段在進行軍事組織時，外交上遭遇到一點困難，原來根據《辛醜條約》，天津附近20裏是不許駐軍的，這對於討逆軍很不方便，幸而和日本有密切關係，日本方麵且派青木中將幫助段策劃軍事，借給軍費100萬元，同時日本公使在公使團會議中建議中國在討逆時期，各國勉強同意中國軍隊有行軍及運輸的自由。7月2日晚9時，段祺瑞偕同梁啓超等馳抵馬廠，馬廠在天津以南。當晚段分別和各將領密談，進行說服和協調工作。7月3日上午8時第八師司令部舉行組織討逆軍軍事會議，會議中公舉段祺瑞為討逆軍總司令，慷慨誓師。段以急速行動組織了這個司令部，派段芝貴為西路討逆軍總司令，以梁啓超、湯化龍、徐樹錚、李長泰為討逆軍總部參贊，靳雲鵬為總參議。
段祺瑞在財政上除了日本支援以外，舊交通係也予以支持，曾在交通銀行預借軍餉200萬元。
6年7月4日，段祺瑞以討逆軍總司令名義發出討伐張勳的通電：
“天禍中國，變亂相尋，張勳懷抱野心，假調停時局為名，阻兵京國，至七月一日，遂有推翻國體之奇變。竊惟國體者，國之所以與立也，定之匪易。既定後而複圖變置，其害之於國家者，實不可勝言。且以今日民智日開，民權日昌之世，而欲以一姓威嚴，馴伏億兆，尤為事理所萬不能致。民國肇建，前清明察世界大勢，推誠遜讓，民懷舊德，優待條件，勒為成憲，使永避政治上之怨府，而長保名義上之尊榮，宗廟享之，子孫保之。曆考有史以來二十餘姓帝王之結局，其安善未有能逮前清者也。今張勳等以個人權利慾望之私，悍然犯大不韙，以倡此逆謀，思欲效法莽、卓，挾幼主以製天下，竟捏黎元洪奏稱改建共和，諸多弊害，懇複禦大統，以拯生靈等語，擅發偽諭。橫逆至此，中外震駭。若曰為國家耶，安有君主專製之政，而尚能生存於今之世者？其必釀成四海鼎沸，蓋可斷言。而各友邦之承認民國，於茲五年，今覆雨翻雲，我國人雖不惜以國為戲，在友邦則豈能與吾同戲者。內部紛爭之結局，勢非召外人幹涉不止，國運真從茲斬矣。
若曰為清室耶，清帝沖齡高拱，絕無利天下之心，其保傅大臣，方日以居高履危為大戒，今茲之舉，出於迫脅，天下共聞，曆考史乘，自古安有不亡之朝代？前清得以優待終古，既為曠古所無，豈可更置諸嚴牆，使其為再度之傾覆以至於盡？祺瑞罷斥以來，本不敢複與聞國事，惟念辛亥締造伊始，祺瑞不敏，實從領軍諸君子後，共促其成。既已服勞於民國，不能坐視民國之顛覆分裂，而不一援。且亦曾受恩於前朝，更不忍聽前朝為匪人所利用，以陷於自滅。情義所在，守死不渝。諸公皆國之幹城，各膺重寄，際茲奇變，義憤當同。為國家計，自必矢有死無貳之誠，為清室計，當久明愛人以德之義。複望戮力同心，戢茲大難，祺瑞雖衰，亦當執鞭以從其後也。敢布腹心，伏維鑑察。”
同日討逆軍總司令段祺瑞發表“討逆檄”，全文如下：
“討逆軍總司令段祺瑞，謹痛哭流涕申大義於天下曰：嗚唿，天降鞠兇，國生奇變。
