來到研究所，眾人見到了優子小姐。優子說，倫多博士擔心小超想去植物園找他，然後就被人群卷入了撤離的隊伍中，現在在拉魯斯市外麵的觀測塔。
優子道：“罩住整個拉魯斯市的保護罩是代歐奇希斯形成的，而你們看，裂空座都無法進入。”優子將城市上空的監控視頻調了出來，可以看見，裂空座正在試圖突破保護罩，而代歐奇希斯還在持續釋放分身，抓人類和寶可夢，似乎在找什麽東西的樣子。
優子繼續道：“我們也沒有辦法出去了！而且也沒有辦法跟外界聯絡了，供給城市的用電也切換到了省電模式，街上的係統也完全停止。並且精靈球的管理係統也失效了，無法將寶可夢收迴或者是放出。”
小瞬道：“我們之中似乎隻有小智博士的精靈球沒有任何限製。剛才本來我就想用毒薔薇來幫忙的，卻沒有辦法讓毒薔薇出來。”
小遙拿出了力壯雞的精靈球，怎麽按都沒有反應，道：“現在我們都沒有辦法使用寶可夢了。”
小智同樣拿出了自己的精靈球，與眾人不同的是，小智的精靈球能很順利的使用，他道：“我想應該是‘它’的存在影響的吧！小剛你將空間裏的寶可夢召喚出來試試。”
小剛道：“好！”小剛手裏憑空出現了一個精靈球，道：“出來吧，九尾！”
九尾從精靈球裏出來了！
小智道：“看樣子空間裏的寶可夢沒有受到任何影響。”小智的猜想得到了證實。
小瞬疑惑道：“你們越說我越來越聽不懂了！”
小智道：“小瞬，別眨眼。”小智將小瞬帶進了他的空間中，小瞬驚訝於眼前看到的這麽多神獸，小瞬眼前的景物再次變換，迴到了研究所裏。
小智道：“小瞬你再試試你的精靈球。”
這次小瞬很順利的喚出了毒薔薇。小瞬道：“......太不可思議了！”
小智道：“這可是我的秘密，記得保守！好了，現在優子小姐小姐說的精靈球的限製對我們已經沒有影響了。”
優子見狀也沒有多說什麽，小遙問道：“優子小姐，代歐奇希斯到底是什麽啊？”
優子解釋道：“是生活在大氣層中的寶可夢。四年前，在北極圈內有一顆隕石墜落，從那顆隕石中誕生出來的新寶可夢。倫多博士給那隻新的寶可夢命名——代歐奇希斯。那個時候，裂空座突然出現，就像今天這樣攻擊代歐奇希斯。倫多博士猜想，應該是裂空座認為自己的領地被侵犯了，被打敗的代歐奇希斯就消失在了大海中。”
小剛提出自己的疑問：“優子小姐，你不是說代歐奇希斯被裂空座打敗並消失在海裏了嗎？那今天出現的代歐奇希斯......”
