在陳凱麗的點撥下,李宇軒的代碼重構生物世界大業取得一係列的進展,首先他定一個一個類,叫做生物類,給這個類定義了基本的一個屬性:生存目標,默認值為兩個,繁殖與存活,以及能量值屬性。定義了幾個方法:繁殖,死亡,遺傳,演化,獲取能量,設置了幾個事件:當能量低於閾值時,當能量滿足時,當環境適合繁殖時,當繁殖時,當繁殖成功時,當空閑時,當忙碌時。


    從生物類六界係統分類下,向下定義和派生子類,定義出病毒界類、原核生物界類、真菌界類、原生生物界類、植物界類和動物界類,這些類繼承了生物類的屬性、方法和事件,並逐個進行重寫和豐富各子類的內容。


    病毒是顆粒很小、以納米為測量單位、結構簡單、寄生性嚴格、以複製進行繁殖的一類非細胞型微生物。 病毒是比細菌還小、沒有細胞結構、隻能在活細胞中增殖的微生物。病毒由蛋白質和核酸組成。病毒界類的屬性在繼承生物父類的屬性,具有繁殖和存活的目標屬性,病毒本身沒有細胞構造,其主要成分僅為核酸和蛋白質兩種,故又稱“分子生物”:每一種病毒隻含一種核酸,不是dna就是rna,病毒隻能利用宿主的存活細胞內現成代謝係統合成自身的核酸和蛋白質成分,以核酸和蛋白質等“元件”的裝配實現其大量繁殖;在離開宿主活細胞的條件下,有些病毒能以無生命的生物大分子狀態存在,並長期保持其侵染活力。


    dna和rna是核酸的兩種類型,dna是脫氧核糖核酸,rna是核糖核酸。dna(脫氧核糖核酸)的基本組成部分是脫氧核苷酸。脫氧核苷酸是一類由嘌呤或嘧啶堿基 、脫氧核糖以及磷酸三種物質組成的小分子化合物 ,是構成生物體遺傳物質dna的物質基礎 。脫氧核苷酸中四種堿基腺嘌呤 (adenine,縮寫為a)、胸腺嘧啶(thymine,縮寫為t)、胞嘧啶(cytosine,縮寫為c)和鳥嘌呤(guanine,縮寫為g)排列順序的不同,決定了生物的多樣性。rna是核糖核酸的基本組成部分是核苷酸,核苷酸是一類由嘌呤堿或嘧啶堿、核糖或脫氧核糖以及磷酸三種物質組成的化合物。rna由核糖核苷酸經磷酸二酯鍵縮合而成長鏈狀分子。一個核糖核苷酸分子由磷酸,核糖和堿基構成。rna的堿基主要有4種,即a(腺嘌呤)、g(鳥嘌呤)、c(胞嘧啶)、u(尿嘧啶),其中,u(尿嘧啶)取代了dna中的t(胸腺嘧啶)。


    李宇軒嚴格按照陳凱麗提供的生物知識的結構,又單獨定義了dna類、rna類、以及堿基類和堿基類的子類,agcut。生物的遺傳物質,正是通過這些堿基的不同排列組合傳遞的,如何組合傳遞如何的信息,已經不在李宇軒的研究範疇,他嚴謹的隻是建立好了類的結構。李宇軒問過張凱麗,這些堿基是否都有明確的化學結構和分子式,張凱麗隻要是存在的,一定有明確的化學結構和分子式,而其自身的組合,就無窮無盡了,無論組合,都隻是碳、氫、氧、氮四個元素的組合。


    李宇軒驚訝的感歎道:\"那豈不是可以人造這些dna、rna,在通過他們的組合存放下我這個類定義的代碼。代碼重構生物,生物記錄代碼。\"


    張凱麗打趣道:\"理論上是可以的,弄好了,你就是造世主了,到時候把我造的更漂亮點,我就不來辛苦讀這個博士了,靠扭扭腰吃飯,活的俗不可耐一點。\"


