吳方琪對改土歸流有自己的想法，既不能靠以前的做法，千篇一律地實行改土歸流，他有所選擇，分而治之，他的宗旨是自己能在雲貴有所建樹，初次出道，想有一個好的開端，同時在他到雲南的一年多的時間內所看到的少數民族確實是生活在水深火熱之中，有些完全處在一種原始生活的狀態。
第二天吳方琪單人單騎，到了大理段王爺府中，以大理民族的禮節與段王爺相見，兩人坐在王宮的一間接待室，把閑雜人等都請了出去，段王爺說“布政使大人，我能幫你做點什麽，雲南三大土司都與我交情，需要我幫你協調什麽，你盡管說無妨，隻要我能幫得上。”
吳方琪對段王爺說，皇帝要自己在三年內做好雲南一帶的改土歸流的國策“改土歸流不是三年內能夠做得到了，涉及到少數民族的民風，習俗，我到雲南一年多的時間裏，也到過很多的少數民族部落，土司的產生，最初是出於一種善意的自我保護，人與自然，人與人之間，時間久了，一些生存能力強的土司逐步擴大了，一些小的，弱的自我生存能力抵下的土司要不就無形地消失了，紛紛都依附在生存能力強的土司部落，逐漸就形成了相互兼並的趨勢，經過長期的演變就形成了現在最大的三大土司的格局，一些小的，弱勢的土司依舊還是生活在那種原始生活狀態，我們大明想幫助他們，但又受到大土司的限製，這些大土司又經常不受大明的管製，所以從洪武皇帝開始就實行了改土歸流的國策。”
大明雲南承宣布政使司吳方琪與大理段王爺在商榷著雲南土司形成的原因，段王爺遠比剛來雲南的吳方琪清楚。對雲南承宣布政使司說“土司的形成也不是這麽簡單，有著很長的曆史，你說的不錯，最初土司的形成是出於自我保護意識的，但所謂的自我保護意識界線很難分的清楚，強取豪奪也是一種自我保護意識，極大多數的少數民族都生活在深山老林裏，自然災害經常發生，人類賴以生存的資源在深山老林裏十分的稀缺，為了能夠使自己的部落長治久安地生存，不得不對自然資源進行強取豪奪，他們也是出於一種自我保護意識。雲貴一帶大土司的形成是一種規律，一種社會發展的規律，人以群分，大家都想抱團，來抵抗外來的侵略，也可以說是一種自我保護意識。在大土司的部落裏出現的一些奴隸，在一定的程度上是一種自願行為，一日為奴，世代為奴，在部落裏是永恆的。”
吳方琪說“奴隸是社會不發達，不進步的產物，隨著社會的發展，像少數民族中這樣的奴隸現象也將會取締，早在秦始皇時期開始奴隸現象已經慢慢地消失了，而在西南，西北的邊陲現在仍然很普遍，這與地方的社會進化，文化的傳播有很大的關係，越封閉的地方奴隸現象越嚴重。要消除這種現象不是我能力所及，責職所及的，然而，大量土司的存在不僅影響到邊陲人民的生活，已經影響到大明對雲貴川地方的統治。元朝的殘餘勢力仍在，大明多次迴剿不清，前兩天蒙古人不是就出現在大理的比武場上嗎，這些現象與土司的存在有一定的關係，雖然不能確定這些蒙古人是不是在土司的庇護下。”
段王爺說“那你對雲貴川一帶土司的存在有什麽治理的思路，改土歸流有什麽具體的措施，如果按照以前的那種方法，恐怕會激起土司們的民變，就我們雲南大小不等的土司有數十近百個，還不包括不在我的視野裏的那些剛剛發展起來的，我們雲南的三大土司對這些中小土司那是一唿百應的，這我不得不提醒你一下。”
