但是，在牧區改革問題上，中共中央新疆分局同中共中央而北局卻產生了分歧，也引起了毛澤東與中共中央的高度重視。黨中央在聽取了中共中央西北局和中共中央新疆分局的匯報後，決定一九五二年六月二十八日在北京召開中共中央新疆分局常委會議，討論解決新疆土地改革包括牧區改革問題，劉少奇主持並作總結講話。會議批評了中共中央新疆分局在牧區改革上所犯的錯誤，指出“把農業區的經驗機械地搬到牧區是錯誤的”，同時提出新疆土地改革、宗教工作應當注意的問題，強調在新疆實行民主改革應當執行慎重穩進的方針，中共中央西北局和習仲勛的意見與中央是完全一致的。這次會議決定改組中共中央新疆分局，由王恩茂任中共中央新疆分局第一書記兼新疆軍區政委、新疆財委主任;徐立清任第二書記，張邦英任第三書記，賽福鼎·艾則孜任第四書記。
為了貫徹中共中央這次會議的精神，中共中央新疆分局決定於七月十五日至八月五日召開中共中央新疆分局第二屆黨代表會議。為了開好這次會議，使新疆的各級幹部理解中央的政策精神，習仲勛受中共中央委派，於七月四日乘飛機抵達迪化。他廣泛接觸新疆各方麵的幹部，深入了解情況。
毛澤東高度重視新疆問題的妥善處理。在習仲勛啟程去新疆的前兩天，他對新疆送來的關於農業區土地改革和牧區工作陽兩個決議稿作出批示：“此兩件請周總理即閱，明三日或四日至遲五日由尚昆派人乘飛機送迪化交習仲勛、王恩茂二同誌收，分於七月六日或七日送到勿誤。原件應抄存一份。”兩個決議稿是準備提交新疆黨代表會議討論的，一個是《關於在新疆農業區實行土地改革的決議》(草案)，一個是《關於在新疆牧區工作的決議》(草案)。前一個決議草案指出：根據新疆的社會曆史條件和民族特點，在農業區必須堅決地實行土地改革，同時對土地改革又必須採取十分謹慎的態度。為了保證土地改革勝利，決議對組織最廣泛的反封建統一戰線、正確地劃分階級、有分別地開展對地主階級的鬥爭、沒收地主階級的土地財產、不斷地教育農民群眾等問題，以及保護宗教土地、保護畜牧業和外僑土地等具體政策作出了規定。後一個決議草案在肯定新疆解放以來牧區工作成績的前提下，著重指出了牧區工作中所犯的一些原則性的嚴重錯誤。這些錯誤是：企圖在牧區劃分階級，宣傳社會改革，準備消滅地牧主經濟;不顧牧民的覺悟程度和是否自願，企圖組織畜牧合作社;對於匪特煽動的群眾性的叛亂著重軍事清剿，政治爭取和瓦解工作做得不夠;在鎮反中捕人太多，打擊麵過寬。總之對牧區工作不是採取慎重穩進的方針，而是企圖實行一種危險的冒險政策;不是根據畜牧經濟的特點實事求是地去規定若幹可能的改良，而是機械地搬用農業區土地改革的辦法去改革畜牧經濟。決議確定了牧區工作的總方針是：安定社會秩序，保護與發展畜牧業，在可能的條件下適當地改善牧工和窮苦牧民的生活。並在此總方針下實行一係列政策，包括“廣泛地開展牧區統一戰線工作，爭取、團結一切可以爭取、團結的人(包括部落頭目、宗教首領及牧主)，隻打擊那些現行的反革命分子”;“堅決保存牧主經濟，對牧主經濟不鬥不分，不劃階級，實行牧主牧工兩利政策，逐步取消牧主封建特權，鼓勵牧主的生產積極性，使牧主經濟逐漸變成資本主義性質的經濟，成為新民主主義經濟的組成部分”等等。毛澤東認真閱讀了這兩個草案。此後，這兩個草案經中共中央新疆分局第二屆黨代表會議討論通過。【賀氏藏書·劉大海精校】
七月八日，習仲勛主持召開中共中央新疆分局擴大會議，吸收黨代表會議的核心分子四五十人參加，傳達中共中央的精神，組織分組討論。經過五天會議，大家檢討了各方麵存在的問題，初步統一了思想，為黨代表會議的順利召開“做了實際的準備”。
七月十五日，中共中央新疆分局第二屆黨代表會議正式開幕，習仲勛代表中共中央率中共中央西北局代表團出席會議，並向大會作了報告。第二天，習仲勛向中共中央匯報了中共中央新疆分局第二屆黨代表會議的具體議程和內容。他設想：“會議進行到後期，斟酌情形，我準備就土改問題和領導工作問題再講一次，著重提出一些建設性的意見，幫助分局同誌勝利的結束會議。會後，再定出具體辦法，在新疆全黨內普遍深入地進行傳達，停止和扭轉各方麵工作中的混亂現象，布置土地改革工作。”七月二十日，中共中央收到習仲勛的報告後指示：“你於七月十六日晚寫的報告今天收到，閱悉。我們認為你對新疆情況的分析和解決問題的方針是正確的，望即照此去做。”毛澤東還將習仲勛的報告，批示送給已經迴國、仍兼任中共中央西北局第一書記的彭德懷閱示。