    定義原核生物界類的時候,李宇軒同時定義了細胞類。原核生物 是一種單細胞生物,缺乏細胞核和其他膜結合細胞器。在生物分類的三域係統中,基於分子分析,原核生物分為兩個域:細菌(原真細菌)和古細菌(原古細菌)。 具有細胞核的生物體位於第三個領域,即真核生物。


    在生命起源的研究中,原核生物被認為出現在真核生物之前。原核生物的繁殖方式為細胞分裂繁殖。原核生物單細胞會以簡單二分裂方式繁殖,無有絲分裂或減數分裂,沒有性行為,有的種類有時有通過接合、轉化或轉導,將部分基因組從一個細胞傳遞到另一個細胞的準性行為。


    在定義細胞類的時候,根據係統的定義,細胞是一切生物體形態結構和生理功能的基本單位,均由細胞膜、細胞質與細胞核三部分組成,細胞膜:由膜脂、膜蛋白及膜糖類組成,是包裹於細胞表麵、將細胞與周圍微環境隔離的界膜,構成特殊屏障,在細胞的生命活動中起著重要作用;細胞質:又稱胞漿,是由細胞質基質、細胞器和包涵物組成;細胞核:由核被膜、染色質、核仁與核基質四部分組成。細胞核含有dna遺傳信息,通過dna的複製與轉錄,細胞核成為細胞增殖、分化代謝等功能活動的重要結構。細胞核中也有rna,不過大部分rna在細胞質內,在rna聚合酶的作用下,dna可根據模板合成互補的rna鏈,這個rna被稱為信使核糖核酸,主要在細胞核內合成。


    李宇軒在細胞類的定義中中,按照結構,細胞膜、細胞質、細胞核被分別定義為新的數據類,並且又以細胞類的屬性存在,而細胞核屬性中的dna屬性,又隻能賦予dna類的實例。


    細胞是組成真菌、原生生物、植物和動物的基本組成部分。在整個生物界,除了病毒,其他的生物都是由細胞所構成,而原核生物就是一個原始的細胞,而病毒,恰恰是組成任意細胞核或者細胞質中的dna或者rna的一個片段,細胞卻並非一定由某些片段組成,但這些病毒作為這些片段要靠侵入細胞而生存,繼而執行演變、繁殖或者死亡的方法。


    真菌界均屬真核生物,真菌廣泛分布於全球各帶的土壤、水體、動植物及其殘骸和空氣中,營腐生、寄生和共生生活。真菌界是指營養方式為異養的真核菌類。分為真菌門和粘菌門,真菌界細胞無質體,不含葉綠素,不能進行光合作用,其營養方式不是自養而是異養,能分解和吸收有機物質,腐生或寄生,細胞壁的化學組成除少數為纖維素外,大多由幾丁質構成。而粘菌更為特殊,生活史中有動物性階段和植物性階段,動物性階段的有機體無壁,僅為一團裸露的原生質,而且可作變形運動,吞食細菌和有機物顆粒;在植物性階段則形成孢子囊,產生具纖維素壁的孢子。少數真菌為單細胞,大部分真菌為多細胞結構,而細菌則是真菌界的單細胞生物。真菌是一大類具有細胞壁和典型細胞核,不含葉綠素,不分根、莖、葉的微生物。


    真菌的繁殖方式包括無性生殖、有性生殖和準性生殖。無性生殖是指不經過兩性細胞的結合便產生新的個體。有性生殖有遊動配子配合、配子囊接觸交配、配子囊交配、性孢子配合和體細胞配合等形式。有的真菌在質配後立即進行核配。重新使染色體的數目減為單倍。有性繁殖方式因菌種不同而異。對多數真菌來說,由菌絲分化形成特殊的性胞(器官)配子囊或由配子囊產生的配子來相互交配,形成有性孢子,兩個有性細胞結合以後產生新個體。


    根據產生有性孢子菌絲來源或親和力不同,一般可分為同宗配合和異宗配合兩類。同宗配合是指不同交配型的核在一個菌絲體中,即每一菌體都是自身可孕的,不靠別的菌體幫助而能獨立地進行有性生殖。異宗配合是是指每一菌體都是自身不孕的,不管它是否雌雄同體,都需要借助另一個可親和菌體的不同交配型來進行有性生殖,以“+”和“-”來表示兩個不同質的細胞。