優子繼續道：“被打倒的代歐奇希斯，一定是花了很長的時間再生！因為當時的研究表明，代歐奇希斯擁有強大的再生能力。與其說今天出現在天空中的大量代歐奇希斯是分身還不如說是影子。”
小勝道：“現在隻希望代歐奇希斯的分身沒有鑽牆的能力了，不然研究所也不安全了。”
小遙忽然道：“隻是現在肚子好餓啊！”
小剛道：“我們的背包和剛買的食材都放在了寶可夢中心，要是我們沒有辦法離開研究所遲早會被餓死的。”
小遙表示不滿：“我一定不要餓死在這裏！”
小智道：“現在距離天黑也還有很長的時間，這樣吧！小剛我們兩個去寶可夢中心拿迴背包，而且我還有些事情想要調查。超夢就決定是你了！”
“超夢要是有什麽情況，你斷後！”
超夢道：“我知道了！”小智將超夢留給了小遙他們。
小瞬道：“小智博士你放心，還有我的毒薔薇它們呢！”
小遙道：“我也有力壯雞它們。你們放心去吧！”
研究所的大門被打開，小智與小剛分別乘坐著拉帝歐斯和拉帝亞斯直奔寶可夢中心。
小智道：“小剛找到沒有！”
小剛道：“找到了，食材都在。現在去寶可夢中心的倉庫將水帶走就可以了！”小剛將小智的背包遞給了小智，自己則背上了小遙與小勝和自己的背包。
小智道：“加快速度，我去倉庫，小剛你到門口等我。”
小剛道：“小智你要小心。”
小智直奔地下倉庫而去，找到水後就將其塞進了空間中，這樣還能保證水的安全。小智迴到了門口跟小剛匯合，再次坐上了拉帝歐斯與拉帝亞斯的背往植物園的方向飛去。
小剛問道：“小智我們迴植物園幹什麽？”
小智道：“我在想，之前我們隻是看到代歐奇希斯在抓寶可夢或者人類，但卻隻是把他們帶走，並沒有傷害他們的意思。我的直覺告訴我，它像是在找什麽東西，整個拉魯斯市隻有植物園裏的那個能量體給我的感覺很像是代歐奇希斯。”
小剛道：“小智你是說......那個能量體是代歐奇希斯？”
小智道：“沒錯！所以現在要調查，現在無法聯係渡先生或者是大木博士，所以隻能親自去確認一下了。”小智隻是這麽說，他其實早就確定了，那個能量體就是代歐奇希斯的靈魂，而本體就在研究所裏。
小智他們成功降落在植物園門口，被破壞的大門依舊敞開著，但小剛感到有些奇怪，道：“小智，我們一路來都沒有遇到一隻代歐奇希斯的分身很奇怪啊！”
小智道：“應該是去對付裂空座了，我能感覺到裂空座很快就要進入到拉魯斯市中了，隻要那個保護罩被打破，我們也就能跟外界聯絡了。”
小剛道：“趁著代歐奇希斯還沒有來，我們也要加快速度了。”
小智開啟了波導之力，找尋能量體的位置，道：“找到了！”小智道：“你就是代歐奇希斯對吧！現在整個城市都被你的同伴為了尋找你而搞成了現在這樣的狀態，跟我走，我幫你再生你的身體。”
淡綠色的能量體出現在了小智眼前，應該是答應了。
小剛道：“我們還是往地下室的通道走吧！”
小智道：“好。”
小智與小剛成功迴到了研究所，眾人在飽餐了一頓後，優子就帶著他們前往了地下的研究室。
那淡綠色的能量體再次出現，圍繞著小超轉了幾圈後，迴到了那個研究室中心的綠色結晶中。小智道：“優子小姐，現在隻有讓這隻代歐奇希斯再生，另外這隻代歐奇希斯才會離開。”
研究所中這個地下的研究室就是為了再生代歐奇希斯才製作的，再生的機器也準備好了，隻是......
