罪終罰始達哉、莉莎、榮吉和舞耶等人，利用召喚persona的力量，在一個可以把傳言變為事實的地方「珠閑留市」，調查傳言中joker的事件時，發現與joker有關的神秘組織「田麵黨」的陰謀，可是最終仍未能破壞他們的計劃。最後在菲利文（フィレモン）的「意識與無意識之間」，舞耶更被「神聖之槍」貫穿了心髒，廷續前世仍未流完之血。雖然莉莎等人用盡所有方法，也不能令舞耶的傷口迴複過來，隻能眼看她流血不止死去。這時敵人的力量強大得無法消滅，於是菲利文利用了最後的方法。他送達哉等人迴到過去未曾相識的時候，除了能把舞耶救活之外，還可以把敵人迴到之前的狀態，可是大家的記憶會因此被封閉。當眾在車站前相遇時，互相也認不到對方。不過當舞耶和達哉因相撞而對望時，都有著似曾相識的感覺。「罪」的部份便這樣完結了。
第一章七姊妹學園殺人事件
周防達哉自從在車站和舞耶相遇後，他被封閉了的記憶，忽然好像電影般在重現在他的腦子裏。他走到曾經被火燒過的寺廟前，為了之前的記憶而事感到煩惱，他最後決定要償還以前作過的罪。在另一邊的某所會議室中，一班人正在進行一些宗教儀式。其中一位好像首領的謎之老人站在祭壇之前開始進行所謂「言靈之儀」。在這些人當中，有些人的衣服很像警察的製服，不知是否和警察有關。「天野舞耶」是「罰」的主角，她剛完成采訪的工作後，迴到crystal雜誌社的辦公室。她在自己的桌麵上收到一張字條，上麵字著「下次便輪到你，joker」。舞耶還未有時間去想字條的內容，己經被水野總編輯叫了入房。不知水野總編輯是否針對舞耶，除了把她的請假申請取消外，還把她的拍擋雪野薰調派到其他工作，並且要她單獨負責「joker獵奇殺人事件」的采訪工作。舞耶和水野總編輯對話完後，便會自動和雪野薰對話。跟著隻要和所有職員對一次話後，再找薰對話一次，舞耶便可以乘電梯到大堂找她的好友──麗。麗知道舞耶需要工作而不能付約後十分失望。她立即陪同舞耶到七姊妹學園做采訪工作，希望能盡早完成，然後再一起去相親派對。
到了七姊妹學園後，在教員室遇上兩位調查的警察，他們懷疑一位學生和joker殺人事件有關。其中的一位警察就是周防達哉的兄長──周防克哉，牙子老師便問他有關達哉的事情，原來最近達哉沒有迴家也沒有返學。兩位警察離開教員室後，舞耶他們便和牙子老師相談，原來牙子老師曾經是薰在「聖艾露美學園」的班主任。牙子老師希望舞耶等人在采訪期間，不要太過刺激學生的情緒，免得校園產生混亂。當舞耶和麗兩人走進校園1f的中庭時，遇上這所「七姊妹學園」的反穀校長。他正在欺負被警方懷的學生吉村杏奈，由於她以前經常和問題學生周防達哉一起，校長便向她說一些難聽的說話後便離開。舞耶和麗問杏奈為什麽不反抗，可是當她知道舞耶是雜誌記者後，留下一句「殺了他」便離開中庭。因為舞耶他們有事需要問清楚反穀校長，所以便和麗一起到了校長室。當她們進入校長室時，s被恐怖情景嚇倒。她們發現反穀校長染滿鮮血的屍體倒在校長室之內，同一時間克哉也到達現場，他觀察了屍體後便判斷和joker有關。這時在門口出現了杏奈的身影，麗立即懷疑校長是她所殺，不過她說和她沒有關係便急忙逃走。克哉見狀立即出去追她，舞耶和麗也跟著出去。三人追到走廊的時候，忽然有一隻魔獸出現阻截她們，接著背後有個用紙袋蒙麵的男人走出，並來聲稱自己是joker。那男人召喚惡魔向三人攻擊，目的是要迫使舞耶發動persona，並叫她記起以前的事。克哉立即以嫌疑犯501號的名義拘捕它，可是s被joker召喚的惡魔攻擊。這時三人內心的persona忽然發動起來，並且把那惡魔消滅。joker為了要舞耶記憶起過去的事情，於是便親自攻擊她們，三人便立即暈倒。
當三人迴醒來後，發現自己身處一個奇怪的地方，眼前有位自稱菲利文的人，就是他把三人送來這個「意識和無意識之間」。菲利文向三人解釋有關persona的事情之後，說有一件事情要拜托她們。可是看來氣弱遊絲的菲利文，還未解釋清楚事件後已經消失了。三人迴複意識後已經返迴了七姊妹學園，克哉立即致電迴警署要求派人前來協助。克哉向牙子老師說明校長被殺之事後，並要求她協助把學園封鎖後，跟著三人便繼續去找joker。
三人走到3f的中間時，克哉感應到joker在4f。但由於4f的鍾樓被鎖著的關係，舞耶等人要迴到教員室取鍾樓的鎖匙。從草加老師那裏取到鎖匙的三人，走到4f進入了鍾樓之後，看到剛才的joker正在向杏奈追迫。克哉見狀便喝令joker停手，joker召喚了三隻惡魔對付舞耶她們，一隻艾普莎（エンプ`サ）和二隻亞比普（アペプ）。要留意艾普莎會使用迴複魔法，要集中力量收拾它後，再消滅二隻亞比普，隻要用舞耶的persona作迴複，其餘二人作集中攻擊便可。
舞耶她們打倒那些惡魔後，再次被joker的魔法攻擊打暈。舞耶在朦朧中聽到一些打鬥的聲音，醒來眼前出現了一個月前在車站遇上的de"ja"vu少年。那少年把七姊妹學園的校章交給舞耶，叫她拿著校章到青葉區的葛葉偵探事務所，把「拿著這個校章的話，被joker襲擊也會安全無事」的傳言散播開去。他在克哉和麗醒來之前離開，不過在離開之前，他叫舞耶把所有的事也忘記。當警察到了現場後，島津管理官便向克哉查詢有關的事情，克哉講述所有事情後，島津他們非但不相信克哉，還懷疑他的辦事能力，叫他到溫泉休息一下。克哉當然不理會他們，並且與舞耶和麗一起繼續行動。
第二章神秘的協力者
舞耶等人按照著那少年的說話，帶著校章去到青葉區的葛葉偵察探事務所，要求把那傳言散播開去。可是轟社長說沒有這樣的服務，不過記得曾經有人客問過有沒有把joker的傳言散播開去。舞耶等人把所有事情告訴轟所長後，為了正實傳言是否會變成事實，他便接受了這項服務。舞耶隻要和轟所長對話，便可以選擇散播不同內容的傳言。偵探社門口的招財貓會叫舞耶捐錢，如果不損的話它會說你小氣。偵探社的小環想起了之前問有關傳言的客人，曾經用過i去尋找joker的傳言。舞耶等人便嚐試到那客人到過的「報夏」網頁搜查，看到網頁的主人paofu（パオフゥ）留言給拉比度（ラビット），如果要joker的消息便去w.sh找那店員。舞耶等人便聽從指示去w.sh，那個店員叫她們使用紅色的那部電腦。舞耶等人想再聯絡paofu時，忽然感應到persona的反應。原來坐在她們對麵的男人便是paofu，他叫舞耶等人跟他到parabellum相談。
paofu是位盜聽獵人，他把傳言收集迴來後放在自己經營的網頁上。舞耶把之前發生過的事告訴paofu之後，克哉便要求paofu也講出真相。joker的傳言之所以會在整個珠閑留市散播著，主要是因為那傳言在某電視台公布後才會這樣，而且joker好像和現任的外相「須藤龍藏」有關，因此paofu便對joker產生興趣。克哉對他的盜聽行為感到反感，但paofus說須藤並不是好人。好像須藤的兒子原是十年前，一宗連續放火事件的疑兇，在須藤龍藏的包庇下，事件至今仍未能得到解決。paofu說如果留在舞耶的身邊，相信會遇上向她攻擊的joker。但是麗和克哉仍未相信傳言會成為事實，於是paofu做了一個實驗，他致電到轟社長那裏，叫他把「parabellu
m會有武器出售」的傳言散播出去。不久，parabellum的master便拿了些武器出來，這樣parabellum也成為了武器屋。雖然克哉叫舞耶考慮自身的安危才決定，但paofus以可能會再遇de"ja"vu而說服她。最後舞耶親自燒掉了七姊妹的校章，來表示自己的決定，令到joker可以再次接近她。paofu知道了須藤龍藏的兒子──龍也在蝸牛山的森本病院裏，不過在前往蝸牛山之前，他先要帶舞耶等人去velvetroom（ベルべッとル`ム），她們可以在那裏召喚不同的persona幫忙，但是必須要有足夠數量的塔羅牌（タロットカ`ド）和level，和伊高魯(イゴ`ル)對話便可以進行召喚。召喚出來的persona會變成personacard（ペルソナカ`ド），舞耶等人要降魔（裝備）後才可以在戰鬥中使用persona。另外在任何時候也可以轉換personacard，不過最多可以擁有24張不同的personacard。如果想把低level的personacard換走的話，可以來到velvetroom歸還不想要的persona。
舞耶等人離開velvetroom後，除了可以在不同的商店購買裝備和道具外，還可以在食店吃東西（可增加能力值或迴複），還有不要忘記聽取不同的傳言。四人做好準備後便前往蝸牛山的森本病院，可是在通道前被一名警員阻止，說前麵因為有意外而不能進入，眾人感到十分奇怪。克哉知道除了這條通道可以前往森林病院外，還可以穿過蝸牛山直達森林病院。由於蝸牛山在夜晚光線不足，再加上樹林會阻礙視線，因此會很容易迷路，一定要清楚自己在地圖的正確位置。另外，因為樹林中充滿了會使人產生「猛毒」、「睡眠」和「憑依」（附體）狀況的惡魔，所以舞耶等人在進入蝸牛山之前，要有充足的道具用作迴複，否則很弱的惡魔也贏不了。要留意在樹林中會有一處供奉的地方，在旁邊的木板記載著周防辰之進和黑田純之介的事跡，不知道和故事有什麽關係。
第三章森本病院的惡魔
四人通過了蝸牛山的樹林到達森本病院的門口，進去後眾人被一幕恐怖的場麵嚇壞。有兩個滿身鮮血的屍體躺在地上，是兩個台灣mafia的人，mafia是美國最大黑幫組織。克哉認為事件可能和外國人有關，不過首先要找到這裏的須藤龍也。進入了森本病院之後，會發現這裏也有velvetroom和迴複之泉，因此這裏便是舞耶等人收集塔羅牌和儲經驗值的好地方，收集了足夠的塔羅牌便可以召喚更強的persona幫手。在這版圖出現的惡魔中以莫.索保（モ`.ショボ`）和岡卡度利斯（コカトリス）一定要留意，前者會使用自爆的魔法，之後還會憑依在其中一人的身上。後者如果是複數出現的話，它的全體攻擊魔法能把舞耶她們全滅，因此先發製人的戰術和擅用合體魔法是取勝的關鍵。
當克哉來到3f的303號病房時，看到須藤龍也的名字，於是舞耶等人便進入病房找他，可是發現房間空無一人。房間的地版和牆壁寫滿了很多的東西，克哉發現牆上貼了所有在joker殺人事件中受害者的相片。另外還有一首「瑪爾亞（マイア）的宣言」之詩，不過眾人也是不明白詩中的含意。就在這個時候，舞耶的心口突然感到很痛苦而跪在地上，麗便急忙上前慰問她。原來舞耶自從在車站前遇上de"ja"vu少年之後，她不時心髒也很痛苦和不適。待她迴複過來後，眾人便繼續找尋須藤龍也的蹤影。經過3f右邊走廊的盡頭時，克哉們感覺到joker的反應，四人便上去4f查看。在進入院長室之前，舞耶等人必須提升了若幹的level，同時也要召喚一些更高level的persona使用。最好是一些對火魔法有較強耐性的persona，還有可以使用全體迴複hp魔法的persona也很重要。舞耶等人進入院長室之後，看到所有職員的死狀，和門口那些台灣人一樣，屍體也是全身染滿鮮血。這時看到一個滿頭白發的男人，他手上有把染滿鮮血的劍，身旁還有一隻魔獸守候著。這個男人就是須藤龍也，克哉看見房間的狀況便判定是他的所為，並且聲稱要拘捕他。龍也不理會克哉的說話，隻是問舞耶有沒有記起以前的事，叫她把那些記憶迴複過來。paofu問他為何在十年前會有能力幹出那些連續放火事件出來，龍也迴答是言靈給他的力量，是「那家夥」用電波教他的。這時龍也發現外麵有「那家夥」的同黨，paofu便到窗邊查看，他發現病院的大門口有一架車和三個人。其中他們的首領麵上有一條很長的傷疤。paofu看見那人後便麵色一沉，而且一聲不響便走出院長室，麗和克哉不斷叫他也沒有理會。
龍也叫舞耶等人如果想知道真相的話，便去港南區的「空之科學館」找他，但是要平安離開這裏才可以，說罷便使用魔法離開森本病院。那隻一直躺在須藤龍也身旁的魔獸終於起來，並且向三人發動攻擊。這隻boss魔獸名叫希露哈度（ヘルハウンド），它除了會使用火炎係全體攻擊的魔法外，它的物理攻擊同樣利害。由於paofu走了出去院長室，因些這場戰鬥隻有舞耶、麗和克哉三人。如果舞耶在進入院長室之前，曾經召喚了一些對火炎屬性的耐力較強的persona的話，眾人便要降魔那些persona。要用一個人負責使用迴複hp，另外兩人合力使用合體魔法對付魔獸，但不要使用火炎係的魔法攻擊。如果舞耶等人還是使用初期的persona，戰況便會很危險。
克哉三人把那魔獸打倒之後，便立即走到病院外找paofu。在病院大門看不見之前那三個神秘人的蹤影，隻見到paofu站在那裏。由於paofu的離隊，令到三人陷入苦戰之中，因此克哉和麗也同時向paofu質問。不過paofu並沒有講出在停車場發生的事，看來paofu的身份並不是那麽簡單。這時克哉說要盡快趕去空之科學館，因為他不能就這樣放過須藤龍也那家夥。於是眾人把裝備和道具整理好後，便趕往空之科學館去。
第四章空之科學館的火災
按照須藤龍也的說話，舞耶等人來到了港南區東南麵的空之科學館。這所空之科學館的展品全部也和航空有關，一些古舊的飛機也在會場內展覽。不過最特別的是擺放在空之科學館天台的飛船，隻供展覽而不能飛行。當舞耶她們進入館內時，看到一群正在參觀的小學生，館內除了小學生之外，還有一位高中生。那位高中生看見舞耶後，他走上前問舞耶是否曾經見過麵，原來當日遇上de"ja"vu少年時，這位叫淳的高中生也在場。正當他們說話的時候，展覽廳的牆邊突然起火，而且火勢蔓延的速度很快，同時舞耶等人聽到一把可怕的聲音，聲音的主人便是須藤龍也。他再次叫舞耶趕快記起以前的事，成為他們的自己人。這時克哉等人便吩咐淳把小學生帶到天台較為安全的地方，他們四人要周圍搜索有沒有其他小孩。
由這時候開始，舞耶他們要在30分鍾內，把空之科學館內所有的小孩救出，並且要成功逃到天台之上。除了f1之外，舞耶她們必須把每層的小學生救出後，才可以繼續前進。如果未曾把在2f的小學生救出，四人經過大堂高座的通道時，也會捷返原地，直至救出小學生，才可以通過那裏。另外在3f和4f之間，淳會在通往上層的樓梯口擋著，並且告訴舞耶還有多少群的小學生未被救出。在3f往上層的樓梯前，會有迴複之泉可供舞耶等人使用。當她們到達4f時，會再次聽到須藤龍也的聲音，之後4f便會充滿惡魔。舞耶等人遇上惡魔的時候，無論會進行對話或戰鬥，限定的時間仍然會繼續減少。因此無謂的戰
鬥可免則免，可以利用逃走去避免戰鬥和交談。如果時間充足的話，便可以取走所有寶物，相反便不要勉強。因為在這版中是不能儲存進度的，如果死掉或不夠時間的話，便要重新再開始過。
幾經辛苦終於到達天台，這時再次看到七姊妹學園出現過的de"ja"vu少年，他正在和須藤龍也對峙著。須藤用劍脅持著淳，還叫他快些記起以前的事。他把一支康乃馨交給淳，告訴他原本才是和joker互相對應的。de"ja"vu少年要求須藤放開淳，還說他已經和這件事沒有關係。這時舞耶等人來到，舞耶稱唿那少年為de"javu，克哉才知道舞耶一直找尋的de"java少年，便是自己的弟弟達哉。須藤龍也看到舞耶也出現，決定要把以前的一幕重現在舞耶麵前。他把眾人的踏足地破壞，達哉便差點掉了下去，幸好舞耶把它捉實。舞耶沒有因為這一幕重現而迴複記憶，令到須藤大怒起來，於是便放開脅持著的淳，走到舞耶麵前舉劍殺她。就在千鈞一發的情況下，淳情急地把龍也推下洞內，救了舞耶一命，但因此他表現得很激動。被救迴的達哉上前安慰淳，不過因為達哉知道自己的名字而感到奇怪，這時paofu提醒眾人要想辦法離開火場。