    那日沉浸於真菌類篇章研讀的少鬧鍾李宇軒無法自拔,又在陳凱麗的宿舍裏和她剛進行完畢一場精彩的性探討,事畢剛心生賢者時刻的空洞感,又旋即想到這有性繁殖居然從真菌就開始了,頓時全然索然無味:\"凱麗,你說這真菌都幹的事,咱兩個人咱幹的還那麽津津有味呢?\"


    張凱麗看著李宇軒,噗嗤笑了出來,拿出身邊的一本《真菌繁殖》教科書,翻了翻找到一頁,念了起來:\"發現真菌存在性分化現象。大多數真菌是雌、雄同株的,即同一個菌體上可以分化出雌、雄配子體,少數為雌雄異株的,即一些菌株隻產生雌配子體而另一些菌株隻產生雄配子體。然而並不是所有雌雄同株的真菌都可以單株進行有性生殖。雌、雄配子體可以交配完成有性生殖的稱為性親和(sexual patible),不能交配的稱為性不親和(sexual inpatible)。有些真菌單個菌株就可以完成有性生殖稱為同宗配合(homothallism),而多數真菌為異宗配合(heterothallism)的.即單個菌株不能完成有性生殖,需要兩個性親和菌株共同生長在一起才能完成有性生殖。多數真菌如鞭毛菌、接合菌、子囊菌及少數擔子菌的異宗配合特性一般由一對等位基因(通常用a、a表示)控製,因此可以分為兩種交配型,即“+”菌株和“-”菌株。“+”菌株必須與“-”菌株交配才能完成有性生殖,分別單獨培養不能進行有性生殖。許多高等擔子菌的性的親和性分化更為複雜,由多個等位基因控製。可以分為四種交配型。同宗配合或異宗配合是真菌的一種生理特征,在分類上意義不大。相近的真菌如同一個屬的不同種或同一個種的不同菌株,可以是同宗配合,也可以是異宗配合。對大多數雌、雄同株的異常配合真菌,同一種類的不同交配型菌株之間,除交配型的生理特征外,在形態上沒有明顯區別。一般來說.同宗和異宗配合現象在卵菌、接合菌、子囊菌中都常見,而擔子菌則異宗配合的居多。異宗配合真菌的有性生殖需要不同菌株間的雜交,因此有性後代比同宗配合真菌具有更大的變異性、這對增強異宗配合真菌適應性與生活能力是有益的。


    聽懂了麽?\"


    李宇軒仔細的聽,認真的答:\"一部分。\"


    張凱麗:\"我告訴你,這有性生殖,兩兩交配,是為了通過雜交變異,變異是為了適應性和提高生活能力。咱兩個剛才交配,是為了生殖麽?\"


    李宇軒:\"不是。\"


    張凱麗:\"那是為了什麽?\"


    李宇軒:\"為了,爽?\"


    張凱麗:\"爽麽?\"


    李宇軒:\"爽!\"


    張凱麗:\"真菌會爽麽?\"


    李宇軒:\"我不知道。爽它也不會說。\"


    論文《用麵向對象的編程語言創建世界生物模型》寫到真菌類時,篇幅已經巨大,李宇軒增長了很多生物學的知識,但是基於非專業,不敢展開深入,隻將類的框架按照生物的分類邏輯、行為邏輯、繼承邏輯嚴謹的做好骨架,定義好屬性、方法和事件。他也更深刻的感到,這個論文如果寫成,張凱麗功不可沒,如果沒有張凱麗,他也無法獨立完成。李宇軒是個學術認真的人,自始至終不讓張凱麗直接參與任何論文的指正,完全獨立完成,因此就更少不了隔三差五的去找張凱麗討教知識、諮詢參考資料和順便兩個人一起探討人生和高等生物的快樂。而李宇軒,也迫不及待的將論文的節奏推進到植物界和動物界的領域。