逆賊張勳，以兇狡之資，乘時盜柄，竟有本月一日之事，顛覆國命，震擾京師，天宇晦霾，神人同憤。該逆出身灶養，行穢性頑，便佞希榮，漸躋顯位。自入民國，阻兵要津，顯抗國定之服章，焚索法外之餉糈，軍焰兇橫，行旅裹足，誅求無饜，私橐充盈，凡茲稔惡，天下共聞，值時多艱，久稽顯戮。比以世變洊迫，政局小紛，陽托調停之名，明為篡竊之備，要挾總統，明令敦召，遂率其醜類，直犯京師。自其啟行伊始，及駐京以來，屢次馳電宣言，猶以擁護共和為口實。逮國會既散，各軍既退，忽背信誓，橫造逆謀。據其所發表文件，一切托以上諭，一若出自幼主之本懷，再三臚舉奏摺，一若由於群情之擁戴，夷考事實，悉屬愆當日是夜十二時，該逆張勳，忽集其兇黨，勒召都中軍警長官二十餘人，列戟會議，勛叱吒命令，迫眾雷同。旋即挈康有為闖入宮禁，強為擁戴。世中堂續，叩頭力爭，血流滅鼻。瑜、瑾兩太妃，痛哭求免，幾不欲生，清帝孑身沖齡，豈能禦此強暴，竟遭誣脅，實可哀憐。該偽諭中，橫捏我黎大總統、馮副總統及陸巡閱使之奏詞，尤為可駭。我大總統手創共和，誓與終始，兩日以來，雖在樊籠，猶疊以電話手書，密達祺瑞，謂雖見幽，決不從命，責以速圖光複，勿庸顧忌。我副總統一見偽諭，即賜馳電，謂被誣捏，有死不承。由此例推，則陸巡閱使聯奏之虛構，亦不煩言而決。所謂奏摺，所謂上諭，皆張勳及其兇黨數人密室篝燈，構此空中樓閣，而公然騰諸官書，欺罔天下。自昔神奸巨盜，勸進之表，九錫之文，其優孟兒戲，未有若今日之甚者也。
該逆勛以不忘故主，謬托於忠愛。夫我輩今固服勞民國，強半皆曾仕先朝，故主之戀，誰則讓人？然正惟懷感恩圖報之誠，益當守愛人以德之訓。昔人有言：長星勸汝一懷酒，世豈有萬年天子哉。曠觀史乘，迭興迭仆者，幾何代，幾何姓矣，帝王之家，豈有一焉能得好結局。前清代有令辟，遺愛在民，在厚其報，使繼續之者不複家天下而公天下，因得優待條件，勒諸憲章，礪山帶河，永永無極。吾輩非臣事他姓，絕無失節之嫌，前清能永享殊榮，即食舊臣之報，仁至義盡，中外共欽。今謂必複辟而始謂忠耶？
張勳食國民之祿，於茲六載，必今始忠，則前日之不忠敦甚？昔既不忠於先朝，今複不忠於民國。劉牢之一人三反，狗彘將不食矣！謂必複辟而始為愛耶？凡愛人者，必不忍陷人於危，以非我族類之嫌，丁一姓不再興之運，處群治之世，而以一人為眾矢之的，危孰甚焉！張勳雖有天魔之力，豈能翻曆史成案，建設萬劫不亡之朝代？既早晚必出於再亡，及其再亡，欲求複有今日之條件，則安可得？豈惟不得，恐幼主不保首領，而清室子孫且無噍類矣。清室果何負於張勳，而必欲藉手殄滅之而後快？豈惟民國之公敵，亦清室之大罪人也！
張勳偽諭，謂必建帝號，乃可為國家久安長治之計。張勳何人，乃敢妄談政治。使帝製可以得良政治，則辛亥之役何以生焉？博觀萬國曆史，變遷之跡，由帝製變共和而獲治安者，既見之矣；由共和返帝製而獲治安者，未之前聞。法蘭西三複之而三革之，卒至一千八百七十一年確立共和，國乃大定，而既擾攘八十年，國之元氣，消耗盡矣。
國體者，臂猶樹之有根也，植樹而屢搖其根，小則萎黃，大則枯死。故凡破壞國體者，皆召亂取亡之道也。防亂不給，救亡不贍，而曰吾將藉此以改良政治，將誰欺，欺天乎？
複辟之貽害清室也如彼，不利於國家也如此。內之不特非清室自動，而孀妃耆博，且不勝其疾首痛心。外之不特非群公勸進，而比戶編氓，各不相謀，而嗔目切齒。逆賊張勳，果何所為何所恃而出此？彼見其辮子軍橫行徐、兗，亦既數年，國人優容而隱忍之，自謂人莫敢誰何，乃起野心，挾天子以令諸侯，因以次剷除異己，廣布心腹爪牙於各省，掃蕩全國有教育、有紀律之軍隊，而使之受支配於彼之土匪軍之下，然後設文網以坑賢士，箝天下之口，清帝方今玩於彼股掌之上，及其時則取而代之耳。罪浮於董卓，兇甚於朱溫，此而不討，則中國其為無男子矣！