達哉叫眾人跟他進入展覽用的飛船之內，他要利用傳言令到飛船可以使用。結果飛船真的起飛來，它離開了火災的空之科學館，向著海的方向飛去。眾人脫險後問達哉，為什麽會懂得駕駛飛船，它解釋已經看過一次，說著達哉便把控作的重任交給淳。突然間整個駕駛倉發生很大的震蕩，達哉便跑出去看看情況，眾人也跟著他前去。在駕駛倉外，被淳推下樓的須藤龍也仍未死去，隻是右邊麵嚴重受傷，弄至血流披麵。他在極度痛苦和憤怒之下，召喚了兩隻積斯（シャックス）和兩隻美羅達勞斯（ミノタウロス）出來一起攻擊舞耶等人。對付它們最好的次序是積斯、美羅達勞斯，最後才是須藤龍也。積斯會以魔法攻擊眾人，而且水係攻擊無效，不過對飛具，火炎和地變係攻擊較弱。美羅達勞斯會以物理攻擊眾人，用物理攻擊它隻會扣很少hp，要集中用魔法對付。把四隻惡魔打倒之後，便要對付須藤龍也。他會吸收火炎係的攻擊，因此不能向他發動火炎係魔法。如果達哉的persona阿波羅（アポロ），可以在戰鬥rankup的話，便可以使用另一招強大的物理攻擊。另外的四人之中，起碼要有一至兩個人負責迴複的工作，其餘的人便以合體魔法攻擊須藤龍也。要留意joker有一招會借用其中一個同伴發動攻擊，之後那同伴的戰鬥行動會變成「攻擊」，玩者有需要重新設定他們的行動。打倒須藤龍也之後，他說joker不會這樣便消失，隻要有合適的人便會附在他的身上重生。
消滅了須藤龍也之後，淳便急忙從駕駛倉跑出來，說飛船因為剛才的爆炸而漸漸向下沉。達哉一言不發走到機倉的門口，發動persona把倉門打開。克哉正想上問他打算怎樣時，便被他一腳踢了下去，跟著迴頭叫眾人跳機逃生。當輪到淳的時候，淳把他的打火機送了給達哉，達哉感謝之餘，也因沒有東西送給他而道歉，說擺便把淳推了下去。到最後輪到舞耶，達哉再次向她叮囑，把以前的事情忘記，做迴一個普通的女孩。當把眾人也推到海裏之後，但達哉還未能及時逃離飛船，飛船便撞向海麵，衝擊的力量連碼頭停泊的遊艇也感覺得到，整架飛船更一分為二並且燃燒起來。
舞耶等人平安迴到岸邊，克哉四處找達哉的蹤影，paofu說他可能被衝到其他海岸。麗以為joker已經死了，她可以做迴一個普通的女性，但paofu卻告訴她joker的事情仍未解決，仍未知道須藤龍藏的真正目的。克哉同意paofu的說話，於是便致電迴警署報告。這時paofu笑它仍未了解事情的複雜，即使通知了上級仍是沒有任何用處，如果不信的話便迴去警署看看。克哉聽了paofu的說話後，雖然明白他的意思，但仍警告paofu如果阻礙警察的話，在捉到須藤龍藏之前，會先把他捉到監牢裏，說完便獨自迴去警署。麗見狀也決定了不再插手這件事情迴去，還勸舞耶也不要再調查落去，跟著也便獨自迴去。paofu問舞耶是否停止調查事件，舞耶卻堅持繼續進行。paofu便叫舞耶迴自己的公司先，他稍後會去和她會合。
第五章被joker附身
舞耶獨自返迴出版社後，接代處的職員告訴她水野總編輯找她，而且語氣很不友善，舞耶便第一時間找她。進入總編輯房間時，看到水野和稱為雲羅千鶴（ワンロン千鶴）的美人占卜師相談，水野總編輯便質問為何不能聯絡舞耶。千鶴看到舞耶的麵相，便主動要求和她占卜。千鶴說她覺得自己不是自己，最近為了比自己年輕的男子煩惱，還說了一些前世今生的奇怪說話後便離開，水野總編輯叫舞耶盡快把采訪的報告書交給她。在辦公室內的同事圍著電視，觀看節目中雲羅千鶴為joker的事件作出占卜。她指出joker稱為「女媧」，利用人心的罪和嫉妒等邪氣支配的人，隻要曾經利用「女媧」咀咒別人的人，便有機會成為joker。在同一時間，正在盜聽須藤龍藏電話的paofu，聽到他和不知名的人說話，內容是要求須藤龍藏幫他，把那阻礙他們計劃的神秘少年消滅。
鏡頭迴到港南警署的署長室，島津管理官接聽完神秘的電話之後，克哉便拍敲門進入。他把經過的事情說了出來，可是島津否定克哉的說話，還說森本病院因為發生氣體爆炸引起火災，所以病院內的所有人也被燒死，另外飛船意外事件也正在調查中。富田署長命令克哉不要防礙調查，他終於感到事情的複雜，於是便離開了署長的房間。這時在署長房間的客人，帶著輕視島津他們的語氣，讚揚克哉的骨氣。這位客人原來是在森本病院前，麵上帶有疤痕的神秘人。島津他們利用手提電話的紀錄，找出曾經召喚過joker的名單交給那個神秘人，叫他一個也不能放過，神秘人在名單中看到芹□的名字。
麗迴到gold健身中心，繼續進行拳擊練習，她心中不斷說和joker沒有關係。這時有數位學員在談論千鶴在節目中，關於joker定義的解釋。鏡頭迴到舞耶的辦公室，電視報導了森本病院火災的消息，舞耶覺得十分驚訝，於是便出去找克哉他們。當舞耶乘電梯落到大堂時，paofu已經在那裏等她。舞耶把偽做新聞告訴paofu，他推斷因為須藤龍藏要消滅所有證據，所以才要偽做新聞。二人決定首先和克哉會合，於是便去了港南警署。克哉把警方的狀況告訴舞耶他們，舞耶也感到很意外。克哉因為受害者不斷增加而感到難過，這時舞耶的手提電話響起，麗叫舞耶在她變化前盡快逃走。克哉和paofu應為她已經中了joker的咀咒。這時舞耶忽然記起了一幕，原來麗以前被一名叫牧村洋一的人騙婚，那人騙走她所有金錢後離開她，她可能會利用joker向他報仇。舞耶把那記憶告訴克哉他們，克哉要在麗仍未犯罪前阻止她，於是三人決定把那個騙子找出來。paofu叫她們先去平田區的「赤提田」，取得尋人的傳言。
舞耶等人去到平田區的龜屋橫巷（カメヤ橫丁），在那裏找到赤提田，從老版娘說話得知，那騙子最近經常在青葉區的parabellum出現，於是眾人便去那裏找那騙子。當她們到了parabellum後，看到那騙子正在欺騙一名年青女子，還說謊自己是研究院的副院長，用甜言蜜語借那女子300萬。看不過眼的克哉，便走上前表露刑警的身份，問他是否曾經欺騙田田麗。那人當然不會承認，克哉和paofu便做戲嚇他，說麗會利用joker殺死真正的騙婚者，那騙子因為怕死的關係而承認，結果拆穿了他欺騙女子的計劃。之
後舞耶他們便帶著他去夢崎區的gold找麗。當眾人進入gold的大堂時，發現有很多職員在聚在一起，好像發生了什麽大事。有位女職員告訴舞耶，有位女學員突然變得很奇怪，把拳擊室內的人趕了出去，並且鎖了自己在室內。原本是有配備鎖匙的，不過持有那鎖匙的職員不知去了那裏。克哉向那職員表示和麗是認識的，叫她把麗交給他們處理。在gold出現的惡魔中，有level很高的惡魔出現。在前章須藤龍也召喚的積斯和美羅達勞斯也會出現，但最利害是22level的化斯度（ファウスト）。如果舞耶他們和persona的level不夠高的話，盡量避免和它戰鬥。
舞耶到了3f的女性staffroom，會遇上一個變態男職員。他躲藏在locker的後麵，真不知道他想做什麽。舞耶答應不會把那男職員告發，不過條例是要他交出拳擊室的鎖匙。舞耶取得鎖匙後便趕去拳擊室救麗，眾人看到麗伏在地上，克哉便說已經把欺騙她的人帶來，並且將會用法律懲戒他，勸她不要做傻事。這時麗反而問舞耶在不在，如果舞耶迴答「我在，麗！」（私はここよ，うらら！）的話，當走近麗身邊時，麗便會攻擊她，並且露出joker麗的麵孔。眾人見狀也感到驚訝，麗的身軀已經被joker附身。這時成長了的jokerpersona發動，眾人唯有和它一戰。要留意joker麗會使用風係的魔法攻擊，而且和須藤龍也一樣，會使用附身的魔法。最少用一個人負責全體迴複的工作，其餘兩人以合體魔法攻擊，最好降魔一些風魔法無效的persona。
打倒joker麗之後，麗便迴複少許意識。於是麗便向舞耶道歉，她竟然中了舞耶敵人的咀咒，並且向舞耶作出攻擊。這時牧村在旁煸風點火，叫眾人殺了這女鬼。克哉聽後走到他的麵前，用手緊握他的喉嚨，不過他仍在狡辯，舞耶便叫克哉放手。paofu見狀便說出他的想法，隻要麗一死，警察便沒有證人指證他。這時連冷靜的paofu也上前打了他一記，不過麗要求克哉他們放過他，牧村便夾著尾巴逃走。這時麗終於不支暈倒，克哉便叫舞耶送她去醫院，不過paofu解釋她是因為persona的關係而暈倒，所以送她去醫院也不會有幫助，要送她去velvetroom把jokerpersona歸還才會複原。在velvetroom清醒過來的麗，再次向舞耶道歉，還問她會否原諒自己。舞耶答應原諒她後，手提電話便響起來，原來是吉村杏奈致電來，通知舞耶她的朋友法子（ノリコ）變成joker的消息，希望舞耶可以盡快趕來夢崎區的zodisc（ゾディアック）拯救法子，她會在那裏等舞耶。
第六章台灣的mafia
舞耶等人去了夢崎區的zodisc（ゾディアック），進入了內部的disco便找到杏奈。杏奈以前和達哉經常也會來這裏，克哉問杏奈在達哉失蹤之前，有沒有說過一些特別的話。杏奈記起他在失蹤之前，說過什麽要贖罪的說話。paofu問這裏誰是老板，杏奈說好像最近有一些台灣來的mafia接管了這裏，一些誘拐集團的人經常在這裏出入，有些人還說著中國語言。麗請杏奈放心把法子和達哉交給她們，她們會拯救達哉和法子的。他們通過disco進入建築物的內部，這裏除了會出現前章的惡魔之外，還會有一些mafia的人出現。和他們對話並不能契約或取得塔羅牌，因此可以藉此機會儲經驗值提升舞耶和persona的level。不過要留意他們的物理攻擊非常強，最好使用一些物理攻擊無效的persona，這樣便可以輕鬆地儲經驗值。到了3f右手邊的秘密賭場門外時，會有人問舞耶暗語才可進入，她們隻好再去探取正確的暗語。舞耶等人走到3f的另一邊的房間，進入後paofu會叫眾人在門口等他，他和mafia的人用中文對話、「你坦白吧…我生氣了」、「幹什麽！？不行！」等，之後便發出槍聲。克哉他們立即進去看看，隻見兩個mafia的人躺了在地上。paofu並沒有殺死他們，他們告訴paofu真正的暗語是「panther」。不過paofu的行為再次令到克哉不滿，兩人便爭吵起來，麗見狀便勸二人盡快趕去秘密賭場救法子。
舞耶他們再次去到秘密賭場門口，把暗語道出後門便被打開。進入賭場後克哉看到曾經在署長房間出現過的客人──麵上有很長疤痕的男人。paofu看見他後麵色變得凝重，一聲不響便走向那男人的位置。但被那男人身邊的手下上前阻止，並且用中文問paofu是誰，那男人也用中文叫他的手下讓paofu等人過去。克哉問paofu那男人是誰，這人的名字是雲豹，是個卑鄙的殺手。克哉驚訝為什麽署長會和這殺手有關係。但雲豹卻叫克哉拘捕paofu，說paofu在台灣殺了他25個人，他才殺了一個日本人，這樣對他並不公平。paofu並沒有理會他的狡辯，直接了當問他須藤龍藏的企圖。雲豹繼續在狡辯，他說自己是協助警察和新日本政府的人，是joker獵人，同時也是台日的親善大使。克哉也發怒地問法子到底在那裏，雲豹便叫人把法子帶出來。當舞耶和麗上前察看法子時，雲豹便叫法子攻擊眾人。神情呆滯的法子突然發動jokerpersona，而且今次比上次又再進化成長了。要打倒joker法子，首先一定要消滅兩個流氓（リュウマン）。千萬不能少看這兩個流氓的攻擊力，雖然他們不懂使用魔法，可是槍擊的物理攻擊很強。另外這次joker的攻擊屬性是水和冰結，還有專用的附身魔法。要對付它們，最好準備好兩種persona，第一種是物理防禦力強的persona，在消滅兩個流氓前使用。第二種是水係和冰結係防禦力強的persona，當joker在後段時會不斷放出水和冰結係的魔法，隻要到時換了這些persona後便不用害怕它的魔法攻擊。把joker打倒之後，發現雲豹等人已經逃離現場。克哉第一時間問paofu所講是否屬實，paofu沒有否認但也不承認，克哉他們覺得paofu的身份越來越神秘。這時麗叫兩人暫停爭吵，趕快把法子送去valvetroom救治。在valvetroom迴複過來的法子，杏奈問克哉是否要把法子拘捕。克哉以現時證據不成立為理由，不打算把法子拘捕，不過要杏奈負責的監管她，杏奈連忙向克哉道謝。克哉覺得要把真正的主謀捉到才是最重要，政府、警察和外國的mafia組織，一切的謎仍未解決前，他絕對不會放棄的。正當麗覺得克哉十分溫柔和堅強的時候，克哉的手提電話響起。有一把男人聲音找克哉，叫他如果想要有關joker消息的話，便在約定的時間去到青葉區的青葉公園找他。克哉問他到底是誰是，他稱自己為sneak（スニ`ク），還問克哉記不記得他。克哉收線後便問眾人的意見，不過在沒有線索的情況下，各人也認為要去試一試，於是眾人便起程到青葉公園去。
substage春日山高校
在平田區的春日山高校，有「渣滓學校」（カス校）的別稱。玩者到了這可以自由進入這所學校之內，不過這裏並沒有特別的event發生，隻是在天台和b1才會有學生出現。玩者可以在這裏儲金錢和經驗值等，但要留意由b1到4f的地方，出現惡魔的level很低，對話成功後所給的塔羅牌數量很少，打倒它們得到的金錢與level也不多。如果玩者要遇到更高更強的惡魔，玩者可以到b1特別入口的防空洞。內裏有很大的版畫和level較強的惡魔，但在防空洞內是沒有自動繪畫地圖係統，因此玩者要小心迷路。
第七章新世塾
克哉收到神秘電話之後，便和舞耶等
人去了青葉公園的休憩所。約定時間到了後，一位身穿大褸的男子走進休憩所，坐在達哉背後的長凳之上。他對克哉他們說，由於現在沒有時間，因此不能以真麵目見他們。正如舞耶她們所知，警方和mafia也是由須藤龍藏背後的神秘組織所控製。但除此之外，還有傳媒和很多舉足輕重的企業等，也和這個稱為「新世塾」的神秘組織有關。克哉問他新世塾和須藤到底有何企圖，可是sneak不知從何說起。克哉要返迴警署找署長和島津，s被sneak阻止。還說如果他們衝動的話，隻會步克哉父親的後塵。克哉驚訝他為何會知道他父親的事時，sneak解釋新世塾現在仍輕視他們，他們要掌握須藤的犯罪證據才可以行動。另外除了克哉他們調查須藤之外，還有人在調查新世塾。sneak叫克哉盡快和他們合作，他把對方的兩張相片留下便匆匆離開。paofu看過兩張盜攝的相片後，便懷疑snaek的可信程度。不過克哉的直覺告訴他，這人好像在償還自己的罪行。由於隻有兩張相片，舞耶等人不知什樣聯絡對方，於是麗便提議到青葉區的葛葉偵探事務所，利用傳言把他們找出來。
眾人到了葛葉偵探事務所，由於他們不知到怎樣散播傳言，才可以把那一男一女找出來。麗這時提議把「掌握事件情報的男或女，會在parabellum酒吧出現」的傳言散布出去，因為他們看過相片，所以便可以認出他們。paofu說這樣會把很多傳媒引來，可是在沒有辦法之下，舞耶他們唯有一試，但paofus有不祥的預感。遊戲這裏出現了很大的分支，在選擇把麗提議的傳言散播開去時，需要選擇男或女的。如果玩者選擇了男的話，南田圭便會成為同伴，如果玩者選擇女的話，桐島英理子便會成為同伴。兩個分支的版圖和故事也有少許分別，玩者要好好考慮後才選擇用誰。
第八章新的協力者
