正當夜天等人行至途中時，乘坐的船卻出現了故障，好在附近就有一個城市，夜天隨即讓小黃放出了小藍，然後三人坐著小藍來到了這座城市——馬察市
然後夜天三人來到了神奇寶貝中心，結果一進門，夜天懷裏的依依和小黃肩膀上的丘丘就顯得沒有了精神，而喬伊小姐則是正在和一個理工男在電腦前忙碌著。
隻見神奇寶貝球的傳送係統不斷的把神奇寶貝球傳送走，但是傳送進去的完成了最終進化型烈焰馬卻變成了沒有進化的綠毛蟲，而那個理工男卻是完全無法接受這個結果，竟然直接啟動了強製關機的按鈕，然後跑出了神奇寶貝中心。
夜天隨後才從喬伊小姐那裏知道這個理工男就是神奇寶貝傳送係統的開發者——秋葉原博士，神奇寶貝中心的神奇寶貝球傳送係統現在已經完全停止運作了，但是如果不快點讓秋葉原博士迴來解決的話，那些之前傳送走的神奇寶貝就危險了，而且這種事情最近一直發生。
但是每一次秋葉原博士都會來解決，可是這一次卻比以往更加恐怖，已經有超過百隻神奇寶貝被傳送走了，先前隻有幾隻被傳送走，但是都被找迴來了。
最後喬伊小姐請求夜天幫忙去找迴秋葉原博士，然後拿出了一張手繪地圖交給了夜天，夜天隨即帶著葉子和小黃前往了秋葉原博士的研究所。
然後就來到了一個破舊的大房子麵前，夜天隨即推開了門走了進去，結果一進門就看到房子裏麵黑漆漆的一片，完全沒有人住的樣子。
三人走進去後，找了一圈都沒有見到博士，突然出現的一個巨大博士頭機器人倒是把葉子和小黃嚇了一跳，然後就被夜天一記迴旋踢踢到了一邊。
但是突然，秋葉原博士的聲音響起來，然後向夜天三人講述了神奇寶貝傳送係統的問題的原因：博士開發出了一隻電腦神奇寶貝3d龍用來維護神奇寶貝傳送係統，但是最近3d龍開始變得奇怪了，他隨即開始檢查，然後發現是有病毒入侵了3d龍，然後讓3d龍開始不再受他的管控，並且時常下載一些奇怪的軟件，最重要的是，它還把他的瀏覽器記錄給完全複製後刪除了！
隨後秋葉原博士請求夜天進入電腦中的數碼世界去處理一下這隻3d龍，夜天聽後沒有一點點猶豫就拒絕了，畢竟你這個劇情已經突破了次元壁要和隔壁數碼寶貝串台了。
但是秋葉原博士卻違抗了夜天三人的個人意願，直接將夜天強行送入了數碼世界中，還中二的說道：“被選中的少年啊！去拯救數碼世界吧！”
“我c！暗影，水手裏劍！”夜天在進入數碼世界之前將暗影放了出來同時凝聚波導之力將葉子和小黃推開了，然後暗影一發水手裏劍擊穿了牆壁就找到了秋葉原博士，暗影隨即一招擒拿手控製住了秋葉原博士，葉子和小黃也是一臉氣憤的看著秋葉原博士。
而夜天則是進入到了數碼世界中，然後就看到了一隻桃紅色與藍綠色的棱角分明，形狀有些類似紙鶴的神奇寶貝，正是3d龍（0號機）。
正見這隻3d龍又在下載一些亂碼的文件，夜天好奇的看了一眼後就亞麻呆住了，隨後就後悔的捂住了自己的眼睛，不！我的眼睛不幹淨了！
而3d龍也發現了夜天，隨即朝著夜天使出了破壞死光，而夜天則是迅速躲開，然後拿出了腰間的神奇寶貝球，結果發現自己的身上除了大師球以外就隻剩下了空白的神奇寶貝球，而依依和其他神奇寶貝則是在傳送進數碼世界前就被留在了傳送裝置裏麵，而且還困在了裝置裏麵出不來了。
夜天隨即想要釋放波導之力和常磐之力，但是卻收效甚微，並且3d龍同時還在分析夜天的特殊能力，緊接著3d龍變成了一個巨型高達，然後朝著夜天攻來。
