黎元洪就職總統後，任命段祺瑞為國務總理，這是段的第三次組閣。段組閣時有一個老問題，就是要任命徐樹錚為國務院秘書長，黎也是堅決不同意的，段把這意思請張國淦向黎去講，袁死前段亦是請張國淦向袁要求派徐為秘書長而被拒。張知道黎也不會同意，可是又不能不講，才向黎一提，黎就沉下臉來說：“請你告訴總理，一萬件事我都依從他，就這一件我辦不到。”張不好把這話對段講，就去請教徐世昌，徐怕黎、段兩人因此鬧僵，乃親自去見黎說：“我以為你一萬件事都可以不依從他，這一件非依從他不可，不要怕又錚跋扈，芝泉已經夠跋扈的了，多一個跋扈也差不了多少。”徐世昌的話一點也沒有錯，在當時的情勢，段有沒有徐樹錚都是一樣，他的眼中根本就沒有黎元洪。
當黎同意徐樹錚為國務院秘書長時，有一個保留條件，就是規定國務院秘書長來見總統陳事時，須先知會總統府秘書長一同入見。這個規定也是令人不解的，原來黎做總統後，段從不以總理身份去見總統，而是由國務院秘書長前往。徐樹錚見黎時也並不尊敬，黎有時問起某一件公務時，他總是這麽說：“現在是責任內閣製，有總理負責，總統不必多問。”
小徐有才氣但任性，段能倚信小徐，實在很難得，可是小徐的缺點是跋扈，很難與人共事，像張國淦這樣能夠忍讓的人，亦無法和小徐相處，竟於8月1日辭職，由丁世嶧繼任。丁鑑於張的失敗，所以採取不讓步態度對小徐，並提出府院辦事手續草案，建議：
“大總統得出席閣議發表意見，但不得參加表決；大總統對國務自由行使其職權。如用人不同意，得拒絕蓋印。閣員應隨時向總統麵商要政，國務會議前須將議事日程陳報，會議後須將議事紀錄呈閱。”
黎自丁世嶧入幕後，聲勢一振，其左右如哈漢章、金永炎、黎澍、蔣作賓等，亦附和丁的建議。段一怒而請假不視事，賴徐世昌等調和，段才稍稍讓步，於八月廿六日手諭徐樹錚：“本院呈請大總統核閱文件，應責成該秘書長躬自遞呈，用印後齎迴，無論風雨黑夜，不得假手他人，以昭慎重而免差異。”又呈報黎：“逐日文件，均由樹錚躬遞。該員伉直自愛，不屑妄語，其於麵對時，凡有聲明為祺瑞之言者，祺瑞概負全責。”
對有關府院權限問題，亦議定折衷辦法，即
（一）國務會議議事日程先期呈閱，事後送呈議事紀錄；（二）國務會議散會後，推國務員一人入府報告議決事項；（三）每星期五，國務員齊集總統府會商政務。舉行聚餐；（四）總統對國務會議議決案如有認為不合者，得命總理及主管閣員說明其理由，如仍認為不合，得交複議一次；
（五）未經國務會議議決之命令，總統得拒絕蓋印。府院職權因此明確劃分。
徐樹錚不隻和總統府秘書長對立，在國務會議中也引起了極大的麻煩。在第一次閣議中，內務總長孫洪伊就和徐樹錚吵了起來。照法理講，國務院秘書長隻能列席內閣會議，並無發言權，那次閣議中，討論到廣東李烈鈞和龍濟光的糾紛，徐主張電令閩、粵、湘、贛四省會剿李烈鈞，孫主張去電和解，其他閣員皆贊成孫的主張，不過為了段的麵子，沒有製止小徐發言，小徐竟於閣議後，將會剿李烈鈞的電報拍發，待四省複電國務院，閣員們才知其事，孫洪伊遂在閣議席上指責小徐，小徐也反唇相譏，兩人幾乎拍桌吵鬧，而段卻有左袒小徐的意思。
總統和國務院職權劃分後，國務院大權幾全集中於徐樹錚之手，不止孫洪伊不滿，其他閣員也不滿意，不久發生了任命郭宗熙為吉林省長和查辦福建省長胡瑞森案，遂使內閣的火藥氣氛接近爆炸。這兩案都是徐樹錚擅行決定，得段同意辦理，既未經閣議審查，又沒有主管內務總長副署，徐即以國務院名義逕行諮複國會。孫洪伊認為小徐眼中完全沒有內務總長，段也不尊重自己，乃當麵質問段：凡與各省民政長及有關的問題，內務總長是否無權過問？院秘書長是否有權擅自處理？段無言迴答，隻說了一句：“又錚荒唐。”吩咐把胡瑞森一案的諮文追迴，可是國會已經印發了出去，無法追迴，孫乃於八月三十日憤而辭職。段一麵派許世英致意慰留，一麵調整內閣辦事程序五點：（一）凡答覆議會之質問書，須由主管部起草；（二）頒布命令須由國務員副署；（三）院令須經國務會議通過；（四）閣議通過者，秘書不得擅改；（五）各項法令非經總理及主管部總長副署，不得發出。黎聞知此事，乃於十月一日召見孫，麵予懇留。