舞耶拜托了轟社長把傳言散播出去之後，一行人便趕去目的地parabellum，等待那位目標人物出現。由於這傳言會引來很多傳媒的關係，因此舞耶等人便會兵分兩路，麗和paofu在酒吧內阻礙傳媒，舞耶和克哉會在酒吧對麵的行人路等他（她）出現。parabellum內果然有很多傳媒的出現，當中還包括舞耶的上司水野總編輯。paofu似乎不滿要他負責的工作，說應該由克哉扮演那目標男女。麗一邊喝酒一邊和paofu說一些內心的話題，可是paofu奇怪她為何和他說這些話。舞耶和克哉在行人路吹著寒風，克哉問她覺不覺冷。克哉始終懷疑今次的計劃會否成功，目標人物會否出現？來了又如何應付等不安的問題圍繞著他。舞耶叫他不要多想，以她的口頭禪「let"spositivethinking」安慰他，克哉以麵紅作出反應令舞耶捂嘴而笑，尷尬的克哉問她有什麽可笑。由於克哉覺得自己經常也背負很多重擔，因此便想多了。舞耶覺得隻要是自己選擇的決定，便不會覺得是一種負擔，克哉稱讚她很堅強。
就在兩人對話的時候，目標人物已經出現在parabellum門口。舞耶二人立即走到他（她）麵前，並且告訴他（她）有關的事情。這時parabellum內的水野總編輯，看到在門外舞耶的行動，便推斷那人便是目標人物。paofu看見事情敗露了，便和麗一起做戲吸引傳媒的注意。麗不知是否喝醉了，還是在意paofu所說的台詞，竟然真的毆打paofu，把他迫到酒吧門前。因為paofu阻礙了水野總編輯出外找目標人物，所以水野總編輯便與麗一起毆打paofu，難道這便是paofu的不詳預感。
鏡頭轉到了裝修華麗的地方，這裏正是鳴海區高級酒店pleiadeshouse的房間。在場除了舞耶和克哉之外，sneak留下相片中的二人同時也在房間出現。一位像是管家的人吩咐下人開門給麗和paofu，克哉便叫他們兩人坐下，但是二人看來仍為酒吧的事情生氣。經過克哉的介紹後，知道相片中的男子叫南田圭，是大企業南田集團的太子。女的叫做桐島英理子，她是現任的大學生，同時亦是模特兒界的新寵兒，很多人稱她為ellie。他們是聖艾露美學園的同學，而且兩人也懂得使用persona。克哉問圭為何要調查新世塾，圭反問他們有沒有聽過「神田久鷹」的人，paofu說隻知道他是須藤龍藏的秘書。圭懷疑這人的真正身份是「神取鷹久」(《女神異聞錄》中的大奸角)。克哉問是否引發禦影町事件的sebeku（セベク）公司的支社長，他應該在那次事件中失蹤了。圭補充說神取在三年前企圖毀滅世界，應該早已被他們打倒。paofu好奇地問二人，是否為了神取的影子而調查新世塾？圭當然很在意神取的生或死，不過英理子s隻是為了調查流行的「望龍占卜」，偶然之下才會遇上圭。圭和英理子在聽過舞耶他們的說話後，推斷新世塾現在很需要joker的力量，圭調查到他們把一些曾經召喚過joker的人擄走，並且把那些人關進這酒店附近的「理學研究所」。英理子補充新世塾是利用占卜的手段，把joker的傳言廣泛地散播開去，而散播的人應該是望龍千鶴，她利用流行的望龍占卜術吸引群眾的注意。
圭在這時提議兵分兩路進行調查，他負責理學研究所的秘密，英理子負責到珠閑留tv調查望龍千鶴。這時如果玩者先前選擇了圭的話，舞耶四人便會和圭一起去調查理學研究所。相反如果選擇英理子的話，舞耶四人便會和英理子一起去珠閑留tv找望龍千鶴。決定了行動之後，一位好像圭的管家走到舞耶麵前，這位叫鬆岡的男人以不客氣的說話，表明立場不希望圭進行調查，並且說明舞耶她們的行動和南田集團無關。聽罷這人的說話後，舞耶並沒有理會他，而且還馬上展開調查行動。
第九章（南田圭篇）
joker的人體實驗離開酒店後的舞耶等人，來到理學研究所。不過由於守衛森嚴的關係，眾人無法進入研究所之內。圭建議眾人經由附近的「下水處理設施」進入，那裏除了可以通到研究所的地下停車場之外，設施中的守衛也比較薄弱。當舞耶等人進入下水處理設施之後，圭向眾人解釋這裏的保安係統。設施之內會分成a和b兩條通道，各通道由三個部份組成。因為保安的理由，所以各部份也會設計成迷宮一樣，並且每隔一定時間，便會排出大量的水來防止入侵者。因此每進入了各部份之後，必定要在10分鍾內找到出口，而且不能走迴之前的入口。由於這兩條通道的門，也是由這裏的第一和第二製禦室控製，因此需要留下兩個人在製禦操作開關。克哉問圭為何會這麽清楚這裏的保安係統，圭很慚愧地說這裏的一切資金，全部也是由他家族財團對須藤龍藏的政治獻金，但是並不知道他的用途。paofu問他這樣做對他有沒有問題，圭說隻是按自己相信的路走，paofu也不禁稱讚他。
就在眾人要決定誰留下來的時候，他們背後傳來「交給我們」的聲音。原來聲音的主人是神取鷹久的同母異父兄弟，有「身番長」（番長的中文意思是指國中和高中不良少年的老大）之稱的城戶玲司，他的身後還有好友村園麻希。他們與圭和英理子也是聖艾露美學園的同學，也同樣擁有使用persona的能力，這次是受到英理子的拜托前來協助圭。圭把電子鎖交給了二人，麻希負責第一製禦室的a門，玲司負責第二製禦室的b門。最後圭把對講機交給舞耶，要開a或b門隻要和製禦室的二人聯絡便可。由於b通道上的道具比a通道多，再加上b2的路線較短，因此筆者在這裏建議玩者選擇b通道進入理學研究所的地下停車場。另外由於進入每個部份之後便不可以迴頭，因此玩者在進入每部份之前最好save一次，這可以避免選
擇錯誤而從新開始。當進入每部份之後，便要在10分鍾內找到出口，因此無謂的戰鬥和交談也要應可免則免，盡量利用逃走來節省時間找出口和取寶物。
舞耶眾人成功通過下水處理設施，到達理學研究所的地下停車場。在他們的觀察之下，發現這裏的守衛並不算森嚴，隻有一個守衛在入口守著。克哉看到守衛帶著機關槍而感到驚訝，圭解釋這並不是他們財團雇用的人，是須藤龍藏的手下。為了不能驚動其他守衛，要不動聲息收拾他，於是麗便自告奮勇要色誘那守衛，並且坐言起行走了出去。正當眾人想阻止魯莽的她時，paofu第一時間衝了出去，利用純熟的彈指武器把那守衛打暈，跟著向麗揶揄一番。克哉叫她把色誘之計留待下次使用，原本已經生氣的她變得更怒氣衝衝。最後在舞耶的催促下，隻好跟著眾人進入理學研究所之內。
當眾人經過警備管理室的門前，聽到房內傳來一些吵鬧聲音，於是眾人便偷聽發生什麽事。房內有兩名守衛捉到一位染了頭發的高中生，如果有玩前作的玩者一定會認得這位高中生，他便是「罪」的一位同伴，是渣滓學校的「番長」三科榮吉（是筆者在「罪」中最喜歡的角色）。因為他懷疑自己的朋友杉本，被人捉到這所研究所作人體實驗，所以他便來這裏找人，結果因迷路而被人捉了。兩位守衛正想要把榮吉交給研究員時，圭和眾人便出手相助。把這兩個如嘍般的守衛收拾後，舞耶等人相信榮吉的朋友杉本，因為曾經召喚過joker，所以才會被人捉到這研究所之內。克哉叫他首先迴去，把他朋友杉本的事交給他們，不過榮吉s希望舞耶可以帶他一起調查，可是克哉等人並不讚成。這時剛剛脫離青少年階段不久的圭，很明白榮吉現在的心情，並不是說迴去便可以迴去的，因此便提議帶他一起調查。不過要榮吉答應不能防礙他們，在途中說迴去便要迴去，榮吉答應之後眾人再繼續進入研究所內部。
舞耶他們走了不久，便找到了集合人體實驗受害者的地方「獨房集合部屋」。眾人發現有位被joker魔化了的受害者，其餘的人即使還未被魔化，但精神顯得癡癡呆呆。榮吉一邊叫著杉本的名字，一邊每間房也搜索他的蹤影，可是並未發現杉本本人。這時圭便拜托榮吉，叫他把所有受害者帶到地下停車場的貨車之上。克哉問圭打算如何，圭要把這些受害者送到自己的醫院進行治療。榮吉答應了圭後，便把杉本的事拜托舞耶他們，眾人便繼續在研究所進行調查。在這間理學研究所的通道上，總共會有四種不同的閘門出現，分別是a閘、b閘、lv1閘和lv2閘。a閘和b閘隻要利用一些切換掣來控製，lv1閘和lv2閘必定要取得保安咭才可以通過。雖然看來很複雜，不過由於有多個切換掣在版圖之內，因此玩者很簡單便可以順利通過。在b1的左上方，會有一位研究人員出現，因為他已經很厭惡自己進行的人體實驗，聽到圭等人正在調查有關事情，於是給了lv1securitycard給舞耶。在2f的右下角，有一位研究員也因同樣理由而協助眾人，把lv2securitycard交給舞耶，這樣眾人便可以順利進入3f的研究室。
眾人進入了研究室之後，便調查研究所的電腦。根據電腦顯示的資料，當中包括了一些「joker和人分離的基礎研究」和「控製二足步行驅動，移植人體脊髓神經報告」等報告。不過最令圭驚訝的，是一個以神取鷹久署名的「人工開發persona的研究報告」，原來圭一直追查的神田久鷹，真正的身份是神取鷹久。paofu馬上拿出手提電腦把所有的資料copy過來，並且對眾人說隻要3分鍾便可以完成。當paofu的copy工作快要完成的時候，麗s被研究室內的某東西吸引著，並叫眾人進入研究室的內部。當眾人進入那房間後，眾人也被眼前的景象嚇一跳。在漆黑的房間內，有一部印著joker字樣的機器，並且在眾人麵前打開。神秘的機器內有很多大型的玻璃試管，內裏載著一些像是液體又像魔鬼的東西，閃著好像眼和口的光，還向著眾人張牙舞爪。就在眾人也目定口呆之際，背後傳來圭很熟識的聲音「你還在幹著間碟的行為嗎，南田君...？」。當眾人迴頭一看，房間內四麵的燈也開著後，一大班手恃機槍的士兵衝入來包圍眾人。神耶鷹久站在高層的通道之上，身邊還有兩名士兵用槍脅持著三科榮吉。圭看著應該在三年前死掉神取鷹久，問他為何仍在人世。神取告訴他因為言靈的關係，因為那班人對他很有興趣，所以便利用傳言變成事實的特質令他複活過來。神取要脅圭把盜取的資料交出，否則便把榮吉殺死。圭在無計可施之下，叫paofu交出手提電腦。paofu隻可聳聳肩表現不滿後，把手提電腦交出。可是卑鄙的神取鷹久奸笑著，還說圭仍像小孩一樣幼稚，於是準備開槍把榮吉殺死，但圭隻有在傍喊叫停手。就在這千鈞一發的時候，旁邊的門忽然打開，擋著從神取手槍上射出的子彈，一條飛快的身影迅速救走榮吉，並且瞬間把兩名士兵幹掉。這個人便是達哉，他還叫舞耶等人逃走。在這種極惡劣的情況下，眾人唯有趁這混亂機會，與在場的士兵一邊駁火一邊逃去。神取並沒有去追舞耶他們，隻是對眼前被組織稱為「特異點」的少年感到興趣。達哉叫神取告訴「那家夥」，他會守護舞耶姐和大家的，跟著便發動persona和神取一戰。
鏡頭轉到地下停車場，榮吉已經把所有受害者帶到貨車之上，舞耶和圭等人也逃了出來。榮吉見狀便叫他們上車逃走，可是眾人s等待追兵前來。前來的追兵是一隻被魔化後的怪物，雖然它的叫聲很難聽，可是仍然叫了榮吉這名字。榮吉知道這隻怪物便是他要找的朋友杉本，不過圭s對榮吉說：「原諒我，少年！」，榮吉唿叫停止之後便進入戰鬥。這一仗的魔化杉本比較之前jokerboss弱很多，除了要注意它的物理攻擊外，其餘的攻擊也不算得可怕。隻要降魔（裝備）一些物理防禦能力高的persona後，就連它身邊的兩名redberet（レッドベレ`）的物理攻擊也可防禦。眾人把魔化杉本打倒後，榮吉激動地指責圭和神取沒有分別，同樣會把人殺害。麗便叫榮吉看清楚杉本，他隻是倒下並沒有死去，圭隻是打暈了它。榮吉見狀便馬上改變態度，除了稱讚圭的為人外，還要當圭的細佬。這時麗氣憤這次行動沒有收獲，paofu便在懷裏拿出一件東西，原來他早已把手提電腦的硬碟取了出來，研究所的資料仍然在他手上。在有更多追兵來到之前，眾人駕駛那貨櫃車離開研究所。當眾人迴到pleiadeshouse酒店之時，出現了更嚇人的一幕
《罰》情節2
第九章（桐島英理子篇）
千鶴的奇門遁甲離開了pleiadeshouse酒店之後，圭和英理子兵分兩路行動，與舞耶一行人去到青葉區的「珠閑留tv」。當英理子等人進入電視台之後，正在等待英理子的是她一些舊同學。那男演員名叫上杉秀彥，統稱brown，還有前來與brown進行攝影工作的雪乃黛，他們同樣是在聖艾露美學園的同學，而舞耶的同事藤井也被派來進行攝影工作。英理子他們從brown那裏得知，望龍千鶴正在化妝間（樂屋）之內，而且有很多節目和雜誌也同時談及她的望龍占卜術，看來是新世塾有意這樣安排傳媒的。克哉正在問及千鶴是否被新世塾利用時，麗發現有隻黑貓一直在旁看著他們。brown認得它是千鶴的寵物，黑貓叫了一聲後便離開，paofu叫眾人不要理會，趕緊找千鶴要緊。筆者在此建議玩者在進入電視台之前，一定要去購備足夠的道具，因為之後有很長時間也不能走出電視台。
英理子她們在2f的樂屋1之中，看見現今的人氣偶像組合muses，主
音的莉莎（リサ）看來很煩惱的樣子，麗卻叫舞耶上前取簽名。在樂屋2之內看到著名女演員黑須純子，麗同樣嚷著要向她取簽名。當眾人進入樂屋3的時候，看到剛才在大堂出現過千鶴的黑貓。找不到千鶴的英理子等人，正要離開樂屋之際，黑貓喵了一聲，四周的環境便起了變化。除了舞耶等人之外，所有的物件和地方也變成黑白，那隻神秘的黑貓卻穿牆走出樂屋。對於擁有豐富玄學知識的英理子，一眼便看出已經中了千鶴的奇門遁甲之術。麗問英理子什麽是奇門遁甲，英理子解釋這是一種風水幻術，剛才的黑貓便是千鶴的式鬼，它把世界的影子空間反轉過來。要通過指定的八扇門才可以離開這裏，每一扇門也會貼著寫上1至8的風水數目字。當舞耶她們正在擔心之際，英理子卻表現得很興奮，還說是第一次有奇門遁甲的經驗。
眾人根據英理子的解釋，找到貼上第一道符的「第一studio」。進入之後果然見到千鶴的黑貓。黑貓顯得有點意外，英理子逞強地向它說不會怕千鶴的奇門遁甲之術，式鬼卻說她們稍後便會清楚奇門遁甲的可怕之處。通過了第一studio後，英理子她們在「第二studio」看到第二道符，可是這次s不能成功通過。英理子為了要搞清楚自己有沒有弄錯數字，於是決定去找brown相談。她們在3f的樂屋4找到brown。正在照鏡打扮的brown，從鏡中看到英理子後嚇了一跳，但經過英理子的解釋後平複下來。照brown的推斷來看，英理子等人正處於好像鏡裏的影子世界，因此所有事物的影像也會左右互相對調。英理子在符上看到的2字，其實是個5字。把事情弄清楚後，眾人便要繼續找出路，brown叫她們有問題可以再找他。
按照brown的解釋，英理子等人在4f找到貼上第二道符的「第五studio」，結果成功通過那裏，但看不到黑貓的蹤影。接著眾人在「第三studio」中找到第三道符，進入那裏後仍看不能黑貓的蹤影。正當眾人離開之際，背後傳來按快門的聲音和閃光燈的光。當英理子迴頭一看，發現一直纏著她的stalker（注一）桑田真出現了。看到這個肥胖的怪人身上的傷痕，應該曾經被人修理過，可是他又再卷土重來騷擾英理子，還帶同電鋸來向英理子示愛。麵對這種女性公敵，麗馬上上前教訓他。要留意這怪人的精神係魔法攻，對英理子最有效。另外他的物理攻擊也會有少許威脅，但在眾人的密集式攻擊下，很快便可以收拾他。
注一：意思是指瘋狂的愛慕者，會經常向目標作出跟蹤和盜攝等行為，更瘋狂的會對目標作出傷害，以表達對目標的一種所謂愛意。
收拾stalker之後便可繼續前進，由於鏡子作用的關係，這次的目的地是貼上第四道符的「第七studio」。進入錄影廠後並沒有發現黑貓的蹤影，忽然克哉大叫英理子小心，並且飛身撲向她，避過了從天而降的照射燈。眾人立即上前看看二人有否受傷，這時之前的stalker又再次出現。今次的他竟然想殺害英理子，眾人便再合力把它打倒。再次打到stalker之後，克哉便用手銬把它鎖起，使他不能再次騷擾英理子。這時開始感到害怕的英理子，得到麗的鼓勵後繼續前進。眾人進入貼著第五道符的「第二studio」時也小心翼翼，看不到黑貓和stalker之後，便向「第六studio」進發。在眾人發現不到stalker之後，英理子才放心進入。忽然stalker從布景板跳出來，把麗和英理子嚇得花容失色。英理子再不能容忍他，罵他一廂情願的好意隻會令人感到困惑。豈料stalker問她真的應為如此，雖然她堅決答是，但他繼續說英理子和他是一樣，對某人也是一廂情願。在旁看得火爆的麗再也耐不住，上前攻擊這個麻煩的stalker。這次終於把它打得頸骨折斷，paofu說他連行也成問題，不過英理子仍在意stalker說自己和他一樣的話。克哉問舞耶會否覺得奇怪，為何這stalker每次也比他們快進入studio，莫非好像那隻式鬼所說，這便是奇門遁甲可怕的地方。