而夜天則是連忙躲避，然後一記帝騎踢踹向了變成高達到3d龍，結果自己的攻擊竟然直接穿過了3d龍，但是3d龍卻反手釋放出十萬伏特擊中了夜天。
“kao！玩不起是吧？”夜天隨即爆了粗口，緊接著準備釋放暗影之力，結果腰間的大師球突然開始振動。
緊接著夜天身上浮現出了一隻類似龍之俯衝一樣的巨龍虛影，眼睛也變成了龍一樣的豎瞳，隨後一擊命中了高達形態的3d龍，3d龍瞬間縮小成原本的大小，然後開啟了格式化模式。
而夜天背後的巨龍虛影也隨即消失，夜天這才迴過神來，然後就看到了3d龍完成了杵在自己麵前一動不動。
夜天隨即用左手觸碰了一下3d龍，並且右手已經準備好了暗影之刃，結果3d龍竟然在夜天觸碰到的一瞬間蘇醒了過來，然後就看到3d龍對著自己就是一通掃描識別，最後更是吸收了暗影之刃。
緊接著身體變成了粉色和紫色，然後直接找到了夜天腰間的空白神奇寶貝球鑽了進去，於是夜天就陰差陽錯的收服了這隻3d龍（0號機）。
隨後夜天將其放出來，讓其恢複數碼世界的正常運行，3d龍隨即就去將所有困在了數碼世界的神奇寶貝球分別傳送到了應該到的地方，然後朝著夜天點了點頭。
夜天隨即說道：“打開迴到現實世界的傳送門！”3d龍隨即眼睛放出光芒在夜天的麵前投射出一道門，然後示意夜天走出去，夜天隨即將3d龍收迴了神奇寶貝球中後走進了傳送門。
再次出現時，夜天已經迴到了現實世界中，依依和戰艦都著急的看著夜天，而它們兩個的神奇寶貝球就在一旁放著，至於黑暗球和暗影的高級球則是在另一邊放著。
而另一邊的魔魘已經將秋葉原博士徹底催眠，然後誘導著秋葉原博士說出3d龍的秘密。
然後夜天三人來到了神奇寶貝中心，結果一進門，夜天懷裏的依依和小黃肩膀上的丘丘就顯得沒有了精神，而喬伊小姐則是正在和一個理工男在電腦前忙碌著。
隻見神奇寶貝球的傳送係統不斷的把神奇寶貝球傳送走，但是傳送進去的完成了最終進化型烈焰馬卻變成了沒有進化的綠毛蟲，而那個理工男卻是完全無法接受這個結果，竟然直接啟動了強製關機的按鈕，然後跑出了神奇寶貝中心。
夜天隨後才從喬伊小姐那裏知道這個理工男就是神奇寶貝傳送係統的開發者——秋葉原博士，神奇寶貝中心的神奇寶貝球傳送係統現在已經完全停止運作了，但是如果不快點讓秋葉原博士迴來解決的話，那些之前傳送走的神奇寶貝就危險了，而且這種事情最近一直發生。
但是每一次秋葉原博士都會來解決，可是這一次卻比以往更加恐怖，已經有超過百隻神奇寶貝被傳送走了，先前隻有幾隻被傳送走，但是都被找迴來了。
最後喬伊小姐請求夜天幫忙去找迴秋葉原博士，然後拿出了一張手繪地圖交給了夜天，夜天隨即帶著葉子和小黃前往了秋葉原博士的研究所。
然後就來到了一個破舊的大房子麵前，夜天隨即推開了門走了進去，結果一進門就看到房子裏麵黑漆漆的一片，完全沒有人住的樣子。
三人走進去後，找了一圈都沒有見到博士，突然出現的一個巨大博士頭機器人倒是把葉子和小黃嚇了一跳，然後就被夜天一記迴旋踢踢到了一邊。