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段祺瑞在財政上除了日本支援以外，舊交通係也予以支持，曾在交通銀行預借軍餉200萬元。
6年7月4日，段祺瑞以討逆軍總司令名義發出討伐張勳的通電：
“天禍中國，變亂相尋，張勳懷抱野心，假調停時局為名，阻兵京國，至七月一日，遂有推翻國體之奇變。竊惟國體者，國之所以與立也，定之匪易。既定後而複圖變置，其害之於國家者，實不可勝言。且以今日民智日開，民權日昌之世，而欲以一姓威嚴，馴伏億兆，尤為事理所萬不能致。民國肇建，前清明察世界大勢，推誠遜讓，民懷舊德，優待條件，勒為成憲，使永避政治上之怨府，而長保名義上之尊榮，宗廟享之，子孫保之。曆考有史以來二十餘姓帝王之結局，其安善未有能逮前清者也。今張勳等以個人權利慾望之私，悍然犯大不韙，以倡此逆謀，思欲效法莽、卓，挾幼主以製天下，竟捏黎元洪奏稱改建共和，諸多弊害，懇複禦大統，以拯生靈等語，擅發偽諭。橫逆至此，中外震駭。若曰為國家耶，安有君主專製之政，而尚能生存於今之世者？其必釀成四海鼎沸，蓋可斷言。而各友邦之承認民國，於茲五年，今覆雨翻雲，我國人雖不惜以國為戲，在友邦則豈能與吾同戲者。內部紛爭之結局，勢非召外人幹涉不止，國運真從茲斬矣。
若曰為清室耶，清帝沖齡高拱，絕無利天下之心，其保傅大臣，方日以居高履危為大戒，今茲之舉，出於迫脅，天下共聞，曆考史乘，自古安有不亡之朝代？前清得以優待終古，既為曠古所無，豈可更置諸嚴牆，使其為再度之傾覆以至於盡？祺瑞罷斥以來，本不敢複與聞國事，惟念辛亥締造伊始，祺瑞不敏，實從領軍諸君子後，共促其成。既已服勞於民國，不能坐視民國之顛覆分裂，而不一援。且亦曾受恩於前朝，更不忍聽前朝為匪人所利用，以陷於自滅。情義所在，守死不渝。諸公皆國之幹城，各膺重寄，際茲奇變，義憤當同。為國家計，自必矢有死無貳之誠，為清室計，當久明愛人以德之義。複望戮力同心，戢茲大難，祺瑞雖衰，亦當執鞭以從其後也。敢布腹心，伏維鑑察。”
同日討逆軍總司令段祺瑞發表“討逆檄”，全文如下：
“討逆軍總司令段祺瑞，謹痛哭流涕申大義於天下曰：嗚唿，天降鞠兇，國生奇變。
逆賊張勳，以兇狡之資，乘時盜柄，竟有本月一日之事，顛覆國命，震擾京師，天宇晦霾，神人同憤。該逆出身灶養，行穢性頑，便佞希榮，漸躋顯位。自入民國，阻兵要津，顯抗國定之服章，焚索法外之餉糈，軍焰兇橫，行旅裹足，誅求無饜，私橐充盈，凡茲稔惡，天下共聞，值時多艱，久稽顯戮。比以世變洊迫，政局小紛，陽托調停之名，明為篡竊之備，要挾總統，明令敦召，遂率其醜類，直犯京師。自其啟行伊始，及駐京以來，屢次馳電宣言，猶以擁護共和為口實。逮國會既散，各軍既退，忽背信誓，橫造逆謀。據其所發表文件，一切托以上諭，一若出自幼主之本懷，再三臚舉奏摺，一若由於群情之擁戴，夷考事實，悉屬愆當日是夜十二時，該逆張勳，忽集其兇黨，勒召都中軍警長官二十餘人，列戟會議，勛叱吒命令，迫眾雷同。