吳方琪說“我不想在自己手上徹底消除雲南所有的土司，不是不想去做，而是不可能做到，盡我的所能想將雲南的土司加以一係統的，土司們能夠願意接受的民族改良政策，從現在的實際情況來看如果一味地消除土司不僅不可能，也是不理性的，土司的存在一定程度上也是社會安定的因素之一。雲貴大部地區經濟發展落後、加上交通不便、民族文化差異巨大的情況下，土司製度的存在也起到一定的積極作用。但是，土司世代獨霸一方，一些土司專橫不法，對管轄內的族民實行壓迫和經濟掠奪，各土司之間也為爭權奪利挑起械鬥或戰爭，致至一方人民生靈塗炭，雖大明的政令，卻也屢教不改。”
吳方琪又說“經我一年多時間的走訪調查，社會底層有很大的一批小土司們對一些大土司獨霸一方的行為也非常不滿。我想從幾個方麵進行改良，一是對雲貴經濟，文化，交通落後的現象進行改良，經濟發達地區出資源，物資，人員深入雲貴野蠻地區進行改造，改良，所發生的一切資源均由朝廷負擔，前提條件是要所到的地區給予配合，並保證援助人員的人身安全，我想對這個條件各大土司們不會有反對意見吧。二是由雲南三大土司協助雲南承宣布政使司，提刑按察使司，都指揮使司共同製訂出雲貴川的民族政策，由大明皇帝頒發，雲南三大土司來實施。三是雲南三大土司以及一些對地方有影響的土司由大明皇帝授官職，穿大明官服，領朝廷奉祿。”
段王爺聽著，思考著，雲南承宣布政使司吳方琪這三個方麵的措施以前沒有聽到過，恐怕是他個人的一種設想，雲南提刑按察使司，都指揮使司都沒有提起過，當即就向吳方琪問了起來“布政使大人，這是你個人的一些設想吧，在你來雲南來的時候，大明皇帝授權你了沒有，這三個方麵的措施你們雲南三司之間商榷過了沒有。”
吳方琪說“那到沒有，皇帝讓我先做調查，拿出方案再以雲南承宣布政使司上奏，如果從這三個方麵同時進行，在雲南實行改土歸流能行得通的話，我就上奏皇上，估計差不了。至於雲南提刑按察使司，都指揮使司那裏等皇上下旨之後再去理論，或者他們會來找我的。”
第二天吳方琪單人單騎，到了大理段王爺府中，以大理民族的禮節與段王爺相見，兩人坐在王宮的一間接待室，把閑雜人等都請了出去，段王爺說“布政使大人，我能幫你做點什麽，雲南三大土司都與我交情，需要我幫你協調什麽，你盡管說無妨，隻要我能幫得上。”
吳方琪對段王爺說，皇帝要自己在三年內做好雲南一帶的改土歸流的國策“改土歸流不是三年內能夠做得到了，涉及到少數民族的民風，習俗，我到雲南一年多的時間裏，也到過很多的少數民族部落，土司的產生，最初是出於一種善意的自我保護，人與自然，人與人之間，時間久了，一些生存能力強的土司逐步擴大了，一些小的，弱的自我生存能力抵下的土司要不就無形地消失了，紛紛都依附在生存能力強的土司部落，逐漸就形成了相互兼並的趨勢，經過長期的演變就形成了現在最大的三大土司的格局，一些小的，弱勢的土司依舊還是生活在那種原始生活狀態，我們大明想幫助他們，但又受到大土司的限製，這些大土司又經常不受大明的管製，所以從洪武皇帝開始就實行了改土歸流的國策。”
大明雲南承宣布政使司吳方琪與大理段王爺在商榷著雲南土司形成的原因，段王爺遠比剛來雲南的吳方琪清楚。對雲南承宣布政使司說“土司的形成也不是這麽簡單，有著很長的曆史，你說的不錯，最初土司的形成是出於自我保護意識的，但所謂的自我保護意識界線很難分的清楚，強取豪奪也是一種自我保護意識，極大多數的少數民族都生活在深山老林裏，自然災害經常發生，人類賴以生存的資源在深山老林裏十分的稀缺，為了能夠使自己的部落長治久安地生存，不得不對自然資源進行強取豪奪，他們也是出於一種自我保護意識。雲貴一帶大土司的形成是一種規律，一種社會發展的規律，人以群分，大家都想抱團，來抵抗外來的侵略，也可以說是一種自我保護意識。在大土司的部落裏出現的一些奴隸，在一定的程度上是一種自願行為，一日為奴，世代為奴，在部落裏是永恆的。”