但是突然，秋葉原博士的聲音響起來，然後向夜天三人講述了神奇寶貝傳送係統的問題的原因：博士開發出了一隻電腦神奇寶貝3d龍用來維護神奇寶貝傳送係統，但是最近3d龍開始變得奇怪了，他隨即開始檢查，然後發現是有病毒入侵了3d龍，然後讓3d龍開始不再受他的管控，並且時常下載一些奇怪的軟件，最重要的是，它還把他的瀏覽器記錄給完全複製後刪除了！
隨後秋葉原博士請求夜天進入電腦中的數碼世界去處理一下這隻3d龍，夜天聽後沒有一點點猶豫就拒絕了，畢竟你這個劇情已經突破了次元壁要和隔壁數碼寶貝串台了。
但是秋葉原博士卻違抗了夜天三人的個人意願，直接將夜天強行送入了數碼世界中，還中二的說道：“被選中的少年啊！去拯救數碼世界吧！”
“我c！暗影，水手裏劍！”夜天在進入數碼世界之前將暗影放了出來同時凝聚波導之力將葉子和小黃推開了，然後暗影一發水手裏劍擊穿了牆壁就找到了秋葉原博士，暗影隨即一招擒拿手控製住了秋葉原博士，葉子和小黃也是一臉氣憤的看著秋葉原博士。
而夜天則是進入到了數碼世界中，然後就看到了一隻桃紅色與藍綠色的棱角分明，形狀有些類似紙鶴的神奇寶貝，正是3d龍（0號機）。
正見這隻3d龍又在下載一些亂碼的文件，夜天好奇的看了一眼後就亞麻呆住了，隨後就後悔的捂住了自己的眼睛，不！我的眼睛不幹淨了！
而3d龍也發現了夜天，隨即朝著夜天使出了破壞死光，而夜天則是迅速躲開，然後拿出了腰間的神奇寶貝球，結果發現自己的身上除了大師球以外就隻剩下了空白的神奇寶貝球，而依依和其他神奇寶貝則是在傳送進數碼世界前就被留在了傳送裝置裏麵，而且還困在了裝置裏麵出不來了。
夜天隨即想要釋放波導之力和常磐之力，但是卻收效甚微，並且3d龍同時還在分析夜天的特殊能力，緊接著3d龍變成了一個巨型高達，然後朝著夜天攻來。
而夜天則是連忙躲避，然後一記帝騎踢踹向了變成高達到3d龍，結果自己的攻擊竟然直接穿過了3d龍，但是3d龍卻反手釋放出十萬伏特擊中了夜天。
“kao！玩不起是吧？”夜天隨即爆了粗口，緊接著準備釋放暗影之力，結果腰間的大師球突然開始振動。
緊接著夜天身上浮現出了一隻類似龍之俯衝一樣的巨龍虛影，眼睛也變成了龍一樣的豎瞳，隨後一擊命中了高達形態的3d龍，3d龍瞬間縮小成原本的大小，然後開啟了格式化模式。
而夜天背後的巨龍虛影也隨即消失，夜天這才迴過神來，然後就看到了3d龍完成了杵在自己麵前一動不動。
夜天隨即用左手觸碰了一下3d龍，並且右手已經準備好了暗影之刃，結果3d龍竟然在夜天觸碰到的一瞬間蘇醒了過來，然後就看到3d龍對著自己就是一通掃描識別，最後更是吸收了暗影之刃。
緊接著身體變成了粉色和紫色，然後直接找到了夜天腰間的空白神奇寶貝球鑽了進去，於是夜天就陰差陽錯的收服了這隻3d龍（0號機）。
隨後夜天將其放出來，讓其恢複數碼世界的正常運行，3d龍隨即就去將所有困在了數碼世界的神奇寶貝球分別傳送到了應該到的地方，然後朝著夜天點了點頭。
夜天隨即說道：“打開迴到現實世界的傳送門！”3d龍隨即眼睛放出光芒在夜天的麵前投射出一道門，然後示意夜天走出去，夜天隨即將3d龍收迴了神奇寶貝球中後走進了傳送門。
再次出現時，夜天已經迴到了現實世界中，依依和戰艦都著急的看著夜天，而它們兩個的神奇寶貝球就在一旁放著，至於黑暗球和暗影的高級球則是在另一邊放著。
而另一邊的魔魘已經將秋葉原博士徹底催眠，然後誘導著秋葉原博士說出3d龍的秘密。