淺層原理就是潛意識可以完成一個粗糙鬧鍾的功能。
深層原理現在都在研究中，潛意識這部分就像地球的深海一樣，我們了解得太少了。
下麵是我的理解：
默念是對自己的心理暗示，實際上”心理暗示“就是通過意識來給潛意識植入一段內容，這個內容可以是一個概念、一種情緒、一種反應甚至是一段虛假的迴憶。總之潛意識對於我們來說是一個無限容量的暗箱，我們放入不同的東西，它就會吐出另一個東西，至於裏麵進行了什麽操作不知道，但目前可以從暗箱的輸入和輸出來總結大致的規律。
具體到題主的例子，在默念幾點起床後，顯意識往潛意識裏植入了一個，這個在意識已經休眠後仍持續工作，直到結束了，潛意識會喚醒意識，這時人就會自然醒來。意識在進入非快速眼動睡眠期1（nrem1）的時候就開始休眠了，而潛意識在一定程度上一直工作著。
至於是用的哪裏的，這個就有分歧了。目前研究發現，人對時間的感知分三類：
1.生理節律（circadianrhythm）
一個循環是大約24.5小時。這是細胞級別的時鍾，每個器官的細胞都有這麽一個24小時的分時鍾。即使在全黑環境下，人體也會按此循環運行，即醒後12小時會困，12小時後又會自然醒。這種時鍾在大腦裏還有一個總時鍾，用來同步其他各器官的分時鍾。它存在於視交叉上核（,or），是下丘腦（）的一部分。
視交叉上核的總時鍾每天收到外來刺激而得到校準，從而與各個器官的分時鍾同步。如果人生活在小黑屋若幹天後，ta的生理時鍾就會與真實時間產生偏差，可能是每天0.5小時這樣。所以，正常人每天睜眼醒來的時候，生理節律已經被校準過一次了。
校準的途徑有幾種：光線。當受到光線照射時生理節律會被重置到早上。褪黑素。視交叉上核會接受鬆果體產生的褪黑素（），根據褪黑素濃度調節節律。飲食。這個是反例，因為過晚和過早的飲食都會影響原本的節律。比如睡前吃東西，胰髒剛收到總時鍾準備休息的指令，這時還要被迫工作，開始分泌胰島素，導致胰髒這部分時鍾同步失敗。而早上提前吃東西則有助於校準總時鍾，比如倒時差時在新時區8am醒來吃東西有助於新生物鍾的建立。
2.毫秒級時鍾（timing）
判斷一秒鍾內的時間長短。
3.間隔時鍾（intervaltiming）
用來比較、判斷兩段時間流逝哪個長，比如洗澡後，預估自己用了10分鍾、15分鍾或者30分鍾。
在較早的研究中，皮質紋狀體結構（-striatalstructure）被認為是起作用的區域。在集中注意流逝的時間時，紋狀體（striatum）被激活。帕金森患者（紋狀體輸入被擾亂）就很難說出流逝的時間。
在留意時間時，大腦不僅要衡量時間，還要儲存時間過去了多少。大腦中海馬體（hippocampus）對記憶過去的經曆起到重要作用，而且很可能也在記憶流逝時間過程中起作用。海馬體損傷的人隻可以記憶很短的時間流逝，對長的時間流逝記憶下降。研究顯示，海馬體有助於分辨相近的較長時間段的流逝，比如判斷自己洗澡是洗了10分鍾，而不是15分鍾，這塊是海馬體的功勞。
"kinematicsofthebrainactivities:,(5)"page51
meetyourbrainwaves
http://psych.fullerton.edu/mwhite/473pdf/473%20normal%20sleep.pdf
issuesberkeleymedicaljournal
“-striatal-”
circadianrhythmsfactsheet
:howyourbodyclockaffectssleep
http://.es/2015/04/150427152300.htm
circadiansurprise:howourbodyclockshelpshapeourwaistlines:thesalt:npr
yourbrainhas2clocks
thehumanbodyisawell-calibratedtimingmachine
請參閱我的其他迴答：非典型土人：非典型土人的迴答精選?