經過第七道符的「第四studio」後並沒有異樣，眾人向著最後貼著第八度符的「第八studio」進發。當眾人進入了錄影廠之後，有一位載耳環的少年走出來（如果有玩過《女神異聞錄》的玩者，相信也認得這位主角），更向英理子問好。英理子問他為何在這裏出現，他是為了確認英理子有沒有守諾言，英理子當然說有並向他走過去。麗覺得這位少年有異樣，paofu便喝停英理子，並說這少年的眼神很奇怪。少年問英理子是否不信他，英理子答不是，但這少年s說她說謊，並且說這次出現在他麵前，是為了和她說兩句話，「一廂情願的好感會令人困惑」、「不要和我再有任何關係」。聽到自己喜歡的人向自己說這些話，英理子經不起這個打擊，雙腳發軟跌坐地上。這時克哉向少年的旁邊開槍，聽到喵的一聲後黑貓便出現，少年的幻影也隨即消失。paofu問克哉為何會想到，克哉應為所謂咒術和幻術的手法也是很古老，之前的stalker和剛才的少年也是英理子心底恐懼的投影。黑貓聽到後顯得很憤怒，但黑貓利用那人的樣貌來欺騙人，英理子比它更加憤怒。黑貓變成好像老鼠的怪物向舞耶等人襲擊，玩者千萬不要向黑貓發動任何的魔法攻擊，它會全部反射迴來。隻要向它施展物理攻擊便可，如果玩者的persona沒有物理攻擊的話，用普通的攻擊指令也可以。不過要留意它的「電光火石」這招，如果物理防禦力低的話，會被扣很多hp。把黑貓收拾之後，英理子為了自己內心的軟弱，給眾人┞櫸扯道歉。麗說明白她的心情，並且以舞耶的口頭憚「let"spositivethinking」安慰她。paofu笑說麗在變為joker的時候並沒有這麽可愛，引得眾人發笑。最後克哉叫眾人趕快破掉最後的法陣。
鏡頭轉到在第一studio播影中的節目，除了節目主持和望龍千鶴之外，還有黑須純子和muses樂隊。主持請千鶴為joker的事件進行占卜，她走進像魔法陣的中間，手舞足蹈地搖著銅錢占卜。突然她感到異樣，雙腳一軟跌倒在地上，純子和工作人員上前看她有沒有事。她奇怪地說式鬼被消滅了，跟著和工作人員說隻是有點頭暈，可以繼續進行占卜。她占卜的結果是全守護龍也顯示女媧之兆，如果繼續這樣的話，便會有更多人被joker附身，因此要在被附身之前把汙穢清除。迴說舞耶她們從奇門遁甲之中逃出來後，有位電視台的ad叫她們趕快避難，在第一studio中有事發生。英理子叫那位ad冷靜些，清楚地告訴她們發生的事。原來當千鶴占卜之時，說就算沒有召喚過joker，也會被joker附身。在千鶴這言論一出，黑須純子便變成joker了。相信是新世塾為了令更多人變成joker而散播的這傳言，克哉叫舞耶等人盡快趕去。
在studio之內，joker純子向muses的莉莎襲擊，正當危急之際，達哉出現相助，並和joker純子對峙，莉莎奇怪他為何會在這裏出現。「你便是久鷹大人所說的特異點嗎，待我幫你引導這班你所關心的小輩吧」千鶴這樣說著，「退下，銀子（ギンコ）」達哉以奇怪的稱唿叫莉莎快逃。就在莉莎迷茫的時候，克哉等人已經趕到現場。千鶴吩咐黑須純子把達哉殺了之後，她便走到舞耶她們麵前。麗高唿不會再信她的占卜，千鶴迴應說因為有她這樣的人，占卜才會有存在的必要，這樣才可以收集大量的「汙穢」。千鶴更指著克哉說：「因為有你這樣的人，我才會被你們輕視和排斥。在世上沒有用的力量！和汙穢的血！你們不能容納和你們不同的人，是愚蠢
和汙穢的罪人。請看看現在的狀況，之後再承認這時好的！人如果不依靠神的啟示，便不能繼續生存下去」。麵對千鶴這些的激烈言論，克哉等人以戰鬥來迴應她。不要誤會千鶴會很難對付，其實隻要一招普通的攻擊已經可以打倒她。問題是她身邊的四個式神。四個式神的屬性也是不同，分別是火、水、風和地變。他們會反射和自己相同屬性的魔法，玩者應該集中攻擊一個式神，例如使用水魔法攻勢火屬性的式神。盡量不要使用全體的魔法，避免會反射迴到自己的身上。
打倒所有式神後，英理子拾起千鶴的假人符，很可惜已經被她逃走了。克哉正想找達哉之時，發現他已經離開。莉莎告訴克哉他帶了黑須純子去velvetroom清除附身的joker，她還叫克哉們幫助「情人」達哉，他看來相當煩惱，但莉莎本人也不知為什麽會稱唿達哉為「情人」。克哉安慰擔心的莉莎，他一定會把親弟送迴學校。paofu說這裏的事告一段落，趕快迴去pleiadeshouse酒店。當眾人迴到酒店後，看到了嚇人的一幕。
第十章無原罪的演講
當眾人迴到酒店之內，發現有數名圭的手下躺在血泊之中，麗懷疑是否神秘的sneak所為。paofu提議眾人到他的工作地方，看看之前大家調查出來的成果。眾人等待著paofu把得到的資料分析的時候，看著正在播影新聞的電視。新聞的內容提及連續殺人的事件不斷增加，而且警方無法判定是否同一犯人所為，案件屬於無差別的殺人。舞耶她們看得十分無奈之時，出外調查街上狀況的麗和英理子迴來。和英理子所講的相同，千鶴的望龍占卜已經令到街上一片混亂，眾人都盲目地相信她的言論。paofu已經把研究所的資料整理好，圭在研究所看到的巨大機器，好像是稱為「jsm」，是一部可以從被joker附身的人身上，把joker分離出體外的機器。被分離的joker會被儲存在他們稱為「kegare」的容器之內。英理子補充千鶴曾經說過要大量收集「汙穢」（日語中汙穢的讀音便是kegare），相信便是指這些，但為什麽要收集這種東西，現在還未能清楚確定。克哉還看到一些人的名單，全部也是曾經召喚過joker的人，還有110和警方無線電話紀錄等，事情真的和島津他們有關。最後paofu給眾人看一個機械人，這便是利用人的神經組織移植的「二足步行戰車」，最驚人的是國家防衛廳有份參與開發工作。克哉把現在的資料整理一下，首先女占卜師把召喚joker的人增加，然後黑幫mafia把召喚joker的人捉迴來，再交給神取把joker分離然後儲存，其中警察扮演提供情報和隱瞞真相的角色，因此島津經常也阻礙調查進行。這時paofu表示現今仍沒有證據顯示和須藤龍藏有關，如果現在把資料公布的話，隻能對那些雜碎人物有影響。這時電視台布導一個由各界名人舉辦的演講會，內容和joker事件有關，說隻要把所有人內心的汙穢清除，人們便不會被joker附身，連續殺人事件也會停止。地點在平田區的smile平田舉行，主持是有名的製作人佐佐本銀次，協力的是望龍千鶴，於是眾人立即趕去演講會。
眾人到了smile平田之後，雖然版圖很大，可是所得到寶物相當之少，舞耶等人利用升降機可以直達4f的演講會場。由於演講會已經開始了，舞耶等人不能中途參加，克哉想到可以利用會場的冷氣槽潛入。就在這時舞耶又再記起一些事情，她和達哉等人曾經在女廁的冷氣槽令警報響起。於是舞耶和麗到女廁確認沒有人，之後再叫其餘三人進入女廁。克哉首當其衝的爬進冷氣槽，眾人也跟著他爬到演講會場。到達了會場的通風口，舞耶她們看到有很多人參加這個演講會，但隻看到主持佐佐木銀次，並沒有看到千鶴的蹤影。銀次的背後有一座很大的機器，和圭在理學研究所看到的一樣，同樣有兩大支試管接駁著，但多了金龍作裝飾之用。佐佐木向在場的人講解，背後的是千鶴為了消洗眾人內心的罪而安排的機器「聖龍伏羲」，隻要觸摸龍頭像，人內心的罪和汙穢的東西也會被清洗，重生變成一個無原罪的人。坐在前排的其中一位觀眾走出來，並且走到聖龍伏羲的麵前觸摸龍頭，機器接駁的容器便產生和研究所時一樣的反應。可是那個人卻因為身上的罪被清洗而感到很舒服，並且叫全場的人也一起成為無原罪的人。在一唿百應的情況下，全場一起叫著let"spositivethinking。麗和舞耶也感到十分驚訝，麗問這不是舞耶的口頭禪嗎？
返迴女廁的眾人，看到剛才的情況後，便想辦法阻止佐佐木收集joker。但如果正麵進去的話，有可能會傷害無辜的群眾，克哉忽然想到利用會場的火災警報器，去把群眾疏散。他和paofu首先去到會場外麵，舞耶三人利用香煙的煙，令到警報器誤鳴。舞耶三人完成任務後，便趕往演講會場和克哉二人會合。舞耶進入會場後，所有人群已經離開，隻有佐佐木仍在和克哉等人爭論。在沒有結果的口角下，克哉向舞耶示意，舞耶便用手槍把兩個巨型容器打破，內裏的奇怪液體便流在地上。佐佐木見狀大聲驚叫，還說這樣會有可怕的事情發生。他說得一點也沒有錯，地上那些奇怪液體忽然全部一起湧入佐佐木銀次的體內，經不起這種衝擊的銀次暈倒在地上。克哉等人見狀上前查看，突然他站起來並且發動了jokerpersona。眾人見狀便明白到底joker是什麽迴事，原來新世塾利用人的罪，把它實體化之後成為人工persona，罪的數量越大，joker便會越強大。麵對這個joker銀次，眾人也不能避免和它一戰。
迴複(7):joker銀次會召喚四隻歌斯（ショゴス）幫忙，玩者並不雖要理會它們，尊心對付joker銀次便可。因為它們會隨時發動自爆攻擊，如果不能一擊消滅它的話，隻會浪費玩者心機。就算把它們消滅了，joker銀次也會替它們複活，所以要集中攻擊力在joker銀次的身上。由於joker銀次的魔法攻擊很強，因此最好降魔一些魔法防禦力高的persona，減輕受傷程度和迴複次數。最少要利用兩個人作迴複的工作，其餘三人多些使用合體魔法攻擊。
第十一章~sneak的真麵目~
舞耶她們把joker銀次打倒之後，眾人意識到事情的嚴重性。為了要減少同樣的事情繼續發生落去，於是決定把新世塾的資料向傳媒公開。他們把資料交給了圭的手下鬆岡，叫他交給可信的傳媒廣泛報導。這時克哉的手提電話響起，原來是sneak致電來。克哉立即問酒店的命案是否和他有關，因為sneak知道無論說什麽也不能令他們相信自己，所以再次約克哉到青葉公園的野外音樂堂會麵，他將會以真麵目見克哉，並且有很重要的事要告訴他們。sneak掛斷線後克哉便告訴眾人，paofu覺得這可能是個陷阱，麗也勸他不要前去。可是克哉覺得有需要去赴約，弄清楚酒店命案的真相。paofu指他是為了自己父親的事情才去赴約，因此沒有陪他前去意思。克哉聽罷也沒有辦法，隻好單人匹馬前去見sneak。在克哉走了之後，麗便指責paofu的說話無情，她要paofu一起去追克哉，在沒有麗辦法之下paofu隻好前追克哉。
舞取四人通過青葉公園北的入口，進入了野外音樂會堂後，paofu帶領著眾人走進了後台。克哉比他們更快到達，他手持著槍並且小心翼翼地走到舞台之上。當他看到台下站著的人時，覺得十分之意外，原來sneak的廬山真麵目是他的上司富田署長。署長表明並不知道組織所幹的酒店命案，因為組織早已對他不信任，他隻是為了贖罪而要告訴克哉重要的事
。克哉把槍收起後走到署長旁邊，聽他說有關新世塾的話。新世塾的最高權力核心，是一個叫「禦前」的即身佛（類似木乃伊的乾屍），他是戰國時代的名人「澄丸清忠」，統治這塊地方的人。它在20年前建造本丸公園時被發現，一切也從那時開始。當時和建造公園有關的人員，現在全是組織的幹部。由於清忠的咒術「言靈」的關係，令到當時寂寂無名的人，現在已經成為一些高官權貴。他雖然見過那木乃衣，但幹部的人說可以聽到它的聲音，因此他們便崇拜那木乃伊。聽他們的言論，要把珠閑留市之外的世界毀滅，然後再創造一個新的理想世界。那是一個無原罪，利用單一價值觀來統治的世界，實現統一民族的理想。現在所流行的望龍術，其實是遠古的咒術。可以喚醒巨大的龍，亦即是地下巨大的能量「地脈」。自古以來如果懂得運用地脈，可以令人類繁榮起來。但是龍很討厭汙穢（罪），如果把汙穢收集後再大量放出的話，龍便會瘋狂地屠殺汙穢。到時便會引起全世界天地異變，兩極移位，地軸轉移，導玫世界毀滅。到時新世塾的人便會乘坐由傳言變成事實的古代太空船torihune，在不受威脅的高處觀看。現在言靈已經把torihune現實化，誰也不能阻止的。現在唯一可以做到的，便是打倒須藤和禦前。
克哉並不能相信這事實，就在這時島津突然出現，還指責署長第二次作出背叛的行為。島津告訴克哉，署長便是10年前把他父親出賣的人。當年由於克哉的父親是個優秀的警察，他追查須藤龍藏的罪行時，把須藤迫上未路，可是這時卻被署長和犯人的父親聯手陷害。由於克哉的父親為保家人和朋友的安全，於是便承認所有罪行。署長也直認他的過錯，當他知道克哉進入警察學校之時，便意識到他要為父親洗脫冤情。署長向島津聲稱已經把組織的情報交給可以信賴的人公開，須藤的罪狀將會被公開，但島津說他這樣做是全無意義，因為組織已經掌握一切。當署長要拔槍的時候，他已經被島津開槍射殺。克哉大叫署長的時候，舞耶等人已經從島津後麵出現，並且用槍指著他的頭，麗叫舞耶開槍殺了他之際，島津發出陰邪的奸笑，原來他的手下已經用槍包圍著克哉。舞耶和克哉打了一個眼色之後，克哉便開槍發難。
在這一場戰鬥之中，島津和他四個sat手下，也不會發動魔法攻擊，他們隻會開槍和發出催眠彈。尤其要小心他們槍擊的威力很大，隨時一槍便可以致命。玩者可以在物理防禦方麵著手，除了可以使用一些提高防禦力的魔法外，在降魔persona的時候，可以選擇一些物理防禦力高的persona，還有一些擁有對飛具無效或反射的persona，也會對玩者有幫助。把島津打倒之後，克哉上前為他扣上手銬，不過奄奄一息的他仍然覺得自己和新世塾沒錯。相反同樣奄奄一息的署長，為了所犯過的罪而十分後悔，最後想說出新世塾的根據地時不支死去，克哉向死去的署長致敬，paofu也覺得署長是一條好漢。
第十二章paofu的目的
舞耶等人離開野外音樂堂之後，便迴到paofu的工作室。paofu已經掌握了須藤龍藏的所有電話網絡，包括他的住宅，辦公室和手提電話，甚至他用公共電話也可以進行盜聽。眾人終於等到須藤龍藏的動靜，聽他和雲豹的電話內容，他們已經知道島津和署長已經死了，而且還知道是舞耶他們下手的。眾人也驚訝在何時被敵人監視著。雲豹的目的是向須藤取報酬和要求釋放他的弟弟，須藤約他到港南區的廢工場進行交易，到時會交護照、錢和弟弟給他。雲豹叫須藤單人赴約，須藤也答應了他。paofu對眾人說這是一個好機會，跟著便獨自走了出去，臨走時還露出怪異的笑容。由於克哉對於paofu仍然存有戒心，因此便拜托圭調查有關paofu的身份。麗因為擔心paofu獨自行動會有危險，於是便催促眾人去廢工場追paofu。
在某所辦公室之內，一班人在神壇之前開會，神取和千鶴也在人群當中。正在以拐杖行路的人便是現任外相須藤龍藏，這個神秘的地方便是新世塾的總壇。當須藤問及一位麵色不好的男人有關-1的試驗結果時，這個管原陸將便說要迴去測試-1，並且在離開時因不滿須藤龍藏而留下一句「狐假虎威」的說話。現在新世塾的幹部們，同樣擔心稱為「特異點」的少年，害怕會阻礙他們的計劃，而且也開始對禦前的思想有懷疑。聽到這裏的須藤警告他們，禦前的思想是要他們盡力完成使命便行。須藤龍藏一拐一拐地離開之後，其他的幹部也相繼離開，隻餘下神取對著禦前，說須藤隻是個被野心衝葷頭腦的老頭。