優子為難道：“要想再生代歐奇希斯，光靠應急電源根本不夠。”
小智道：“交給我吧！閃電鳥、電龍就決定是你們了！閃電鳥電磁炮、電龍打雷。”小智戴上了z手環對皮卡丘道：“皮卡丘準備好了嗎？”“皮卡！”
小智把自己的帽子給皮卡丘，道：“皮卡丘讓我們一起使用我們的超全力把，使用千萬伏特！”
皮卡丘的千萬伏特加上閃電鳥和電龍的電力完全超過了運轉機器需要使用的電力，甚至現在的電壓足夠運轉整個拉魯斯市的運行了。
優子趕緊操作機器，抓緊了時間完成了所有的設定，道：“準備完成，現在開始啟動機器。”隨著優子按下了按鈕，四道噴射而出的光芒照射到了代歐奇希斯的晶體上，耀眼的光芒晃了眾人的眼睛。
綠色晶體的代歐奇希斯複活了！
此時空中，裂空座將保護罩打碎了，衝進了拉魯斯市，開始消滅代歐奇希斯的分身，分身全都被裂空座消滅後，代歐奇希斯的本體被裂空座抓住，重重地摔在了地上。
優子道：“罩住整個拉魯斯市的保護罩是代歐奇希斯形成的，而你們看，裂空座都無法進入。”優子將城市上空的監控視頻調了出來，可以看見，裂空座正在試圖突破保護罩，而代歐奇希斯還在持續釋放分身，抓人類和寶可夢，似乎在找什麽東西的樣子。
優子繼續道：“我們也沒有辦法出去了！而且也沒有辦法跟外界聯絡了，供給城市的用電也切換到了省電模式，街上的係統也完全停止。並且精靈球的管理係統也失效了，無法將寶可夢收迴或者是放出。”
小瞬道：“我們之中似乎隻有小智博士的精靈球沒有任何限製。剛才本來我就想用毒薔薇來幫忙的，卻沒有辦法讓毒薔薇出來。”
小遙拿出了力壯雞的精靈球，怎麽按都沒有反應，道：“現在我們都沒有辦法使用寶可夢了。”
小智同樣拿出了自己的精靈球，與眾人不同的是，小智的精靈球能很順利的使用，他道：“我想應該是‘它’的存在影響的吧！小剛你將空間裏的寶可夢召喚出來試試。”
小剛道：“好！”小剛手裏憑空出現了一個精靈球，道：“出來吧，九尾！”
九尾從精靈球裏出來了！
小智道：“看樣子空間裏的寶可夢沒有受到任何影響。”小智的猜想得到了證實。
小瞬疑惑道：“你們越說我越來越聽不懂了！”
小智道：“小瞬，別眨眼。”小智將小瞬帶進了他的空間中，小瞬驚訝於眼前看到的這麽多神獸，小瞬眼前的景物再次變換，迴到了研究所裏。
小智道：“小瞬你再試試你的精靈球。”
這次小瞬很順利的喚出了毒薔薇。小瞬道：“......太不可思議了！”
小智道：“這可是我的秘密，記得保守！好了，現在優子小姐小姐說的精靈球的限製對我們已經沒有影響了。”
優子見狀也沒有多說什麽，小遙問道：“優子小姐，代歐奇希斯到底是什麽啊？”
優子解釋道：“是生活在大氣層中的寶可夢。四年前，在北極圈內有一顆隕石墜落，從那顆隕石中誕生出來的新寶可夢。倫多博士給那隻新的寶可夢命名——代歐奇希斯。那個時候，裂空座突然出現，就像今天這樣攻擊代歐奇希斯。倫多博士猜想，應該是裂空座認為自己的領地被侵犯了，被打敗的代歐奇希斯就消失在了大海中。”
小剛提出自己的疑問：“優子小姐，你不是說代歐奇希斯被裂空座打敗並消失在海裏了嗎？那今天出現的代歐奇希斯......”