在這次黨代表會議上，習仲勛就中共中央新疆分局所取得的偉大成就和出現的偏差作了幾次重要講話。他從提高黨的幹部思想政策水平出發，從汲取經驗教訓和改進工作方法的角度提出意見，並宣布了中共中央的處理意見。中共中央西北局的幾位領導和中央民委副主任劉格平，就民族宗教問題作了報告。“分局幾位同誌又都帶頭作了檢討，批評與自我批評就展開了”。會議還成立了由賈拓夫領導的財經工作組和張宗遜領導的軍事工作組，以及清理積案工作、檢察宣傳教育工作和研究幹部工作三個委員會，準備更係統地了解情況。會議討論了關於加強外來幹部與本地民族幹部團結的問題和土地改革工作，通過了《關於防止和克服大民族主義傾向的決定》和《關於新疆農業區實行土地改革的決議》、《關於在新疆牧區工作的決議》。
習仲勛在報告和講話中，係統闡述了中共中央和中共中央西北局在牧區改革工作的政策和策略。他指出：“中央和西北局對牧區工作是堅持慎重穩進方針，規定在目前以及今後一個長時期內的工作任務是：肅清土匪，鎮壓反革命現行犯，安定社會秩序，保護包括牧主經濟在內的畜牧業，開展愛國主義教育和醫療、貿易工作，培養當地幹部，逐步建設民主政權，團結和爭取一切可以團結和爭取的人們，努力發展畜牧業。”他認為：必須重視占牧區畜牧業百分之六七十的牧主經濟，這是一種半封建、半資本主義性質的經濟。即其政治上的殘酷壓榨牧民是封建的，其對畜牧業的經營方法，則是帶資本主義性質的。我們的政策，是逐步取消牧主在政治上的封建特權，但又堅決保護其牧主經濟，並鼓勵其發展，使其成為新民主主義性質濟的一個組成部分。因此，牧主階級一般是我們聯合的對象而不是打擊的對象。“對於牧區政權，不論是舊有的千百戶製，或新設的縣、區、鄉製，都必須吸收當地有勢力的和較好的部落頭人參加，使其有適當地位，並逐漸增加各級政權機關的民主性。”牧區鎮壓反革命的對象，必須嚴格控製在現行反革命活動和武裝叛亂首要分子的界限內。對於武裝割據的部落頭人，依據青海省爭取昂拉區項謙千戶的經驗，首先用最大力量講行耐心的政治爭取，確實爭取無效而仍武裝頑抗時，才組織軍事進剿。但在進剿中與進剿後，均不放鬆政治爭取工作。
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為了貫徹中共中央這次會議的精神，中共中央新疆分局決定於七月十五日至八月五日召開中共中央新疆分局第二屆黨代表會議。為了開好這次會議，使新疆的各級幹部理解中央的政策精神，習仲勛受中共中央委派，於七月四日乘飛機抵達迪化。他廣泛接觸新疆各方麵的幹部，深入了解情況。
毛澤東高度重視新疆問題的妥善處理。在習仲勛啟程去新疆的前兩天，他對新疆送來的關於農業區土地改革和牧區工作陽兩個決議稿作出批示：“此兩件請周總理即閱，明三日或四日至遲五日由尚昆派人乘飛機送迪化交習仲勛、王恩茂二同誌收，分於七月六日或七日送到勿誤。原件應抄存一份。”兩個決議稿是準備提交新疆黨代表會議討論的，一個是《關於在新疆農業區實行土地改革的決議》(草案)，一個是《關於在新疆牧區工作的決議》(草案)。前一個決議草案指出：根據新疆的社會曆史條件和民族特點，在農業區必須堅決地實行土地改革，同時對土地改革又必須採取十分謹慎的態度。為了保證土地改革勝利，決議對組織最廣泛的反封建統一戰線、正確地劃分階級、有分別地開展對地主階級的鬥爭、沒收地主階級的土地財產、不斷地教育農民群眾等問題，以及保護宗教土地、保護畜牧業和外僑土地等具體政策作出了規定。後一個決議草案在肯定新疆解放以來牧區工作成績的前提下，著重指出了牧區工作中所犯的一些原則性的嚴重錯誤。這些錯誤是：企圖在牧區劃分階級，宣傳社會改革，準備消滅地牧主經濟;不顧牧民的覺悟程度和是否自願，企圖組織畜牧合作社;對於匪特煽動的群眾性的叛亂著重軍事清剿，政治爭取和瓦解工作做得不夠;在鎮反中捕人太多，打擊麵過寬。