舞耶四人為了追上paofu，進入了須藤和雲豹交易的廢工場。paofu和眾人在貨櫃之上看著早已到達的雲豹，但隻見他和數名手下，見不到須藤龍藏的蹤影。忽然見到雲豹和他的手下吃驚的表情，原來並不是須藤龍藏親自前來，隻看到一輛二足步行戰車和一大班士兵。雲豹見狀便立即逃避，隻是他的手下來不及反應已被消滅。paofu看著獨自逃走的雲豹，於是一言不發地獨自追著他。克哉看著paofu的背影道：「那個電話是須藤龍藏為了消滅雲豹而設的陷阱，他是一早知道的」，眾人現在隻好追著paofu。在廢工場這個版圖之內，會有一些輸送帶的機關，在b2的字條中寫著開啟控製室的password「19750326」，進入控製室之後才可以令輸送帶轉方向，跟著便可以到達第2工場找paofu。
第十三章~激戰日輪丸~
當舞耶她們到達了鳴海區的約港口（ヨットハ`バ`），圭的管家鬆岡已經在此等候。他告訴舞耶日輪丸正在珠閑留灣對外10公厘停泊，船的外表和一般遊輪沒有分別，可是內部s大有文章，於是眾人便乘圭的快艇到日輪丸。如果玩者是選擇圭的話，鬆岡會阻止圭參與行動，並說圭為了日後承繼南田家，決不應該幹這件事。但圭不想簡單地承繼業，因此有必要印證自己的力量。鬆岡唯有拜托舞耶她們照顧圭。就在眾人乘快艇出海之後，鬆岡像是向死去了的前管家山岡報告，自言自語說圭已經成長了。為了幫助少主日後的前途，他打電話吩咐人把南田這名字從這事件中消失。
在日輪丸之上，千鶴走進潛水艇的格納地方和神取會麵。神取向她打探「老人」他們的情況，因為快要完成開封的事情，所以「老人」顯得有點坐立不安。由於千鶴已經跟了神取一段相當長的時間，因此對於神取的能力是十分之了解。她問神取為何要被龍藏的差遣，還請他帶領所有人把「老人」趕出去。不過神取顯然對此事不太熱心，他反而對於「特異點」少年和舞耶等人才感到興趣。千鶴問他為何會有這樣的想法，他說可能自己還未曾玩夠。突然二人也聽到一聲巨響，連船身也感到震蕩。神取知到是「特異點」達哉的所為，而且相信各人也會前來，因此便和千鶴二人乘潛艇出發。當神取的潛艇準備下水的時候，日輪丸的船身發生爆炸，看著紅紅火光的神取，麵上帶著一股奇怪的表情。就在潛艇離開的時候，圭的快艇亦趕到現場。
眾人登上日輪丸的甲版之後，便和龍藏的天誅軍展開激烈的槍戰，其間不斷由船上傳來的爆炸聲音。paofu稱讚達哉弄得場麵相當壯觀，可是克哉對弟弟的激烈行動感到擔心。由於對方的天誅軍人數很多，眾人為了要比達哉快找到龍藏，paofu便提議利用另一條道前進，於是舞耶她們便由船頭的入口進入日輪丸之內。日輪丸之內的通道頗為煩複，因此筆者在地圖上加上了標記方便認路。當眾人走到2b的會議室之內，看來很像祭祠的地方。克哉看著從頭頂的光投影在地上而成的地圖，找到海底遺跡的位置在舞取所站立的附近。不過看不見龍藏的蹤影，
第一章七姊妹學園殺人事件
周防達哉自從在車站和舞耶相遇後，他被封閉了的記憶，忽然好像電影般在重現在他的腦子裏。他走到曾經被火燒過的寺廟前，為了之前的記憶而事感到煩惱，他最後決定要償還以前作過的罪。在另一邊的某所會議室中，一班人正在進行一些宗教儀式。其中一位好像首領的謎之老人站在祭壇之前開始進行所謂「言靈之儀」。在這些人當中，有些人的衣服很像警察的製服，不知是否和警察有關。「天野舞耶」是「罰」的主角，她剛完成采訪的工作後，迴到crystal雜誌社的辦公室。她在自己的桌麵上收到一張字條，上麵字著「下次便輪到你，joker」。舞耶還未有時間去想字條的內容，己經被水野總編輯叫了入房。不知水野總編輯是否針對舞耶，除了把她的請假申請取消外，還把她的拍擋雪野薰調派到其他工作，並且要她單獨負責「joker獵奇殺人事件」的采訪工作。舞耶和水野總編輯對話完後，便會自動和雪野薰對話。跟著隻要和所有職員對一次話後，再找薰對話一次，舞耶便可以乘電梯到大堂找她的好友──麗。麗知道舞耶需要工作而不能付約後十分失望。她立即陪同舞耶到七姊妹學園做采訪工作，希望能盡早完成，然後再一起去相親派對。
到了七姊妹學園後，在教員室遇上兩位調查的警察，他們懷疑一位學生和joker殺人事件有關。其中的一位警察就是周防達哉的兄長──周防克哉，牙子老師便問他有關達哉的事情，原來最近達哉沒有迴家也沒有返學。兩位警察離開教員室後，舞耶他們便和牙子老師相談，原來牙子老師曾經是薰在「聖艾露美學園」的班主任。牙子老師希望舞耶等人在采訪期間，不要太過刺激學生的情緒，免得校園產生混亂。當舞耶和麗兩人走進校園1f的中庭時，遇上這所「七姊妹學園」的反穀校長。他正在欺負被警方懷的學生吉村杏奈，由於她以前經常和問題學生周防達哉一起，校長便向她說一些難聽的說話後便離開。舞耶和麗問杏奈為什麽不反抗，可是當她知道舞耶是雜誌記者後，留下一句「殺了他」便離開中庭。因為舞耶他們有事需要問清楚反穀校長，所以便和麗一起到了校長室。當她們進入校長室時，s被恐怖情景嚇倒。她們發現反穀校長染滿鮮血的屍體倒在校長室之內，同一時間克哉也到達現場，他觀察了屍體後便判斷和joker有關。這時在門口出現了杏奈的身影，麗立即懷疑校長是她所殺，不過她說和她沒有關係便急忙逃走。克哉見狀立即出去追她，舞耶和麗也跟著出去。三人追到走廊的時候，忽然有一隻魔獸出現阻截她們，接著背後有個用紙袋蒙麵的男人走出，並來聲稱自己是joker。那男人召喚惡魔向三人攻擊，目的是要迫使舞耶發動persona，並叫她記起以前的事。克哉立即以嫌疑犯501號的名義拘捕它，可是s被joker召喚的惡魔攻擊。這時三人內心的persona忽然發動起來，並且把那惡魔消滅。joker為了要舞耶記憶起過去的事情，於是便親自攻擊她們，三人便立即暈倒。
當三人迴醒來後，發現自己身處一個奇怪的地方，眼前有位自稱菲利文的人，就是他把三人送來這個「意識和無意識之間」。菲利文向三人解釋有關persona的事情之後，說有一件事情要拜托她們。可是看來氣弱遊絲的菲利文，還未解釋清楚事件後已經消失了。三人迴複意識後已經返迴了七姊妹學園，克哉立即致電迴警署要求派人前來協助。克哉向牙子老師說明校長被殺之事後，並要求她協助把學園封鎖後，跟著三人便繼續去找joker。
三人走到3f的中間時，克哉感應到joker在4f。但由於4f的鍾樓被鎖著的關係，舞耶等人要迴到教員室取鍾樓的鎖匙。從草加老師那裏取到鎖匙的三人，走到4f進入了鍾樓之後，看到剛才的joker正在向杏奈追迫。克哉見狀便喝令joker停手，joker召喚了三隻惡魔對付舞耶她們，一隻艾普莎（エンプ`サ）和二隻亞比普（アペプ）。要留意艾普莎會使用迴複魔法，要集中力量收拾它後，再消滅二隻亞比普，隻要用舞耶的persona作迴複，其餘二人作集中攻擊便可。
舞耶她們打倒那些惡魔後，再次被joker的魔法攻擊打暈。舞耶在朦朧中聽到一些打鬥的聲音，醒來眼前出現了一個月前在車站遇上的de"ja"vu少年。那少年把七姊妹學園的校章交給舞耶，叫她拿著校章到青葉區的葛葉偵探事務所，把「拿著這個校章的話，被joker襲擊也會安全無事」的傳言散播開去。他在克哉和麗醒來之前離開，不過在離開之前，他叫舞耶把所有的事也忘記。當警察到了現場後，島津管理官便向克哉查詢有關的事情，克哉講述所有事情後，島津他們非但不相信克哉，還懷疑他的辦事能力，叫他到溫泉休息一下。克哉當然不理會他們，並且與舞耶和麗一起繼續行動。
第二章神秘的協力者
舞耶等人按照著那少年的說話，帶著校章去到青葉區的葛葉偵察探事務所，要求把那傳言散播開去。可是轟社長說沒有這樣的服務，不過記得曾經有人客問過有沒有把joker的傳言散播開去。舞耶等人把所有事情告訴轟所長後，為了正實傳言是否會變成事實，他便接受了這項服務。舞耶隻要和轟所長對話，便可以選擇散播不同內容的傳言。偵探社門口的招財貓會叫舞耶捐錢，如果不損的話它會說你小氣。偵探社的小環想起了之前問有關傳言的客人，曾經用過i去尋找joker的傳言。舞耶等人便嚐試到那客人到過的「報夏」網頁搜查，看到網頁的主人paofu（パオフゥ）留言給拉比度（ラビット），如果要joker的消息便去w.sh找那店員。舞耶等人便聽從指示去w.sh，那個店員叫她們使用紅色的那部電腦。舞耶等人想再聯絡paofu時，忽然感應到persona的反應。原來坐在她們對麵的男人便是paofu，他叫舞耶等人跟他到parabellum相談。
paofu是位盜聽獵人，他把傳言收集迴來後放在自己經營的網頁上。舞耶把之前發生過的事告訴paofu之後，克哉便要求paofu也講出真相。joker的傳言之所以會在整個珠閑留市散播著，主要是因為那傳言在某電視台公布後才會這樣，而且joker好像和現任的外相「須藤龍藏」有關，因此paofu便對joker產生興趣。克哉對他的盜聽行為感到反感，但paofus說須藤並不是好人。好像須藤的兒子原是十年前，一宗連續放火事件的疑兇，在須藤龍藏的包庇下，事件至今仍未能得到解決。paofu說如果留在舞耶的身邊，相信會遇上向她攻擊的joker。但是麗和克哉仍未相信傳言會成為事實，於是paofu做了一個實驗，他致電到轟社長那裏，叫他把「parabellu
m會有武器出售」的傳言散播出去。不久，parabellum的master便拿了些武器出來，這樣parabellum也成為了武器屋。雖然克哉叫舞耶考慮自身的安危才決定，但paofus以可能會再遇de"ja"vu而說服她。最後舞耶親自燒掉了七姊妹的校章，來表示自己的決定，令到joker可以再次接近她。paofu知道了須藤龍藏的兒子──龍也在蝸牛山的森本病院裏，不過在前往蝸牛山之前，他先要帶舞耶等人去velvetroom（ベルべッとル`ム），她們可以在那裏召喚不同的persona幫忙，但是必須要有足夠數量的塔羅牌（タロットカ`ド）和level，和伊高魯(イゴ`ル)對話便可以進行召喚。召喚出來的persona會變成personacard（ペルソナカ`ド），舞耶等人要降魔（裝備）後才可以在戰鬥中使用persona。另外在任何時候也可以轉換personacard，不過最多可以擁有24張不同的personacard。如果想把低level的personacard換走的話，可以來到velvetroom歸還不想要的persona。
舞耶等人離開velvetroom後，除了可以在不同的商店購買裝備和道具外，還可以在食店吃東西（可增加能力值或迴複），還有不要忘記聽取不同的傳言。四人做好準備後便前往蝸牛山的森本病院，可是在通道前被一名警員阻止，說前麵因為有意外而不能進入，眾人感到十分奇怪。克哉知道除了這條通道可以前往森林病院外，還可以穿過蝸牛山直達森林病院。由於蝸牛山在夜晚光線不足，再加上樹林會阻礙視線，因此會很容易迷路，一定要清楚自己在地圖的正確位置。另外，因為樹林中充滿了會使人產生「猛毒」、「睡眠」和「憑依」（附體）狀況的惡魔，所以舞耶等人在進入蝸牛山之前，要有充足的道具用作迴複，否則很弱的惡魔也贏不了。要留意在樹林中會有一處供奉的地方，在旁邊的木板記載著周防辰之進和黑田純之介的事跡，不知道和故事有什麽關係。
第三章森本病院的惡魔
四人通過了蝸牛山的樹林到達森本病院的門口，進去後眾人被一幕恐怖的場麵嚇壞。有兩個滿身鮮血的屍體躺在地上，是兩個台灣mafia的人，mafia是美國最大黑幫組織。克哉認為事件可能和外國人有關，不過首先要找到這裏的須藤龍也。進入了森本病院之後，會發現這裏也有velvetroom和迴複之泉，因此這裏便是舞耶等人收集塔羅牌和儲經驗值的好地方，收集了足夠的塔羅牌便可以召喚更強的persona幫手。在這版圖出現的惡魔中以莫.索保（モ`.ショボ`）和岡卡度利斯（コカトリス）一定要留意，前者會使用自爆的魔法，之後還會憑依在其中一人的身上。後者如果是複數出現的話，它的全體攻擊魔法能把舞耶她們全滅，因此先發製人的戰術和擅用合體魔法是取勝的關鍵。
當克哉來到3f的303號病房時，看到須藤龍也的名字，於是舞耶等人便進入病房找他，可是發現房間空無一人。房間的地版和牆壁寫滿了很多的東西，克哉發現牆上貼了所有在joker殺人事件中受害者的相片。另外還有一首「瑪爾亞（マイア）的宣言」之詩，不過眾人也是不明白詩中的含意。就在這個時候，舞耶的心口突然感到很痛苦而跪在地上，麗便急忙上前慰問她。原來舞耶自從在車站前遇上de"ja"vu少年之後，她不時心髒也很痛苦和不適。待她迴複過來後，眾人便繼續找尋須藤龍也的蹤影。經過3f右邊走廊的盡頭時，克哉們感覺到joker的反應，四人便上去4f查看。在進入院長室之前，舞耶等人必須提升了若幹的level，同時也要召喚一些更高level的persona使用。最好是一些對火魔法有較強耐性的persona，還有可以使用全體迴複hp魔法的persona也很重要。舞耶等人進入院長室之後，看到所有職員的死狀，和門口那些台灣人一樣，屍體也是全身染滿鮮血。這時看到一個滿頭白發的男人，他手上有把染滿鮮血的劍，身旁還有一隻魔獸守候著。這個男人就是須藤龍也，克哉看見房間的狀況便判定是他的所為，並且聲稱要拘捕他。龍也不理會克哉的說話，隻是問舞耶有沒有記起以前的事，叫她把那些記憶迴複過來。paofu問他為何在十年前會有能力幹出那些連續放火事件出來，龍也迴答是言靈給他的力量，是「那家夥」用電波教他的。這時龍也發現外麵有「那家夥」的同黨，paofu便到窗邊查看，他發現病院的大門口有一架車和三個人。其中他們的首領麵上有一條很長的傷疤。paofu看見那人後便麵色一沉，而且一聲不響便走出院長室，麗和克哉不斷叫他也沒有理會。
龍也叫舞耶等人如果想知道真相的話，便去港南區的「空之科學館」找他，但是要平安離開這裏才可以，說罷便使用魔法離開森本病院。那隻一直躺在須藤龍也身旁的魔獸終於起來，並且向三人發動攻擊。這隻boss魔獸名叫希露哈度（ヘルハウンド），它除了會使用火炎係全體攻擊的魔法外，它的物理攻擊同樣利害。由於paofu走了出去院長室，因些這場戰鬥隻有舞耶、麗和克哉三人。如果舞耶在進入院長室之前，曾經召喚了一些對火炎屬性的耐力較強的persona的話，眾人便要降魔那些persona。要用一個人負責使用迴複hp，另外兩人合力使用合體魔法對付魔獸，但不要使用火炎係的魔法攻擊。如果舞耶等人還是使用初期的persona，戰況便會很危險。
克哉三人把那魔獸打倒之後，便立即走到病院外找paofu。在病院大門看不見之前那三個神秘人的蹤影，隻見到paofu站在那裏。由於paofu的離隊，令到三人陷入苦戰之中，因此克哉和麗也同時向paofu質問。不過paofu並沒有講出在停車場發生的事，看來paofu的身份並不是那麽簡單。這時克哉說要盡快趕去空之科學館，因為他不能就這樣放過須藤龍也那家夥。於是眾人把裝備和道具整理好後，便趕往空之科學館去。
第四章空之科學館的火災
按照須藤龍也的說話，舞耶等人來到了港南區東南麵的空之科學館。這所空之科學館的展品全部也和航空有關，一些古舊的飛機也在會場內展覽。不過最特別的是擺放在空之科學館天台的飛船，隻供展覽而不能飛行。當舞耶她們進入館內時，看到一群正在參觀的小學生，館內除了小學生之外，還有一位高中生。那位高中生看見舞耶後，他走上前問舞耶是否曾經見過麵，原來當日遇上de"ja"vu少年時，這位叫淳的高中生也在場。正當他們說話的時候，展覽廳的牆邊突然起火，而且火勢蔓延的速度很快，同時舞耶等人聽到一把可怕的聲音，聲音的主人便是須藤龍也。他再次叫舞耶趕快記起以前的事，成為他們的自己人。這時克哉等人便吩咐淳把小學生帶到天台較為安全的地方，他們四人要周圍搜索有沒有其他小孩。