    相比清華大學的學習生活,遠在大不列顛帝國的江靈的生活則更是多元,江靈的老師之一是牛津大學著名的英國國寶級教授作家k.s.s托爾銀,作為語言學家,他的《魔杖》七部曲,在書中創造了複雜而豐富的從基督誕生到中土世界,並構建了獨一無二的語言體係。他的作品以其深邃的哲學意義和浩瀚的想象力而著稱,深刻地影響了後來的奇幻文學作家,並被陸續拍成了諸多電影作品和製作成了遊戲作品,電影作品部部包攬當年的奧斯卡各類獎項,遊戲作品也長期處於西方價值觀主導世界的遊戲榜首。世界文學界流行一種說法,\"東方出金庸,射雕屠龍笑傲八部;西方托爾銀,甘道霍比魔杖天使。\"


    k.s.s托爾銀每個月會有一次現代文學的論壇課,江靈都一定會參加,與世界文豪進行麵對麵思想碰撞是一件受益匪淺的事情。這一天,教室裏擠滿了60個同學,分十組各自圍著桌子在教室裏扇形排開,托爾銀教授坐在講台前的沙發上,與各位同學們聊天,今天的議題是\"中世界歐洲文化的優越性\",今天的課程方式是自由論壇模式,以托爾銀教授的講述和同學們的互動相輔相成的模式進行。


    托爾銀:\"中世紀是從公元476年西羅馬帝國被條頓族首領奧多阿克所滅亡開始,到15世紀之間的九百多年。 中世紀文化是以基督教文化為主導意識形態因素的綜合文化,三種主要文化在基督教前提之下相互融合。同學們是否知道是哪三種文化?\"


    江靈:\"古希臘羅馬文化、希伯萊文化和北歐民族哥特文化。\"


    托爾銀:\"很好,這位中國女同學。從這八百年文化演進的階段性特征上看,又可以分作兩個時期:一是北歐進入西羅馬造成的“黑暗時代”;二、加洛林王朝的文藝複興時期。中世紀是從粗野的原始狀態發展而來的,基督教在文化、教育、哲學、文藝乃至整個精神領域裏,占有絕對的統治地位,成了歐洲封建製度的精神支柱。同時期,世界各地都十分的愚昧落後。宗教成為了人們精神生活的絕大部分,宗教教義就是政治信條,教會壟斷了文化教育。


    中世紀的歐洲封建社會實行的是典型的等級製度,而騎士製度就是這些等級製度的表現之一。騎士階級在曆史的發展演進的過程中,實際上是形成了自己的一套道德標準和人生信條。騎士精神直到今天也依然是歐洲文化精神的旗幟。而同時期的中國處於從魏晉亂世到隋唐亂世的1000年中,印度也正在經受來自大夏希臘人、塞人、安息人、中亞白匈奴、穆斯林帝國的侵略,信仰崩塌,這兩個文明此時文化落後、百姓愚昧,被強大的暴力統治壓製在奴隸一樣生活的最底線。\"


    此刻江靈旁邊的中國同學徐港瀚小聲和江靈嘀咕,\"這從南北朝到明朝,唐宋元明的盛世,全被五胡十六國和五代十國給替代了?\"。一個印度同學此刻站起來,對印度在歐洲中世紀同期處於愚昧落後和信仰崩塌的說法提出質疑,他的觀點是:\"孔雀王朝造就了偉大的文明。\"嘰裏呱啦帶著咖喱味的英語說了半天,不用托兒銀教授開口,班上歐洲各國同學以嚴謹的傲慢態度給他懟了迴去,班上另外四個印度同學紛紛加入了辯論,一時間兩撥人你三言我兩語懟的不可開交,不相上下。


    托爾銀教授打個原唱,下結論式的說:\"歐洲的文化更容易產生社會的多元寬容,有利於創新。注重精確性,注重公理化。注重契約,對宗教虔誠,注重獨立奮鬥。\"


    徐港瀚此刻正要站起來就中國的問題辯論幾句,江靈拉了拉徐港瀚,輕聲說道:\"傲慢與偏見,不予辯論!\"

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