吳方琪說“奴隸是社會不發達，不進步的產物，隨著社會的發展，像少數民族中這樣的奴隸現象也將會取締，早在秦始皇時期開始奴隸現象已經慢慢地消失了，而在西南，西北的邊陲現在仍然很普遍，這與地方的社會進化，文化的傳播有很大的關係，越封閉的地方奴隸現象越嚴重。要消除這種現象不是我能力所及，責職所及的，然而，大量土司的存在不僅影響到邊陲人民的生活，已經影響到大明對雲貴川地方的統治。元朝的殘餘勢力仍在，大明多次迴剿不清，前兩天蒙古人不是就出現在大理的比武場上嗎，這些現象與土司的存在有一定的關係，雖然不能確定這些蒙古人是不是在土司的庇護下。”
段王爺說“那你對雲貴川一帶土司的存在有什麽治理的思路，改土歸流有什麽具體的措施，如果按照以前的那種方法，恐怕會激起土司們的民變，就我們雲南大小不等的土司有數十近百個，還不包括不在我的視野裏的那些剛剛發展起來的，我們雲南的三大土司對這些中小土司那是一唿百應的，這我不得不提醒你一下。”
吳方琪說“我不想在自己手上徹底消除雲南所有的土司，不是不想去做，而是不可能做到，盡我的所能想將雲南的土司加以一係統的，土司們能夠願意接受的民族改良政策，從現在的實際情況來看如果一味地消除土司不僅不可能，也是不理性的，土司的存在一定程度上也是社會安定的因素之一。雲貴大部地區經濟發展落後、加上交通不便、民族文化差異巨大的情況下，土司製度的存在也起到一定的積極作用。但是，土司世代獨霸一方，一些土司專橫不法，對管轄內的族民實行壓迫和經濟掠奪，各土司之間也為爭權奪利挑起械鬥或戰爭，致至一方人民生靈塗炭，雖大明的政令，卻也屢教不改。”
吳方琪又說“經我一年多時間的走訪調查，社會底層有很大的一批小土司們對一些大土司獨霸一方的行為也非常不滿。我想從幾個方麵進行改良，一是對雲貴經濟，文化，交通落後的現象進行改良，經濟發達地區出資源，物資，人員深入雲貴野蠻地區進行改造，改良，所發生的一切資源均由朝廷負擔，前提條件是要所到的地區給予配合，並保證援助人員的人身安全，我想對這個條件各大土司們不會有反對意見吧。二是由雲南三大土司協助雲南承宣布政使司，提刑按察使司，都指揮使司共同製訂出雲貴川的民族政策，由大明皇帝頒發，雲南三大土司來實施。三是雲南三大土司以及一些對地方有影響的土司由大明皇帝授官職，穿大明官服，領朝廷奉祿。”
段王爺聽著，思考著，雲南承宣布政使司吳方琪這三個方麵的措施以前沒有聽到過，恐怕是他個人的一種設想，雲南提刑按察使司，都指揮使司都沒有提起過，當即就向吳方琪問了起來“布政使大人，這是你個人的一些設想吧，在你來雲南來的時候，大明皇帝授權你了沒有，這三個方麵的措施你們雲南三司之間商榷過了沒有。”
吳方琪說“那到沒有，皇帝讓我先做調查，拿出方案再以雲南承宣布政使司上奏，如果從這三個方麵同時進行，在雲南實行改土歸流能行得通的話，我就上奏皇上，估計差不了。至於雲南提刑按察使司，都指揮使司那裏等皇上下旨之後再去理論，或者他們會來找我的。”