由這時候開始，舞耶他們要在30分鍾內，把空之科學館內所有的小孩救出，並且要成功逃到天台之上。除了f1之外，舞耶她們必須把每層的小學生救出後，才可以繼續前進。如果未曾把在2f的小學生救出，四人經過大堂高座的通道時，也會捷返原地，直至救出小學生，才可以通過那裏。另外在3f和4f之間，淳會在通往上層的樓梯口擋著，並且告訴舞耶還有多少群的小學生未被救出。在3f往上層的樓梯前，會有迴複之泉可供舞耶等人使用。當她們到達4f時，會再次聽到須藤龍也的聲音，之後4f便會充滿惡魔。舞耶等人遇上惡魔的時候，無論會進行對話或戰鬥，限定的時間仍然會繼續減少。因此無謂的戰
鬥可免則免，可以利用逃走去避免戰鬥和交談。如果時間充足的話，便可以取走所有寶物，相反便不要勉強。因為在這版中是不能儲存進度的，如果死掉或不夠時間的話，便要重新再開始過。
幾經辛苦終於到達天台，這時再次看到七姊妹學園出現過的de"ja"vu少年，他正在和須藤龍也對峙著。須藤用劍脅持著淳，還叫他快些記起以前的事。他把一支康乃馨交給淳，告訴他原本才是和joker互相對應的。de"ja"vu少年要求須藤放開淳，還說他已經和這件事沒有關係。這時舞耶等人來到，舞耶稱唿那少年為de"javu，克哉才知道舞耶一直找尋的de"java少年，便是自己的弟弟達哉。須藤龍也看到舞耶也出現，決定要把以前的一幕重現在舞耶麵前。他把眾人的踏足地破壞，達哉便差點掉了下去，幸好舞耶把它捉實。舞耶沒有因為這一幕重現而迴複記憶，令到須藤大怒起來，於是便放開脅持著的淳，走到舞耶麵前舉劍殺她。就在千鈞一發的情況下，淳情急地把龍也推下洞內，救了舞耶一命，但因此他表現得很激動。被救迴的達哉上前安慰淳，不過因為達哉知道自己的名字而感到奇怪，這時paofu提醒眾人要想辦法離開火場。
達哉叫眾人跟他進入展覽用的飛船之內，他要利用傳言令到飛船可以使用。結果飛船真的起飛來，它離開了火災的空之科學館，向著海的方向飛去。眾人脫險後問達哉，為什麽會懂得駕駛飛船，它解釋已經看過一次，說著達哉便把控作的重任交給淳。突然間整個駕駛倉發生很大的震蕩，達哉便跑出去看看情況，眾人也跟著他前去。在駕駛倉外，被淳推下樓的須藤龍也仍未死去，隻是右邊麵嚴重受傷，弄至血流披麵。他在極度痛苦和憤怒之下，召喚了兩隻積斯（シャックス）和兩隻美羅達勞斯（ミノタウロス）出來一起攻擊舞耶等人。對付它們最好的次序是積斯、美羅達勞斯，最後才是須藤龍也。積斯會以魔法攻擊眾人，而且水係攻擊無效，不過對飛具，火炎和地變係攻擊較弱。美羅達勞斯會以物理攻擊眾人，用物理攻擊它隻會扣很少hp，要集中用魔法對付。把四隻惡魔打倒之後，便要對付須藤龍也。他會吸收火炎係的攻擊，因此不能向他發動火炎係魔法。如果達哉的persona阿波羅（アポロ），可以在戰鬥rankup的話，便可以使用另一招強大的物理攻擊。另外的四人之中，起碼要有一至兩個人負責迴複的工作，其餘的人便以合體魔法攻擊須藤龍也。要留意joker有一招會借用其中一個同伴發動攻擊，之後那同伴的戰鬥行動會變成「攻擊」，玩者有需要重新設定他們的行動。打倒須藤龍也之後，他說joker不會這樣便消失，隻要有合適的人便會附在他的身上重生。
消滅了須藤龍也之後，淳便急忙從駕駛倉跑出來，說飛船因為剛才的爆炸而漸漸向下沉。達哉一言不發走到機倉的門口，發動persona把倉門打開。克哉正想上問他打算怎樣時，便被他一腳踢了下去，跟著迴頭叫眾人跳機逃生。當輪到淳的時候，淳把他的打火機送了給達哉，達哉感謝之餘，也因沒有東西送給他而道歉，說擺便把淳推了下去。到最後輪到舞耶，達哉再次向她叮囑，把以前的事情忘記，做迴一個普通的女孩。當把眾人也推到海裏之後，但達哉還未能及時逃離飛船，飛船便撞向海麵，衝擊的力量連碼頭停泊的遊艇也感覺得到，整架飛船更一分為二並且燃燒起來。
舞耶等人平安迴到岸邊，克哉四處找達哉的蹤影，paofu說他可能被衝到其他海岸。麗以為joker已經死了，她可以做迴一個普通的女性，但paofu卻告訴她joker的事情仍未解決，仍未知道須藤龍藏的真正目的。克哉同意paofu的說話，於是便致電迴警署報告。這時paofu笑它仍未了解事情的複雜，即使通知了上級仍是沒有任何用處，如果不信的話便迴去警署看看。克哉聽了paofu的說話後，雖然明白他的意思，但仍警告paofu如果阻礙警察的話，在捉到須藤龍藏之前，會先把他捉到監牢裏，說完便獨自迴去警署。麗見狀也決定了不再插手這件事情迴去，還勸舞耶也不要再調查落去，跟著也便獨自迴去。paofu問舞耶是否停止調查事件，舞耶卻堅持繼續進行。paofu便叫舞耶迴自己的公司先，他稍後會去和她會合。
第五章被joker附身
舞耶獨自返迴出版社後，接代處的職員告訴她水野總編輯找她，而且語氣很不友善，舞耶便第一時間找她。進入總編輯房間時，看到水野和稱為雲羅千鶴（ワンロン千鶴）的美人占卜師相談，水野總編輯便質問為何不能聯絡舞耶。千鶴看到舞耶的麵相，便主動要求和她占卜。千鶴說她覺得自己不是自己，最近為了比自己年輕的男子煩惱，還說了一些前世今生的奇怪說話後便離開，水野總編輯叫舞耶盡快把采訪的報告書交給她。在辦公室內的同事圍著電視，觀看節目中雲羅千鶴為joker的事件作出占卜。她指出joker稱為「女媧」，利用人心的罪和嫉妒等邪氣支配的人，隻要曾經利用「女媧」咀咒別人的人，便有機會成為joker。在同一時間，正在盜聽須藤龍藏電話的paofu，聽到他和不知名的人說話，內容是要求須藤龍藏幫他，把那阻礙他們計劃的神秘少年消滅。
鏡頭迴到港南警署的署長室，島津管理官接聽完神秘的電話之後，克哉便拍敲門進入。他把經過的事情說了出來，可是島津否定克哉的說話，還說森本病院因為發生氣體爆炸引起火災，所以病院內的所有人也被燒死，另外飛船意外事件也正在調查中。富田署長命令克哉不要防礙調查，他終於感到事情的複雜，於是便離開了署長的房間。這時在署長房間的客人，帶著輕視島津他們的語氣，讚揚克哉的骨氣。這位客人原來是在森本病院前，麵上帶有疤痕的神秘人。島津他們利用手提電話的紀錄，找出曾經召喚過joker的名單交給那個神秘人，叫他一個也不能放過，神秘人在名單中看到芹□的名字。
麗迴到gold健身中心，繼續進行拳擊練習，她心中不斷說和joker沒有關係。這時有數位學員在談論千鶴在節目中，關於joker定義的解釋。鏡頭迴到舞耶的辦公室，電視報導了森本病院火災的消息，舞耶覺得十分驚訝，於是便出去找克哉他們。當舞耶乘電梯落到大堂時，paofu已經在那裏等她。舞耶把偽做新聞告訴paofu，他推斷因為須藤龍藏要消滅所有證據，所以才要偽做新聞。二人決定首先和克哉會合，於是便去了港南警署。克哉把警方的狀況告訴舞耶他們，舞耶也感到很意外。克哉因為受害者不斷增加而感到難過，這時舞耶的手提電話響起，麗叫舞耶在她變化前盡快逃走。克哉和paofu應為她已經中了joker的咀咒。這時舞耶忽然記起了一幕，原來麗以前被一名叫牧村洋一的人騙婚，那人騙走她所有金錢後離開她，她可能會利用joker向他報仇。舞耶把那記憶告訴克哉他們，克哉要在麗仍未犯罪前阻止她，於是三人決定把那個騙子找出來。paofu叫她們先去平田區的「赤提田」，取得尋人的傳言。
舞耶等人去到平田區的龜屋橫巷（カメヤ橫丁），在那裏找到赤提田，從老版娘說話得知，那騙子最近經常在青葉區的parabellum出現，於是眾人便去那裏找那騙子。當她們到了parabellum後，看到那騙子正在欺騙一名年青女子，還說謊自己是研究院的副院長，用甜言蜜語借那女子300萬。看不過眼的克哉，便走上前表露刑警的身份，問他是否曾經欺騙田田麗。那人當然不會承認，克哉和paofu便做戲嚇他，說麗會利用joker殺死真正的騙婚者，那騙子因為怕死的關係而承認，結果拆穿了他欺騙女子的計劃。之
後舞耶他們便帶著他去夢崎區的gold找麗。當眾人進入gold的大堂時，發現有很多職員在聚在一起，好像發生了什麽大事。有位女職員告訴舞耶，有位女學員突然變得很奇怪，把拳擊室內的人趕了出去，並且鎖了自己在室內。原本是有配備鎖匙的，不過持有那鎖匙的職員不知去了那裏。克哉向那職員表示和麗是認識的，叫她把麗交給他們處理。在gold出現的惡魔中，有level很高的惡魔出現。在前章須藤龍也召喚的積斯和美羅達勞斯也會出現，但最利害是22level的化斯度（ファウスト）。如果舞耶他們和persona的level不夠高的話，盡量避免和它戰鬥。
舞耶到了3f的女性staffroom，會遇上一個變態男職員。他躲藏在locker的後麵，真不知道他想做什麽。舞耶答應不會把那男職員告發，不過條例是要他交出拳擊室的鎖匙。舞耶取得鎖匙後便趕去拳擊室救麗，眾人看到麗伏在地上，克哉便說已經把欺騙她的人帶來，並且將會用法律懲戒他，勸她不要做傻事。這時麗反而問舞耶在不在，如果舞耶迴答「我在，麗！」（私はここよ，うらら！）的話，當走近麗身邊時，麗便會攻擊她，並且露出joker麗的麵孔。眾人見狀也感到驚訝，麗的身軀已經被joker附身。這時成長了的jokerpersona發動，眾人唯有和它一戰。要留意joker麗會使用風係的魔法攻擊，而且和須藤龍也一樣，會使用附身的魔法。最少用一個人負責全體迴複的工作，其餘兩人以合體魔法攻擊，最好降魔一些風魔法無效的persona。
打倒joker麗之後，麗便迴複少許意識。於是麗便向舞耶道歉，她竟然中了舞耶敵人的咀咒，並且向舞耶作出攻擊。這時牧村在旁煸風點火，叫眾人殺了這女鬼。克哉聽後走到他的麵前，用手緊握他的喉嚨，不過他仍在狡辯，舞耶便叫克哉放手。paofu見狀便說出他的想法，隻要麗一死，警察便沒有證人指證他。這時連冷靜的paofu也上前打了他一記，不過麗要求克哉他們放過他，牧村便夾著尾巴逃走。這時麗終於不支暈倒，克哉便叫舞耶送她去醫院，不過paofu解釋她是因為persona的關係而暈倒，所以送她去醫院也不會有幫助，要送她去velvetroom把jokerpersona歸還才會複原。在velvetroom清醒過來的麗，再次向舞耶道歉，還問她會否原諒自己。舞耶答應原諒她後，手提電話便響起來，原來是吉村杏奈致電來，通知舞耶她的朋友法子（ノリコ）變成joker的消息，希望舞耶可以盡快趕來夢崎區的zodisc（ゾディアック）拯救法子，她會在那裏等舞耶。
第六章台灣的mafia
舞耶等人去了夢崎區的zodisc（ゾディアック），進入了內部的disco便找到杏奈。杏奈以前和達哉經常也會來這裏，克哉問杏奈在達哉失蹤之前，有沒有說過一些特別的話。杏奈記起他在失蹤之前，說過什麽要贖罪的說話。paofu問這裏誰是老板，杏奈說好像最近有一些台灣來的mafia接管了這裏，一些誘拐集團的人經常在這裏出入，有些人還說著中國語言。麗請杏奈放心把法子和達哉交給她們，她們會拯救達哉和法子的。他們通過disco進入建築物的內部，這裏除了會出現前章的惡魔之外，還會有一些mafia的人出現。和他們對話並不能契約或取得塔羅牌，因此可以藉此機會儲經驗值提升舞耶和persona的level。不過要留意他們的物理攻擊非常強，最好使用一些物理攻擊無效的persona，這樣便可以輕鬆地儲經驗值。到了3f右手邊的秘密賭場門外時，會有人問舞耶暗語才可進入，她們隻好再去探取正確的暗語。舞耶等人走到3f的另一邊的房間，進入後paofu會叫眾人在門口等他，他和mafia的人用中文對話、「你坦白吧…我生氣了」、「幹什麽！？不行！」等，之後便發出槍聲。克哉他們立即進去看看，隻見兩個mafia的人躺了在地上。paofu並沒有殺死他們，他們告訴paofu真正的暗語是「panther」。不過paofu的行為再次令到克哉不滿，兩人便爭吵起來，麗見狀便勸二人盡快趕去秘密賭場救法子。
舞耶他們再次去到秘密賭場門口，把暗語道出後門便被打開。進入賭場後克哉看到曾經在署長房間出現過的客人──麵上有很長疤痕的男人。paofu看見他後麵色變得凝重，一聲不響便走向那男人的位置。但被那男人身邊的手下上前阻止，並且用中文問paofu是誰，那男人也用中文叫他的手下讓paofu等人過去。克哉問paofu那男人是誰，這人的名字是雲豹，是個卑鄙的殺手。克哉驚訝為什麽署長會和這殺手有關係。但雲豹卻叫克哉拘捕paofu，說paofu在台灣殺了他25個人，他才殺了一個日本人，這樣對他並不公平。paofu並沒有理會他的狡辯，直接了當問他須藤龍藏的企圖。雲豹繼續在狡辯，他說自己是協助警察和新日本政府的人，是joker獵人，同時也是台日的親善大使。克哉也發怒地問法子到底在那裏，雲豹便叫人把法子帶出來。當舞耶和麗上前察看法子時，雲豹便叫法子攻擊眾人。神情呆滯的法子突然發動jokerpersona，而且今次比上次又再進化成長了。要打倒joker法子，首先一定要消滅兩個流氓（リュウマン）。千萬不能少看這兩個流氓的攻擊力，雖然他們不懂使用魔法，可是槍擊的物理攻擊很強。另外這次joker的攻擊屬性是水和冰結，還有專用的附身魔法。要對付它們，最好準備好兩種persona，第一種是物理防禦力強的persona，在消滅兩個流氓前使用。第二種是水係和冰結係防禦力強的persona，當joker在後段時會不斷放出水和冰結係的魔法，隻要到時換了這些persona後便不用害怕它的魔法攻擊。把joker打倒之後，發現雲豹等人已經逃離現場。克哉第一時間問paofu所講是否屬實，paofu沒有否認但也不承認，克哉他們覺得paofu的身份越來越神秘。這時麗叫兩人暫停爭吵，趕快把法子送去valvetroom救治。在valvetroom迴複過來的法子，杏奈問克哉是否要把法子拘捕。克哉以現時證據不成立為理由，不打算把法子拘捕，不過要杏奈負責的監管她，杏奈連忙向克哉道謝。克哉覺得要把真正的主謀捉到才是最重要，政府、警察和外國的mafia組織，一切的謎仍未解決前，他絕對不會放棄的。正當麗覺得克哉十分溫柔和堅強的時候，克哉的手提電話響起。有一把男人聲音找克哉，叫他如果想要有關joker消息的話，便在約定的時間去到青葉區的青葉公園找他。克哉問他到底是誰是，他稱自己為sneak（スニ`ク），還問克哉記不記得他。克哉收線後便問眾人的意見，不過在沒有線索的情況下，各人也認為要去試一試，於是眾人便起程到青葉公園去。
substage春日山高校
在平田區的春日山高校，有「渣滓學校」（カス校）的別稱。玩者到了這可以自由進入這所學校之內，不過這裏並沒有特別的event發生，隻是在天台和b1才會有學生出現。玩者可以在這裏儲金錢和經驗值等，但要留意由b1到4f的地方，出現惡魔的level很低，對話成功後所給的塔羅牌數量很少，打倒它們得到的金錢與level也不多。如果玩者要遇到更高更強的惡魔，玩者可以到b1特別入口的防空洞。內裏有很大的版畫和level較強的惡魔，但在防空洞內是沒有自動繪畫地圖係統，因此玩者要小心迷路。
第七章新世塾
克哉收到神秘電話之後，便和舞耶等
