。
北洋軍既然節節勝利，袁係的升官圖便在南方出現，段芝貴仍兼第一軍軍長，升上將，實授江西宣撫使；張勳亦升上將，段芝貴的右司令王占元兼湖南護軍使。
上海方麵因南京革命軍失敗，亦功敗垂成，袁命第四師師長楊善德為鬆江鎮守使，鄭汝成為上海鎮守使，海軍總長劉冠雄為福建都督。
廣東和四川兩地解決得最快而不吃力，7月27日袁派龍濟光、覲光兄弟為廣東正副鎮守使，8月3日龍濟光升上將繼任粵督，8月5日陳炯明出走。四川方麵熊克武雖於8月9日宣告獨立，但為時隻一月就解職下野。
湖南獨立的局麵，主要受湖北的壓迫，以及廣東獨立失敗的影響，遂使湘督譚延闓
和湘軍師長趙恆惕功虧一簣。8月12日湖南為環境所迫取消獨立，9月17日袁令湯薌銘率楚有等四艘淺水艦駛入嶽州，派第三師曹錕部進駐嶽州，又以袁係的卅九混成旅旅長伍祥禎為嶽州鎮守使。這樣一來，湖南便完全落入袁的掌握中。袁仍然施借刀殺人計，命黎元洪兼領湘督，黎當然不會中計，敬辭大命；袁乃請黎薦人自代。黎自然不會推薦與袁無關的人，他覺得湯薌銘是袁的死黨，又是湖北人，黎和湯的長兄湯化龍又是老朋友，因此順水推舟保薦了湯為湘督。10月7日湯薌銘赴長沙晤譚延闓，10月24日袁發表人事命令，免譚，以湯繼任都督，王瑚繼任民政長，王未到任前以湯兼署。並命譚即日入京，同時令將師長趙恆惕解往北京聽候處分。袁的軍隊於11月15日入駐長沙。
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