不久，孫以裁汰內務部員司，為被汰人員祝書元等28人藉口不合文官任免休職條件，控拆於平政院，平政院決定受理，限孫五日內提出答覆。孫認為平政院是袁所設，其本身地位有問題，因而置之不理。10月7日平政院認為內務部非法，任免令一律取消，由院呈請大總統下令執行。孫則力斥平政院非法設立，不在民元《約法》內。雙方爭執甚為激烈，孫認為這是徐樹錚幕後策劃出來的。
孫和總統府秘書長丁世嶧同為國會中的韜園係，這一係在國會中頗有力量，所以孫亦有恃無恐，與丁聯合對抗小徐。丁對小徐處處防範抵製，不似張國淦那麽隨和，因此遂使當時政治空氣緊張。
10月18日，徐樹錚忽然手持“孫洪伊著即免職”的命令請黎蓋印，黎為之駭然，堅決不肯蓋印。此後，徐一連到公府催促四次，最後一次公然很不禮貌地說：“總統不蓋印，就隻能不準伯蘭（孫）出席國務會議”！此時，黎一肚子的火大喝一聲：“你說的是一句什麽話”！徐冷冷地迴答說：“這是總理說的”。
這次政潮的範圍非常之廣。國會議員王玉樹等提出對政府的質問案，認為要罷免一個總長，應該由國會提出彈劾，而不能準許國務總理獨斷獨行。孫洪伊本人則認為“國務員對總統應負聯帶責任，內閣可以總辭，不能單獨免一個閣員的職。”
10月24日，很少到公府來的段忽然來到了公府，親自請黎在免孫的命令上蓋印。黎仍然拒絕。段乃氣勢洶洶地說：“總統不肯免孫伯蘭的職，就請免我的職吧”！黎被他這一將軍抵擋不住，便又無可奈何地說：“可以讓伯蘭自動辭職，免職令還是不下的好”。
但是孫洪伊表示除非總統下令免職，自己決不自動辭職。
10月27日，黎請參謀總長王士珍與孫同到公府來商量這個問題。王士珍勸孫讓步，以一個專使的名義出洋考察，不開去內務總長的職，由次長代理部務，以便和緩政潮。
孫表示不願出洋。
國會中韜園派議員呂複、褚輔成等提出了彈劾院秘書長徐樹錚案，並且還擬進一步彈劾國務總理段祺瑞。徐看見問題鬧大了，不免情虛膽怯，便表示“隻要伯蘭辭去內務總長，維持總理的威信，可以調任為全國水利總裁，或者外放省長”。孫表示：“什麽官我都不要，隻要維持我的人格”。段聽了孫不辭職，不出洋，不外調的話，不禁怒沖沖地說：“好，我們大家都辭職，讓孫洪伊一個人去幹”！
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當黎同意徐樹錚為國務院秘書長時，有一個保留條件，就是規定國務院秘書長來見總統陳事時，須先知會總統府秘書長一同入見。這個規定也是令人不解的，原來黎做總統後，段從不以總理身份去見總統，而是由國務院秘書長前往。徐樹錚見黎時也並不尊敬，黎有時問起某一件公務時，他總是這麽說：“現在是責任內閣製，有總理負責，總統不必多問。”
小徐有才氣但任性，段能倚信小徐，實在很難得，可是小徐的缺點是跋扈，很難與人共事，像張國淦這樣能夠忍讓的人，亦無法和小徐相處，竟於8月1日辭職，由丁世嶧繼任。丁鑑於張的失敗，所以採取不讓步態度對小徐，並提出府院辦事手續草案，建議：
“大總統得出席閣議發表意見，但不得參加表決；大總統對國務自由行使其職權。如用人不同意，得拒絕蓋印。閣員應隨時向總統麵商要政，國務會議前須將議事日程陳報，會議後須將議事紀錄呈閱。”
黎自丁世嶧入幕後，聲勢一振，其左右如哈漢章、金永炎、黎澍、蔣作賓等，亦附和丁的建議。段一怒而請假不視事，賴徐世昌等調和，段才稍稍讓步，於八月廿六日手諭徐樹錚：“本院呈請大總統核閱文件，應責成該秘書長躬自遞呈，用印後齎迴，無論風雨黑夜，不得假手他人，以昭慎重而免差異。”又呈報黎：“逐日文件，均由樹錚躬遞。該員伉直自愛，不屑妄語，其於麵對時，凡有聲明為祺瑞之言者，祺瑞概負全責。”
對有關府院權限問題，亦議定折衷辦法，即
（一）國務會議議事日程先期呈閱，事後送呈議事紀錄；（二）國務會議散會後，推國務員一人入府報告議決事項；（三）每星期五，國務員齊集總統府會商政務。舉行聚餐；（四）總統對國務會議議決案如有認為不合者，得命總理及主管閣員說明其理由，如仍認為不合，得交複議一次；