人去了青葉公園的休憩所。約定時間到了後，一位身穿大褸的男子走進休憩所，坐在達哉背後的長凳之上。他對克哉他們說，由於現在沒有時間，因此不能以真麵目見他們。正如舞耶她們所知，警方和mafia也是由須藤龍藏背後的神秘組織所控製。但除此之外，還有傳媒和很多舉足輕重的企業等，也和這個稱為「新世塾」的神秘組織有關。克哉問他新世塾和須藤到底有何企圖，可是sneak不知從何說起。克哉要返迴警署找署長和島津，s被sneak阻止。還說如果他們衝動的話，隻會步克哉父親的後塵。克哉驚訝他為何會知道他父親的事時，sneak解釋新世塾現在仍輕視他們，他們要掌握須藤的犯罪證據才可以行動。另外除了克哉他們調查須藤之外，還有人在調查新世塾。sneak叫克哉盡快和他們合作，他把對方的兩張相片留下便匆匆離開。paofu看過兩張盜攝的相片後，便懷疑snaek的可信程度。不過克哉的直覺告訴他，這人好像在償還自己的罪行。由於隻有兩張相片，舞耶等人不知什樣聯絡對方，於是麗便提議到青葉區的葛葉偵探事務所，利用傳言把他們找出來。
眾人到了葛葉偵探事務所，由於他們不知到怎樣散播傳言，才可以把那一男一女找出來。麗這時提議把「掌握事件情報的男或女，會在parabellum酒吧出現」的傳言散布出去，因為他們看過相片，所以便可以認出他們。paofu說這樣會把很多傳媒引來，可是在沒有辦法之下，舞耶他們唯有一試，但paofus有不祥的預感。遊戲這裏出現了很大的分支，在選擇把麗提議的傳言散播開去時，需要選擇男或女的。如果玩者選擇了男的話，南田圭便會成為同伴，如果玩者選擇女的話，桐島英理子便會成為同伴。兩個分支的版圖和故事也有少許分別，玩者要好好考慮後才選擇用誰。
第八章新的協力者
舞耶拜托了轟社長把傳言散播出去之後，一行人便趕去目的地parabellum，等待那位目標人物出現。由於這傳言會引來很多傳媒的關係，因此舞耶等人便會兵分兩路，麗和paofu在酒吧內阻礙傳媒，舞耶和克哉會在酒吧對麵的行人路等他（她）出現。parabellum內果然有很多傳媒的出現，當中還包括舞耶的上司水野總編輯。paofu似乎不滿要他負責的工作，說應該由克哉扮演那目標男女。麗一邊喝酒一邊和paofu說一些內心的話題，可是paofu奇怪她為何和他說這些話。舞耶和克哉在行人路吹著寒風，克哉問她覺不覺冷。克哉始終懷疑今次的計劃會否成功，目標人物會否出現？來了又如何應付等不安的問題圍繞著他。舞耶叫他不要多想，以她的口頭禪「let"spositivethinking」安慰他，克哉以麵紅作出反應令舞耶捂嘴而笑，尷尬的克哉問她有什麽可笑。由於克哉覺得自己經常也背負很多重擔，因此便想多了。舞耶覺得隻要是自己選擇的決定，便不會覺得是一種負擔，克哉稱讚她很堅強。
就在兩人對話的時候，目標人物已經出現在parabellum門口。舞耶二人立即走到他（她）麵前，並且告訴他（她）有關的事情。這時parabellum內的水野總編輯，看到在門外舞耶的行動，便推斷那人便是目標人物。paofu看見事情敗露了，便和麗一起做戲吸引傳媒的注意。麗不知是否喝醉了，還是在意paofu所說的台詞，竟然真的毆打paofu，把他迫到酒吧門前。因為paofu阻礙了水野總編輯出外找目標人物，所以水野總編輯便與麗一起毆打paofu，難道這便是paofu的不詳預感。
鏡頭轉到了裝修華麗的地方，這裏正是鳴海區高級酒店pleiadeshouse的房間。在場除了舞耶和克哉之外，sneak留下相片中的二人同時也在房間出現。一位像是管家的人吩咐下人開門給麗和paofu，克哉便叫他們兩人坐下，但是二人看來仍為酒吧的事情生氣。經過克哉的介紹後，知道相片中的男子叫南田圭，是大企業南田集團的太子。女的叫做桐島英理子，她是現任的大學生，同時亦是模特兒界的新寵兒，很多人稱她為ellie。他們是聖艾露美學園的同學，而且兩人也懂得使用persona。克哉問圭為何要調查新世塾，圭反問他們有沒有聽過「神田久鷹」的人，paofu說隻知道他是須藤龍藏的秘書。圭懷疑這人的真正身份是「神取鷹久」(《女神異聞錄》中的大奸角)。克哉問是否引發禦影町事件的sebeku（セベク）公司的支社長，他應該在那次事件中失蹤了。圭補充說神取在三年前企圖毀滅世界，應該早已被他們打倒。paofu好奇地問二人，是否為了神取的影子而調查新世塾？圭當然很在意神取的生或死，不過英理子s隻是為了調查流行的「望龍占卜」，偶然之下才會遇上圭。圭和英理子在聽過舞耶他們的說話後，推斷新世塾現在很需要joker的力量，圭調查到他們把一些曾經召喚過joker的人擄走，並且把那些人關進這酒店附近的「理學研究所」。英理子補充新世塾是利用占卜的手段，把joker的傳言廣泛地散播開去，而散播的人應該是望龍千鶴，她利用流行的望龍占卜術吸引群眾的注意。
圭在這時提議兵分兩路進行調查，他負責理學研究所的秘密，英理子負責到珠閑留tv調查望龍千鶴。這時如果玩者先前選擇了圭的話，舞耶四人便會和圭一起去調查理學研究所。相反如果選擇英理子的話，舞耶四人便會和英理子一起去珠閑留tv找望龍千鶴。決定了行動之後，一位好像圭的管家走到舞耶麵前，這位叫鬆岡的男人以不客氣的說話，表明立場不希望圭進行調查，並且說明舞耶她們的行動和南田集團無關。聽罷這人的說話後，舞耶並沒有理會他，而且還馬上展開調查行動。
第九章（南田圭篇）
joker的人體實驗離開酒店後的舞耶等人，來到理學研究所。不過由於守衛森嚴的關係，眾人無法進入研究所之內。圭建議眾人經由附近的「下水處理設施」進入，那裏除了可以通到研究所的地下停車場之外，設施中的守衛也比較薄弱。當舞耶等人進入下水處理設施之後，圭向眾人解釋這裏的保安係統。設施之內會分成a和b兩條通道，各通道由三個部份組成。因為保安的理由，所以各部份也會設計成迷宮一樣，並且每隔一定時間，便會排出大量的水來防止入侵者。因此每進入了各部份之後，必定要在10分鍾內找到出口，而且不能走迴之前的入口。由於這兩條通道的門，也是由這裏的第一和第二製禦室控製，因此需要留下兩個人在製禦操作開關。克哉問圭為何會這麽清楚這裏的保安係統，圭很慚愧地說這裏的一切資金，全部也是由他家族財團對須藤龍藏的政治獻金，但是並不知道他的用途。paofu問他這樣做對他有沒有問題，圭說隻是按自己相信的路走，paofu也不禁稱讚他。
就在眾人要決定誰留下來的時候，他們背後傳來「交給我們」的聲音。原來聲音的主人是神取鷹久的同母異父兄弟，有「身番長」（番長的中文意思是指國中和高中不良少年的老大）之稱的城戶玲司，他的身後還有好友村園麻希。他們與圭和英理子也是聖艾露美學園的同學，也同樣擁有使用persona的能力，這次是受到英理子的拜托前來協助圭。圭把電子鎖交給了二人，麻希負責第一製禦室的a門，玲司負責第二製禦室的b門。最後圭把對講機交給舞耶，要開a或b門隻要和製禦室的二人聯絡便可。由於b通道上的道具比a通道多，再加上b2的路線較短，因此筆者在這裏建議玩者選擇b通道進入理學研究所的地下停車場。另外由於進入每個部份之後便不可以迴頭，因此玩者在進入每部份之前最好save一次，這可以避免選
擇錯誤而從新開始。當進入每部份之後，便要在10分鍾內找到出口，因此無謂的戰鬥和交談也要應可免則免，盡量利用逃走來節省時間找出口和取寶物。
舞耶眾人成功通過下水處理設施，到達理學研究所的地下停車場。在他們的觀察之下，發現這裏的守衛並不算森嚴，隻有一個守衛在入口守著。克哉看到守衛帶著機關槍而感到驚訝，圭解釋這並不是他們財團雇用的人，是須藤龍藏的手下。為了不能驚動其他守衛，要不動聲息收拾他，於是麗便自告奮勇要色誘那守衛，並且坐言起行走了出去。正當眾人想阻止魯莽的她時，paofu第一時間衝了出去，利用純熟的彈指武器把那守衛打暈，跟著向麗揶揄一番。克哉叫她把色誘之計留待下次使用，原本已經生氣的她變得更怒氣衝衝。最後在舞耶的催促下，隻好跟著眾人進入理學研究所之內。
當眾人經過警備管理室的門前，聽到房內傳來一些吵鬧聲音，於是眾人便偷聽發生什麽事。房內有兩名守衛捉到一位染了頭發的高中生，如果有玩前作的玩者一定會認得這位高中生，他便是「罪」的一位同伴，是渣滓學校的「番長」三科榮吉（是筆者在「罪」中最喜歡的角色）。因為他懷疑自己的朋友杉本，被人捉到這所研究所作人體實驗，所以他便來這裏找人，結果因迷路而被人捉了。兩位守衛正想要把榮吉交給研究員時，圭和眾人便出手相助。把這兩個如嘍般的守衛收拾後，舞耶等人相信榮吉的朋友杉本，因為曾經召喚過joker，所以才會被人捉到這研究所之內。克哉叫他首先迴去，把他朋友杉本的事交給他們，不過榮吉s希望舞耶可以帶他一起調查，可是克哉等人並不讚成。這時剛剛脫離青少年階段不久的圭，很明白榮吉現在的心情，並不是說迴去便可以迴去的，因此便提議帶他一起調查。不過要榮吉答應不能防礙他們，在途中說迴去便要迴去，榮吉答應之後眾人再繼續進入研究所內部。
舞耶他們走了不久，便找到了集合人體實驗受害者的地方「獨房集合部屋」。眾人發現有位被joker魔化了的受害者，其餘的人即使還未被魔化，但精神顯得癡癡呆呆。榮吉一邊叫著杉本的名字，一邊每間房也搜索他的蹤影，可是並未發現杉本本人。這時圭便拜托榮吉，叫他把所有受害者帶到地下停車場的貨車之上。克哉問圭打算如何，圭要把這些受害者送到自己的醫院進行治療。榮吉答應了圭後，便把杉本的事拜托舞耶他們，眾人便繼續在研究所進行調查。在這間理學研究所的通道上，總共會有四種不同的閘門出現，分別是a閘、b閘、lv1閘和lv2閘。a閘和b閘隻要利用一些切換掣來控製，lv1閘和lv2閘必定要取得保安咭才可以通過。雖然看來很複雜，不過由於有多個切換掣在版圖之內，因此玩者很簡單便可以順利通過。在b1的左上方，會有一位研究人員出現，因為他已經很厭惡自己進行的人體實驗，聽到圭等人正在調查有關事情，於是給了lv1securitycard給舞耶。在2f的右下角，有一位研究員也因同樣理由而協助眾人，把lv2securitycard交給舞耶，這樣眾人便可以順利進入3f的研究室。
眾人進入了研究室之後，便調查研究所的電腦。根據電腦顯示的資料，當中包括了一些「joker和人分離的基礎研究」和「控製二足步行驅動，移植人體脊髓神經報告」等報告。不過最令圭驚訝的，是一個以神取鷹久署名的「人工開發persona的研究報告」，原來圭一直追查的神田久鷹，真正的身份是神取鷹久。paofu馬上拿出手提電腦把所有的資料copy過來，並且對眾人說隻要3分鍾便可以完成。當paofu的copy工作快要完成的時候，麗s被研究室內的某東西吸引著，並叫眾人進入研究室的內部。當眾人進入那房間後，眾人也被眼前的景象嚇一跳。在漆黑的房間內，有一部印著joker字樣的機器，並且在眾人麵前打開。神秘的機器內有很多大型的玻璃試管，內裏載著一些像是液體又像魔鬼的東西，閃著好像眼和口的光，還向著眾人張牙舞爪。就在眾人也目定口呆之際，背後傳來圭很熟識的聲音「你還在幹著間碟的行為嗎，南田君...？」。當眾人迴頭一看，房間內四麵的燈也開著後，一大班手恃機槍的士兵衝入來包圍眾人。神耶鷹久站在高層的通道之上，身邊還有兩名士兵用槍脅持著三科榮吉。圭看著應該在三年前死掉神取鷹久，問他為何仍在人世。神取告訴他因為言靈的關係，因為那班人對他很有興趣，所以便利用傳言變成事實的特質令他複活過來。神取要脅圭把盜取的資料交出，否則便把榮吉殺死。圭在無計可施之下，叫paofu交出手提電腦。paofu隻可聳聳肩表現不滿後，把手提電腦交出。可是卑鄙的神取鷹久奸笑著，還說圭仍像小孩一樣幼稚，於是準備開槍把榮吉殺死，但圭隻有在傍喊叫停手。就在這千鈞一發的時候，旁邊的門忽然打開，擋著從神取手槍上射出的子彈，一條飛快的身影迅速救走榮吉，並且瞬間把兩名士兵幹掉。這個人便是達哉，他還叫舞耶等人逃走。在這種極惡劣的情況下，眾人唯有趁這混亂機會，與在場的士兵一邊駁火一邊逃去。神取並沒有去追舞耶他們，隻是對眼前被組織稱為「特異點」的少年感到興趣。達哉叫神取告訴「那家夥」，他會守護舞耶姐和大家的，跟著便發動persona和神取一戰。
鏡頭轉到地下停車場，榮吉已經把所有受害者帶到貨車之上，舞耶和圭等人也逃了出來。榮吉見狀便叫他們上車逃走，可是眾人s等待追兵前來。前來的追兵是一隻被魔化後的怪物，雖然它的叫聲很難聽，可是仍然叫了榮吉這名字。榮吉知道這隻怪物便是他要找的朋友杉本，不過圭s對榮吉說：「原諒我，少年！」，榮吉唿叫停止之後便進入戰鬥。這一仗的魔化杉本比較之前jokerboss弱很多，除了要注意它的物理攻擊外，其餘的攻擊也不算得可怕。隻要降魔（裝備）一些物理防禦能力高的persona後，就連它身邊的兩名redberet（レッドベレ`）的物理攻擊也可防禦。眾人把魔化杉本打倒後，榮吉激動地指責圭和神取沒有分別，同樣會把人殺害。麗便叫榮吉看清楚杉本，他隻是倒下並沒有死去，圭隻是打暈了它。榮吉見狀便馬上改變態度，除了稱讚圭的為人外，還要當圭的細佬。這時麗氣憤這次行動沒有收獲，paofu便在懷裏拿出一件東西，原來他早已把手提電腦的硬碟取了出來，研究所的資料仍然在他手上。在有更多追兵來到之前，眾人駕駛那貨櫃車離開研究所。當眾人迴到pleiadeshouse酒店之時，出現了更嚇人的一幕
《罰》情節2
第九章（桐島英理子篇）
千鶴的奇門遁甲離開了pleiadeshouse酒店之後，圭和英理子兵分兩路行動，與舞耶一行人去到青葉區的「珠閑留tv」。當英理子等人進入電視台之後，正在等待英理子的是她一些舊同學。那男演員名叫上杉秀彥，統稱brown，還有前來與brown進行攝影工作的雪乃黛，他們同樣是在聖艾露美學園的同學，而舞耶的同事藤井也被派來進行攝影工作。英理子他們從brown那裏得知，望龍千鶴正在化妝間（樂屋）之內，而且有很多節目和雜誌也同時談及她的望龍占卜術，看來是新世塾有意這樣安排傳媒的。克哉正在問及千鶴是否被新世塾利用時，麗發現有隻黑貓一直在旁看著他們。brown認得它是千鶴的寵物，黑貓叫了一聲後便離開，paofu叫眾人不要理會，趕緊找千鶴要緊。筆者在此建議玩者在進入電視台之前，一定要去購備足夠的道具，因為之後有很長時間也不能走出電視台。
英理子她們在2f的樂屋1之中，看見現今的人氣偶像組合muses，主
音的莉莎（リサ）看來很煩惱的樣子，麗卻叫舞耶上前取簽名。在樂屋2之內看到著名女演員黑須純子，麗同樣嚷著要向她取簽名。當眾人進入樂屋3的時候，看到剛才在大堂出現過千鶴的黑貓。找不到千鶴的英理子等人，正要離開樂屋之際，黑貓喵了一聲，四周的環境便起了變化。除了舞耶等人之外，所有的物件和地方也變成黑白，那隻神秘的黑貓卻穿牆走出樂屋。對於擁有豐富玄學知識的英理子，一眼便看出已經中了千鶴的奇門遁甲之術。麗問英理子什麽是奇門遁甲，英理子解釋這是一種風水幻術，剛才的黑貓便是千鶴的式鬼，它把世界的影子空間反轉過來。要通過指定的八扇門才可以離開這裏，每一扇門也會貼著寫上1至8的風水數目字。當舞耶她們正在擔心之際，英理子卻表現得很興奮，還說是第一次有奇門遁甲的經驗。
眾人根據英理子的解釋，找到貼上第一道符的「第一studio」。進入之後果然見到千鶴的黑貓。黑貓顯得有點意外，英理子逞強地向它說不會怕千鶴的奇門遁甲之術，式鬼卻說她們稍後便會清楚奇門遁甲的可怕之處。通過了第一studio後，英理子她們在「第二studio」看到第二道符，可是這次s不能成功通過。英理子為了要搞清楚自己有沒有弄錯數字，於是決定去找brown相談。她們在3f的樂屋4找到brown。正在照鏡打扮的brown，從鏡中看到英理子後嚇了一跳，但經過英理子的解釋後平複下來。照brown的推斷來看，英理子等人正處於好像鏡裏的影子世界，因此所有事物的影像也會左右互相對調。英理子在符上看到的2字，其實是個5字。把事情弄清楚後，眾人便要繼續找出路，brown叫她們有問題可以再找他。