優子繼續道：“被打倒的代歐奇希斯，一定是花了很長的時間再生！因為當時的研究表明，代歐奇希斯擁有強大的再生能力。與其說今天出現在天空中的大量代歐奇希斯是分身還不如說是影子。”
小勝道：“現在隻希望代歐奇希斯的分身沒有鑽牆的能力了，不然研究所也不安全了。”
小遙忽然道：“隻是現在肚子好餓啊！”
小剛道：“我們的背包和剛買的食材都放在了寶可夢中心，要是我們沒有辦法離開研究所遲早會被餓死的。”
小遙表示不滿：“我一定不要餓死在這裏！”
小智道：“現在距離天黑也還有很長的時間，這樣吧！小剛我們兩個去寶可夢中心拿迴背包，而且我還有些事情想要調查。超夢就決定是你了！”
“超夢要是有什麽情況，你斷後！”
超夢道：“我知道了！”小智將超夢留給了小遙他們。
小瞬道：“小智博士你放心，還有我的毒薔薇它們呢！”
小遙道：“我也有力壯雞它們。你們放心去吧！”
研究所的大門被打開，小智與小剛分別乘坐著拉帝歐斯和拉帝亞斯直奔寶可夢中心。
小智道：“小剛找到沒有！”
小剛道：“找到了，食材都在。現在去寶可夢中心的倉庫將水帶走就可以了！”小剛將小智的背包遞給了小智，自己則背上了小遙與小勝和自己的背包。
小智道：“加快速度，我去倉庫，小剛你到門口等我。”
小剛道：“小智你要小心。”
小智直奔地下倉庫而去，找到水後就將其塞進了空間中，這樣還能保證水的安全。小智迴到了門口跟小剛匯合，再次坐上了拉帝歐斯與拉帝亞斯的背往植物園的方向飛去。
小剛問道：“小智我們迴植物園幹什麽？”
小智道：“我在想，之前我們隻是看到代歐奇希斯在抓寶可夢或者人類，但卻隻是把他們帶走，並沒有傷害他們的意思。我的直覺告訴我，它像是在找什麽東西，整個拉魯斯市隻有植物園裏的那個能量體給我的感覺很像是代歐奇希斯。”
小剛道：“小智你是說......那個能量體是代歐奇希斯？”
小智道：“沒錯！所以現在要調查，現在無法聯係渡先生或者是大木博士，所以隻能親自去確認一下了。”小智隻是這麽說，他其實早就確定了，那個能量體就是代歐奇希斯的靈魂，而本體就在研究所裏。
小智他們成功降落在植物園門口，被破壞的大門依舊敞開著，但小剛感到有些奇怪，道：“小智，我們一路來都沒有遇到一隻代歐奇希斯的分身很奇怪啊！”
小智道：“應該是去對付裂空座了，我能感覺到裂空座很快就要進入到拉魯斯市中了，隻要那個保護罩被打破，我們也就能跟外界聯絡了。”
小剛道：“趁著代歐奇希斯還沒有來，我們也要加快速度了。”
小智開啟了波導之力，找尋能量體的位置，道：“找到了！”小智道：“你就是代歐奇希斯對吧！現在整個城市都被你的同伴為了尋找你而搞成了現在這樣的狀態，跟我走，我幫你再生你的身體。”
淡綠色的能量體出現在了小智眼前，應該是答應了。
小剛道：“我們還是往地下室的通道走吧！”
小智道：“好。”
小智與小剛成功迴到了研究所，眾人在飽餐了一頓後，優子就帶著他們前往了地下的研究室。
那淡綠色的能量體再次出現，圍繞著小超轉了幾圈後，迴到了那個研究室中心的綠色結晶中。小智道：“優子小姐，現在隻有讓這隻代歐奇希斯再生，另外這隻代歐奇希斯才會離開。”
研究所中這個地下的研究室就是為了再生代歐奇希斯才製作的，再生的機器也準備好了，隻是......
優子為難道：“要想再生代歐奇希斯，光靠應急電源根本不夠。”
小智道：“交給我吧！閃電鳥、電龍就決定是你們了！閃電鳥電磁炮、電龍打雷。”小智戴上了z手環對皮卡丘道：“皮卡丘準備好了嗎？”“皮卡！”
小智把自己的帽子給皮卡丘，道：“皮卡丘讓我們一起使用我們的超全力把，使用千萬伏特！”
皮卡丘的千萬伏特加上閃電鳥和電龍的電力完全超過了運轉機器需要使用的電力，甚至現在的電壓足夠運轉整個拉魯斯市的運行了。
優子趕緊操作機器，抓緊了時間完成了所有的設定，道：“準備完成，現在開始啟動機器。”隨著優子按下了按鈕，四道噴射而出的光芒照射到了代歐奇希斯的晶體上，耀眼的光芒晃了眾人的眼睛。
綠色晶體的代歐奇希斯複活了！
此時空中，裂空座將保護罩打碎了，衝進了拉魯斯市，開始消滅代歐奇希斯的分身，分身全都被裂空座消滅後，代歐奇希斯的本體被裂空座抓住，重重地摔在了地上。