總之對牧區工作不是採取慎重穩進的方針，而是企圖實行一種危險的冒險政策;不是根據畜牧經濟的特點實事求是地去規定若幹可能的改良，而是機械地搬用農業區土地改革的辦法去改革畜牧經濟。決議確定了牧區工作的總方針是：安定社會秩序，保護與發展畜牧業，在可能的條件下適當地改善牧工和窮苦牧民的生活。並在此總方針下實行一係列政策，包括“廣泛地開展牧區統一戰線工作，爭取、團結一切可以爭取、團結的人(包括部落頭目、宗教首領及牧主)，隻打擊那些現行的反革命分子”;“堅決保存牧主經濟，對牧主經濟不鬥不分，不劃階級，實行牧主牧工兩利政策，逐步取消牧主封建特權，鼓勵牧主的生產積極性，使牧主經濟逐漸變成資本主義性質的經濟，成為新民主主義經濟的組成部分”等等。毛澤東認真閱讀了這兩個草案。此後，這兩個草案經中共中央新疆分局第二屆黨代表會議討論通過。【賀氏藏書·劉大海精校】
七月八日，習仲勛主持召開中共中央新疆分局擴大會議，吸收黨代表會議的核心分子四五十人參加，傳達中共中央的精神，組織分組討論。經過五天會議，大家檢討了各方麵存在的問題，初步統一了思想，為黨代表會議的順利召開“做了實際的準備”。
七月十五日，中共中央新疆分局第二屆黨代表會議正式開幕，習仲勛代表中共中央率中共中央西北局代表團出席會議，並向大會作了報告。第二天，習仲勛向中共中央匯報了中共中央新疆分局第二屆黨代表會議的具體議程和內容。他設想：“會議進行到後期，斟酌情形，我準備就土改問題和領導工作問題再講一次，著重提出一些建設性的意見，幫助分局同誌勝利的結束會議。會後，再定出具體辦法，在新疆全黨內普遍深入地進行傳達，停止和扭轉各方麵工作中的混亂現象，布置土地改革工作。”七月二十日，中共中央收到習仲勛的報告後指示：“你於七月十六日晚寫的報告今天收到，閱悉。我們認為你對新疆情況的分析和解決問題的方針是正確的，望即照此去做。”毛澤東還將習仲勛的報告，批示送給已經迴國、仍兼任中共中央西北局第一書記的彭德懷閱示。
在這次黨代表會議上，習仲勛就中共中央新疆分局所取得的偉大成就和出現的偏差作了幾次重要講話。他從提高黨的幹部思想政策水平出發，從汲取經驗教訓和改進工作方法的角度提出意見，並宣布了中共中央的處理意見。中共中央西北局的幾位領導和中央民委副主任劉格平，就民族宗教問題作了報告。“分局幾位同誌又都帶頭作了檢討，批評與自我批評就展開了”。會議還成立了由賈拓夫領導的財經工作組和張宗遜領導的軍事工作組，以及清理積案工作、檢察宣傳教育工作和研究幹部工作三個委員會，準備更係統地了解情況。會議討論了關於加強外來幹部與本地民族幹部團結的問題和土地改革工作，通過了《關於防止和克服大民族主義傾向的決定》和《關於新疆農業區實行土地改革的決議》、《關於在新疆牧區工作的決議》。
習仲勛在報告和講話中，係統闡述了中共中央和中共中央西北局在牧區改革工作的政策和策略。他指出：“中央和西北局對牧區工作是堅持慎重穩進方針，規定在目前以及今後一個長時期內的工作任務是：肅清土匪，鎮壓反革命現行犯，安定社會秩序，保護包括牧主經濟在內的畜牧業，開展愛國主義教育和醫療、貿易工作，培養當地幹部，逐步建設民主政權，團結和爭取一切可以團結和爭取的人們，努力發展畜牧業。”他認為：必須重視占牧區畜牧業百分之六七十的牧主經濟，這是一種半封建、半資本主義性質的經濟。即其政治上的殘酷壓榨牧民是封建的，其對畜牧業的經營方法，則是帶資本主義性質的。我們的政策，是逐步取消牧主在政治上的封建特權，但又堅決保護其牧主經濟，並鼓勵其發展，使其成為新民主主義性質濟的一個組成部分。因此，牧主階級一般是我們聯合的對象而不是打擊的對象。“對於牧區政權，不論是舊有的千百戶製，或新設的縣、區、鄉製，都必須吸收當地有勢力的和較好的部落頭人參加，使其有適當地位，並逐漸增加各級政權機關的民主性。”牧區鎮壓反革命的對象，必須嚴格控製在現行反革命活動和武裝叛亂首要分子的界限內。對於武裝割據的部落頭人，依據青海省爭取昂拉區項謙千戶的經驗，首先用最大力量講行耐心的政治爭取，確實爭取無效而仍武裝頑抗時，才組織軍事進剿。但在進剿中與進剿後，均不放鬆政治爭取工作。
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