（五）未經國務會議議決之命令，總統得拒絕蓋印。府院職權因此明確劃分。
徐樹錚不隻和總統府秘書長對立，在國務會議中也引起了極大的麻煩。在第一次閣議中，內務總長孫洪伊就和徐樹錚吵了起來。照法理講，國務院秘書長隻能列席內閣會議，並無發言權，那次閣議中，討論到廣東李烈鈞和龍濟光的糾紛，徐主張電令閩、粵、湘、贛四省會剿李烈鈞，孫主張去電和解，其他閣員皆贊成孫的主張，不過為了段的麵子，沒有製止小徐發言，小徐竟於閣議後，將會剿李烈鈞的電報拍發，待四省複電國務院，閣員們才知其事，孫洪伊遂在閣議席上指責小徐，小徐也反唇相譏，兩人幾乎拍桌吵鬧，而段卻有左袒小徐的意思。
總統和國務院職權劃分後，國務院大權幾全集中於徐樹錚之手，不止孫洪伊不滿，其他閣員也不滿意，不久發生了任命郭宗熙為吉林省長和查辦福建省長胡瑞森案，遂使內閣的火藥氣氛接近爆炸。這兩案都是徐樹錚擅行決定，得段同意辦理，既未經閣議審查，又沒有主管內務總長副署，徐即以國務院名義逕行諮複國會。孫洪伊認為小徐眼中完全沒有內務總長，段也不尊重自己，乃當麵質問段：凡與各省民政長及有關的問題，內務總長是否無權過問？院秘書長是否有權擅自處理？段無言迴答，隻說了一句：“又錚荒唐。”吩咐把胡瑞森一案的諮文追迴，可是國會已經印發了出去，無法追迴，孫乃於八月三十日憤而辭職。段一麵派許世英致意慰留，一麵調整內閣辦事程序五點：（一）凡答覆議會之質問書，須由主管部起草；（二）頒布命令須由國務員副署；（三）院令須經國務會議通過；（四）閣議通過者，秘書不得擅改；（五）各項法令非經總理及主管部總長副署，不得發出。黎聞知此事，乃於十月一日召見孫，麵予懇留。
不久，孫以裁汰內務部員司，為被汰人員祝書元等28人藉口不合文官任免休職條件，控拆於平政院，平政院決定受理，限孫五日內提出答覆。孫認為平政院是袁所設，其本身地位有問題，因而置之不理。10月7日平政院認為內務部非法，任免令一律取消，由院呈請大總統下令執行。孫則力斥平政院非法設立，不在民元《約法》內。雙方爭執甚為激烈，孫認為這是徐樹錚幕後策劃出來的。
孫和總統府秘書長丁世嶧同為國會中的韜園係，這一係在國會中頗有力量，所以孫亦有恃無恐，與丁聯合對抗小徐。丁對小徐處處防範抵製，不似張國淦那麽隨和，因此遂使當時政治空氣緊張。
10月18日，徐樹錚忽然手持“孫洪伊著即免職”的命令請黎蓋印，黎為之駭然，堅決不肯蓋印。此後，徐一連到公府催促四次，最後一次公然很不禮貌地說：“總統不蓋印，就隻能不準伯蘭（孫）出席國務會議”！此時，黎一肚子的火大喝一聲：“你說的是一句什麽話”！徐冷冷地迴答說：“這是總理說的”。
這次政潮的範圍非常之廣。國會議員王玉樹等提出對政府的質問案，認為要罷免一個總長，應該由國會提出彈劾，而不能準許國務總理獨斷獨行。孫洪伊本人則認為“國務員對總統應負聯帶責任，內閣可以總辭，不能單獨免一個閣員的職。”
10月24日，很少到公府來的段忽然來到了公府，親自請黎在免孫的命令上蓋印。黎仍然拒絕。段乃氣勢洶洶地說：“總統不肯免孫伯蘭的職，就請免我的職吧”！黎被他這一將軍抵擋不住，便又無可奈何地說：“可以讓伯蘭自動辭職，免職令還是不下的好”。
但是孫洪伊表示除非總統下令免職，自己決不自動辭職。
10月27日，黎請參謀總長王士珍與孫同到公府來商量這個問題。王士珍勸孫讓步，以一個專使的名義出洋考察，不開去內務總長的職，由次長代理部務，以便和緩政潮。
孫表示不願出洋。
國會中韜園派議員呂複、褚輔成等提出了彈劾院秘書長徐樹錚案，並且還擬進一步彈劾國務總理段祺瑞。徐看見問題鬧大了，不免情虛膽怯，便表示“隻要伯蘭辭去內務總長，維持總理的威信，可以調任為全國水利總裁，或者外放省長”。孫表示：“什麽官我都不要，隻要維持我的人格”。段聽了孫不辭職，不出洋，不外調的話，不禁怒沖沖地說：“好，我們大家都辭職，讓孫洪伊一個人去幹”！
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