旋即挈康有為闖入宮禁，強為擁戴。世中堂續，叩頭力爭，血流滅鼻。瑜、瑾兩太妃，痛哭求免，幾不欲生，清帝孑身沖齡，豈能禦此強暴，竟遭誣脅，實可哀憐。該偽諭中，橫捏我黎大總統、馮副總統及陸巡閱使之奏詞，尤為可駭。我大總統手創共和，誓與終始，兩日以來，雖在樊籠，猶疊以電話手書，密達祺瑞，謂雖見幽，決不從命，責以速圖光複，勿庸顧忌。我副總統一見偽諭，即賜馳電，謂被誣捏，有死不承。由此例推，則陸巡閱使聯奏之虛構，亦不煩言而決。所謂奏摺，所謂上諭，皆張勳及其兇黨數人密室篝燈，構此空中樓閣，而公然騰諸官書，欺罔天下。自昔神奸巨盜，勸進之表，九錫之文，其優孟兒戲，未有若今日之甚者也。
該逆勛以不忘故主，謬托於忠愛。夫我輩今固服勞民國，強半皆曾仕先朝，故主之戀，誰則讓人？然正惟懷感恩圖報之誠，益當守愛人以德之訓。昔人有言：長星勸汝一懷酒，世豈有萬年天子哉。曠觀史乘，迭興迭仆者，幾何代，幾何姓矣，帝王之家，豈有一焉能得好結局。前清代有令辟，遺愛在民，在厚其報，使繼續之者不複家天下而公天下，因得優待條件，勒諸憲章，礪山帶河，永永無極。吾輩非臣事他姓，絕無失節之嫌，前清能永享殊榮，即食舊臣之報，仁至義盡，中外共欽。今謂必複辟而始謂忠耶？
張勳食國民之祿，於茲六載，必今始忠，則前日之不忠敦甚？昔既不忠於先朝，今複不忠於民國。劉牢之一人三反，狗彘將不食矣！謂必複辟而始為愛耶？凡愛人者，必不忍陷人於危，以非我族類之嫌，丁一姓不再興之運，處群治之世，而以一人為眾矢之的，危孰甚焉！張勳雖有天魔之力，豈能翻曆史成案，建設萬劫不亡之朝代？既早晚必出於再亡，及其再亡，欲求複有今日之條件，則安可得？豈惟不得，恐幼主不保首領，而清室子孫且無噍類矣。清室果何負於張勳，而必欲藉手殄滅之而後快？豈惟民國之公敵，亦清室之大罪人也！
張勳偽諭，謂必建帝號，乃可為國家久安長治之計。張勳何人，乃敢妄談政治。使帝製可以得良政治，則辛亥之役何以生焉？博觀萬國曆史，變遷之跡，由帝製變共和而獲治安者，既見之矣；由共和返帝製而獲治安者，未之前聞。法蘭西三複之而三革之，卒至一千八百七十一年確立共和，國乃大定，而既擾攘八十年，國之元氣，消耗盡矣。
國體者，臂猶樹之有根也，植樹而屢搖其根，小則萎黃，大則枯死。故凡破壞國體者，皆召亂取亡之道也。防亂不給，救亡不贍，而曰吾將藉此以改良政治，將誰欺，欺天乎？
複辟之貽害清室也如彼，不利於國家也如此。內之不特非清室自動，而孀妃耆博，且不勝其疾首痛心。外之不特非群公勸進，而比戶編氓，各不相謀，而嗔目切齒。逆賊張勳，果何所為何所恃而出此？彼見其辮子軍橫行徐、兗，亦既數年，國人優容而隱忍之，自謂人莫敢誰何，乃起野心，挾天子以令諸侯，因以次剷除異己，廣布心腹爪牙於各省，掃蕩全國有教育、有紀律之軍隊，而使之受支配於彼之土匪軍之下，然後設文網以坑賢士，箝天下之口，清帝方今玩於彼股掌之上，及其時則取而代之耳。罪浮於董卓，兇甚於朱溫，此而不討，則中國其為無男子矣！
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