深層原理現在都在研究中，潛意識這部分就像地球的深海一樣，我們了解得太少了。
下麵是我的理解：
默念是對自己的心理暗示，實際上”心理暗示“就是通過意識來給潛意識植入一段內容，這個內容可以是一個概念、一種情緒、一種反應甚至是一段虛假的迴憶。總之潛意識對於我們來說是一個無限容量的暗箱，我們放入不同的東西，它就會吐出另一個東西，至於裏麵進行了什麽操作不知道，但目前可以從暗箱的輸入和輸出來總結大致的規律。
具體到題主的例子，在默念幾點起床後，顯意識往潛意識裏植入了一個，這個在意識已經休眠後仍持續工作，直到結束了，潛意識會喚醒意識，這時人就會自然醒來。意識在進入非快速眼動睡眠期1（nrem1）的時候就開始休眠了，而潛意識在一定程度上一直工作著。
至於是用的哪裏的，這個就有分歧了。目前研究發現，人對時間的感知分三類：
1.生理節律（circadianrhythm）
一個循環是大約24.5小時。這是細胞級別的時鍾，每個器官的細胞都有這麽一個24小時的分時鍾。即使在全黑環境下，人體也會按此循環運行，即醒後12小時會困，12小時後又會自然醒。這種時鍾在大腦裏還有一個總時鍾，用來同步其他各器官的分時鍾。它存在於視交叉上核（,or），是下丘腦（）的一部分。
視交叉上核的總時鍾每天收到外來刺激而得到校準，從而與各個器官的分時鍾同步。如果人生活在小黑屋若幹天後，ta的生理時鍾就會與真實時間產生偏差，可能是每天0.5小時這樣。所以，正常人每天睜眼醒來的時候，生理節律已經被校準過一次了。
校準的途徑有幾種：光線。當受到光線照射時生理節律會被重置到早上。褪黑素。視交叉上核會接受鬆果體產生的褪黑素（），根據褪黑素濃度調節節律。飲食。這個是反例，因為過晚和過早的飲食都會影響原本的節律。比如睡前吃東西，胰髒剛收到總時鍾準備休息的指令，這時還要被迫工作，開始分泌胰島素，導致胰髒這部分時鍾同步失敗。而早上提前吃東西則有助於校準總時鍾，比如倒時差時在新時區8am醒來吃東西有助於新生物鍾的建立。
2.毫秒級時鍾（timing）
判斷一秒鍾內的時間長短。
3.間隔時鍾（intervaltiming）
用來比較、判斷兩段時間流逝哪個長，比如洗澡後，預估自己用了10分鍾、15分鍾或者30分鍾。
在較早的研究中，皮質紋狀體結構（-striatalstructure）被認為是起作用的區域。在集中注意流逝的時間時，紋狀體（striatum）被激活。帕金森患者（紋狀體輸入被擾亂）就很難說出流逝的時間。
在留意時間時，大腦不僅要衡量時間，還要儲存時間過去了多少。大腦中海馬體（hippocampus）對記憶過去的經曆起到重要作用，而且很可能也在記憶流逝時間過程中起作用。海馬體損傷的人隻可以記憶很短的時間流逝，對長的時間流逝記憶下降。研究顯示，海馬體有助於分辨相近的較長時間段的流逝，比如判斷自己洗澡是洗了10分鍾，而不是15分鍾，這塊是海馬體的功勞。
"kinematicsofthebrainactivities:,(5)"page51
meetyourbrainwaves
http://psych.fullerton.edu/mwhite/473pdf/473%20normal%20sleep.pdf
issuesberkeleymedicaljournal
“-striatal-”
circadianrhythmsfactsheet
:howyourbodyclockaffectssleep
http://.es/2015/04/150427152300.htm
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yourbrainhas2clocks
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