按照brown的解釋，英理子等人在4f找到貼上第二道符的「第五studio」，結果成功通過那裏，但看不到黑貓的蹤影。接著眾人在「第三studio」中找到第三道符，進入那裏後仍看不能黑貓的蹤影。正當眾人離開之際，背後傳來按快門的聲音和閃光燈的光。當英理子迴頭一看，發現一直纏著她的stalker（注一）桑田真出現了。看到這個肥胖的怪人身上的傷痕，應該曾經被人修理過，可是他又再卷土重來騷擾英理子，還帶同電鋸來向英理子示愛。麵對這種女性公敵，麗馬上上前教訓他。要留意這怪人的精神係魔法攻，對英理子最有效。另外他的物理攻擊也會有少許威脅，但在眾人的密集式攻擊下，很快便可以收拾他。
注一：意思是指瘋狂的愛慕者，會經常向目標作出跟蹤和盜攝等行為，更瘋狂的會對目標作出傷害，以表達對目標的一種所謂愛意。
收拾stalker之後便可繼續前進，由於鏡子作用的關係，這次的目的地是貼上第四道符的「第七studio」。進入錄影廠後並沒有發現黑貓的蹤影，忽然克哉大叫英理子小心，並且飛身撲向她，避過了從天而降的照射燈。眾人立即上前看看二人有否受傷，這時之前的stalker又再次出現。今次的他竟然想殺害英理子，眾人便再合力把它打倒。再次打到stalker之後，克哉便用手銬把它鎖起，使他不能再次騷擾英理子。這時開始感到害怕的英理子，得到麗的鼓勵後繼續前進。眾人進入貼著第五道符的「第二studio」時也小心翼翼，看不到黑貓和stalker之後，便向「第六studio」進發。在眾人發現不到stalker之後，英理子才放心進入。忽然stalker從布景板跳出來，把麗和英理子嚇得花容失色。英理子再不能容忍他，罵他一廂情願的好意隻會令人感到困惑。豈料stalker問她真的應為如此，雖然她堅決答是，但他繼續說英理子和他是一樣，對某人也是一廂情願。在旁看得火爆的麗再也耐不住，上前攻擊這個麻煩的stalker。這次終於把它打得頸骨折斷，paofu說他連行也成問題，不過英理子仍在意stalker說自己和他一樣的話。克哉問舞耶會否覺得奇怪，為何這stalker每次也比他們快進入studio，莫非好像那隻式鬼所說，這便是奇門遁甲可怕的地方。
經過第七道符的「第四studio」後並沒有異樣，眾人向著最後貼著第八度符的「第八studio」進發。當眾人進入了錄影廠之後，有一位載耳環的少年走出來（如果有玩過《女神異聞錄》的玩者，相信也認得這位主角），更向英理子問好。英理子問他為何在這裏出現，他是為了確認英理子有沒有守諾言，英理子當然說有並向他走過去。麗覺得這位少年有異樣，paofu便喝停英理子，並說這少年的眼神很奇怪。少年問英理子是否不信他，英理子答不是，但這少年s說她說謊，並且說這次出現在他麵前，是為了和她說兩句話，「一廂情願的好感會令人困惑」、「不要和我再有任何關係」。聽到自己喜歡的人向自己說這些話，英理子經不起這個打擊，雙腳發軟跌坐地上。這時克哉向少年的旁邊開槍，聽到喵的一聲後黑貓便出現，少年的幻影也隨即消失。paofu問克哉為何會想到，克哉應為所謂咒術和幻術的手法也是很古老，之前的stalker和剛才的少年也是英理子心底恐懼的投影。黑貓聽到後顯得很憤怒，但黑貓利用那人的樣貌來欺騙人，英理子比它更加憤怒。黑貓變成好像老鼠的怪物向舞耶等人襲擊，玩者千萬不要向黑貓發動任何的魔法攻擊，它會全部反射迴來。隻要向它施展物理攻擊便可，如果玩者的persona沒有物理攻擊的話，用普通的攻擊指令也可以。不過要留意它的「電光火石」這招，如果物理防禦力低的話，會被扣很多hp。把黑貓收拾之後，英理子為了自己內心的軟弱，給眾人┞櫸扯道歉。麗說明白她的心情，並且以舞耶的口頭憚「let"spositivethinking」安慰她。paofu笑說麗在變為joker的時候並沒有這麽可愛，引得眾人發笑。最後克哉叫眾人趕快破掉最後的法陣。
鏡頭轉到在第一studio播影中的節目，除了節目主持和望龍千鶴之外，還有黑須純子和muses樂隊。主持請千鶴為joker的事件進行占卜，她走進像魔法陣的中間，手舞足蹈地搖著銅錢占卜。突然她感到異樣，雙腳一軟跌倒在地上，純子和工作人員上前看她有沒有事。她奇怪地說式鬼被消滅了，跟著和工作人員說隻是有點頭暈，可以繼續進行占卜。她占卜的結果是全守護龍也顯示女媧之兆，如果繼續這樣的話，便會有更多人被joker附身，因此要在被附身之前把汙穢清除。迴說舞耶她們從奇門遁甲之中逃出來後，有位電視台的ad叫她們趕快避難，在第一studio中有事發生。英理子叫那位ad冷靜些，清楚地告訴她們發生的事。原來當千鶴占卜之時，說就算沒有召喚過joker，也會被joker附身。在千鶴這言論一出，黑須純子便變成joker了。相信是新世塾為了令更多人變成joker而散播的這傳言，克哉叫舞耶等人盡快趕去。
在studio之內，joker純子向muses的莉莎襲擊，正當危急之際，達哉出現相助，並和joker純子對峙，莉莎奇怪他為何會在這裏出現。「你便是久鷹大人所說的特異點嗎，待我幫你引導這班你所關心的小輩吧」千鶴這樣說著，「退下，銀子（ギンコ）」達哉以奇怪的稱唿叫莉莎快逃。就在莉莎迷茫的時候，克哉等人已經趕到現場。千鶴吩咐黑須純子把達哉殺了之後，她便走到舞耶她們麵前。麗高唿不會再信她的占卜，千鶴迴應說因為有她這樣的人，占卜才會有存在的必要，這樣才可以收集大量的「汙穢」。千鶴更指著克哉說：「因為有你這樣的人，我才會被你們輕視和排斥。在世上沒有用的力量！和汙穢的血！你們不能容納和你們不同的人，是愚蠢
和汙穢的罪人。請看看現在的狀況，之後再承認這時好的！人如果不依靠神的啟示，便不能繼續生存下去」。麵對千鶴這些的激烈言論，克哉等人以戰鬥來迴應她。不要誤會千鶴會很難對付，其實隻要一招普通的攻擊已經可以打倒她。問題是她身邊的四個式神。四個式神的屬性也是不同，分別是火、水、風和地變。他們會反射和自己相同屬性的魔法，玩者應該集中攻擊一個式神，例如使用水魔法攻勢火屬性的式神。盡量不要使用全體的魔法，避免會反射迴到自己的身上。
打倒所有式神後，英理子拾起千鶴的假人符，很可惜已經被她逃走了。克哉正想找達哉之時，發現他已經離開。莉莎告訴克哉他帶了黑須純子去velvetroom清除附身的joker，她還叫克哉們幫助「情人」達哉，他看來相當煩惱，但莉莎本人也不知為什麽會稱唿達哉為「情人」。克哉安慰擔心的莉莎，他一定會把親弟送迴學校。paofu說這裏的事告一段落，趕快迴去pleiadeshouse酒店。當眾人迴到酒店後，看到了嚇人的一幕。
第十章無原罪的演講
當眾人迴到酒店之內，發現有數名圭的手下躺在血泊之中，麗懷疑是否神秘的sneak所為。paofu提議眾人到他的工作地方，看看之前大家調查出來的成果。眾人等待著paofu把得到的資料分析的時候，看著正在播影新聞的電視。新聞的內容提及連續殺人的事件不斷增加，而且警方無法判定是否同一犯人所為，案件屬於無差別的殺人。舞耶她們看得十分無奈之時，出外調查街上狀況的麗和英理子迴來。和英理子所講的相同，千鶴的望龍占卜已經令到街上一片混亂，眾人都盲目地相信她的言論。paofu已經把研究所的資料整理好，圭在研究所看到的巨大機器，好像是稱為「jsm」，是一部可以從被joker附身的人身上，把joker分離出體外的機器。被分離的joker會被儲存在他們稱為「kegare」的容器之內。英理子補充千鶴曾經說過要大量收集「汙穢」（日語中汙穢的讀音便是kegare），相信便是指這些，但為什麽要收集這種東西，現在還未能清楚確定。克哉還看到一些人的名單，全部也是曾經召喚過joker的人，還有110和警方無線電話紀錄等，事情真的和島津他們有關。最後paofu給眾人看一個機械人，這便是利用人的神經組織移植的「二足步行戰車」，最驚人的是國家防衛廳有份參與開發工作。克哉把現在的資料整理一下，首先女占卜師把召喚joker的人增加，然後黑幫mafia把召喚joker的人捉迴來，再交給神取把joker分離然後儲存，其中警察扮演提供情報和隱瞞真相的角色，因此島津經常也阻礙調查進行。這時paofu表示現今仍沒有證據顯示和須藤龍藏有關，如果現在把資料公布的話，隻能對那些雜碎人物有影響。這時電視台布導一個由各界名人舉辦的演講會，內容和joker事件有關，說隻要把所有人內心的汙穢清除，人們便不會被joker附身，連續殺人事件也會停止。地點在平田區的smile平田舉行，主持是有名的製作人佐佐本銀次，協力的是望龍千鶴，於是眾人立即趕去演講會。
眾人到了smile平田之後，雖然版圖很大，可是所得到寶物相當之少，舞耶等人利用升降機可以直達4f的演講會場。由於演講會已經開始了，舞耶等人不能中途參加，克哉想到可以利用會場的冷氣槽潛入。就在這時舞耶又再記起一些事情，她和達哉等人曾經在女廁的冷氣槽令警報響起。於是舞耶和麗到女廁確認沒有人，之後再叫其餘三人進入女廁。克哉首當其衝的爬進冷氣槽，眾人也跟著他爬到演講會場。到達了會場的通風口，舞耶她們看到有很多人參加這個演講會，但隻看到主持佐佐木銀次，並沒有看到千鶴的蹤影。銀次的背後有一座很大的機器，和圭在理學研究所看到的一樣，同樣有兩大支試管接駁著，但多了金龍作裝飾之用。佐佐木向在場的人講解，背後的是千鶴為了消洗眾人內心的罪而安排的機器「聖龍伏羲」，隻要觸摸龍頭像，人內心的罪和汙穢的東西也會被清洗，重生變成一個無原罪的人。坐在前排的其中一位觀眾走出來，並且走到聖龍伏羲的麵前觸摸龍頭，機器接駁的容器便產生和研究所時一樣的反應。可是那個人卻因為身上的罪被清洗而感到很舒服，並且叫全場的人也一起成為無原罪的人。在一唿百應的情況下，全場一起叫著let"spositivethinking。麗和舞耶也感到十分驚訝，麗問這不是舞耶的口頭禪嗎？
返迴女廁的眾人，看到剛才的情況後，便想辦法阻止佐佐木收集joker。但如果正麵進去的話，有可能會傷害無辜的群眾，克哉忽然想到利用會場的火災警報器，去把群眾疏散。他和paofu首先去到會場外麵，舞耶三人利用香煙的煙，令到警報器誤鳴。舞耶三人完成任務後，便趕往演講會場和克哉二人會合。舞耶進入會場後，所有人群已經離開，隻有佐佐木仍在和克哉等人爭論。在沒有結果的口角下，克哉向舞耶示意，舞耶便用手槍把兩個巨型容器打破，內裏的奇怪液體便流在地上。佐佐木見狀大聲驚叫，還說這樣會有可怕的事情發生。他說得一點也沒有錯，地上那些奇怪液體忽然全部一起湧入佐佐木銀次的體內，經不起這種衝擊的銀次暈倒在地上。克哉等人見狀上前查看，突然他站起來並且發動了jokerpersona。眾人見狀便明白到底joker是什麽迴事，原來新世塾利用人的罪，把它實體化之後成為人工persona，罪的數量越大，joker便會越強大。麵對這個joker銀次，眾人也不能避免和它一戰。
迴複(7):joker銀次會召喚四隻歌斯（ショゴス）幫忙，玩者並不雖要理會它們，尊心對付joker銀次便可。因為它們會隨時發動自爆攻擊，如果不能一擊消滅它的話，隻會浪費玩者心機。就算把它們消滅了，joker銀次也會替它們複活，所以要集中攻擊力在joker銀次的身上。由於joker銀次的魔法攻擊很強，因此最好降魔一些魔法防禦力高的persona，減輕受傷程度和迴複次數。最少要利用兩個人作迴複的工作，其餘三人多些使用合體魔法攻擊。
第十一章~sneak的真麵目~
舞耶她們把joker銀次打倒之後，眾人意識到事情的嚴重性。為了要減少同樣的事情繼續發生落去，於是決定把新世塾的資料向傳媒公開。他們把資料交給了圭的手下鬆岡，叫他交給可信的傳媒廣泛報導。這時克哉的手提電話響起，原來是sneak致電來。克哉立即問酒店的命案是否和他有關，因為sneak知道無論說什麽也不能令他們相信自己，所以再次約克哉到青葉公園的野外音樂堂會麵，他將會以真麵目見克哉，並且有很重要的事要告訴他們。sneak掛斷線後克哉便告訴眾人，paofu覺得這可能是個陷阱，麗也勸他不要前去。可是克哉覺得有需要去赴約，弄清楚酒店命案的真相。paofu指他是為了自己父親的事情才去赴約，因此沒有陪他前去意思。克哉聽罷也沒有辦法，隻好單人匹馬前去見sneak。在克哉走了之後，麗便指責paofu的說話無情，她要paofu一起去追克哉，在沒有麗辦法之下paofu隻好前追克哉。
舞取四人通過青葉公園北的入口，進入了野外音樂會堂後，paofu帶領著眾人走進了後台。克哉比他們更快到達，他手持著槍並且小心翼翼地走到舞台之上。當他看到台下站著的人時，覺得十分之意外，原來sneak的廬山真麵目是他的上司富田署長。署長表明並不知道組織所幹的酒店命案，因為組織早已對他不信任，他隻是為了贖罪而要告訴克哉重要的事
。克哉把槍收起後走到署長旁邊，聽他說有關新世塾的話。新世塾的最高權力核心，是一個叫「禦前」的即身佛（類似木乃伊的乾屍），他是戰國時代的名人「澄丸清忠」，統治這塊地方的人。它在20年前建造本丸公園時被發現，一切也從那時開始。當時和建造公園有關的人員，現在全是組織的幹部。由於清忠的咒術「言靈」的關係，令到當時寂寂無名的人，現在已經成為一些高官權貴。他雖然見過那木乃衣，但幹部的人說可以聽到它的聲音，因此他們便崇拜那木乃伊。聽他們的言論，要把珠閑留市之外的世界毀滅，然後再創造一個新的理想世界。那是一個無原罪，利用單一價值觀來統治的世界，實現統一民族的理想。現在所流行的望龍術，其實是遠古的咒術。可以喚醒巨大的龍，亦即是地下巨大的能量「地脈」。自古以來如果懂得運用地脈，可以令人類繁榮起來。但是龍很討厭汙穢（罪），如果把汙穢收集後再大量放出的話，龍便會瘋狂地屠殺汙穢。到時便會引起全世界天地異變，兩極移位，地軸轉移，導玫世界毀滅。到時新世塾的人便會乘坐由傳言變成事實的古代太空船torihune，在不受威脅的高處觀看。現在言靈已經把torihune現實化，誰也不能阻止的。現在唯一可以做到的，便是打倒須藤和禦前。
克哉並不能相信這事實，就在這時島津突然出現，還指責署長第二次作出背叛的行為。島津告訴克哉，署長便是10年前把他父親出賣的人。當年由於克哉的父親是個優秀的警察，他追查須藤龍藏的罪行時，把須藤迫上未路，可是這時卻被署長和犯人的父親聯手陷害。由於克哉的父親為保家人和朋友的安全，於是便承認所有罪行。署長也直認他的過錯，當他知道克哉進入警察學校之時，便意識到他要為父親洗脫冤情。署長向島津聲稱已經把組織的情報交給可以信賴的人公開，須藤的罪狀將會被公開，但島津說他這樣做是全無意義，因為組織已經掌握一切。當署長要拔槍的時候，他已經被島津開槍射殺。克哉大叫署長的時候，舞耶等人已經從島津後麵出現，並且用槍指著他的頭，麗叫舞耶開槍殺了他之際，島津發出陰邪的奸笑，原來他的手下已經用槍包圍著克哉。舞耶和克哉打了一個眼色之後，克哉便開槍發難。
在這一場戰鬥之中，島津和他四個sat手下，也不會發動魔法攻擊，他們隻會開槍和發出催眠彈。尤其要小心他們槍擊的威力很大，隨時一槍便可以致命。玩者可以在物理防禦方麵著手，除了可以使用一些提高防禦力的魔法外，在降魔persona的時候，可以選擇一些物理防禦力高的persona，還有一些擁有對飛具無效或反射的persona，也會對玩者有幫助。把島津打倒之後，克哉上前為他扣上手銬，不過奄奄一息的他仍然覺得自己和新世塾沒錯。相反同樣奄奄一息的署長，為了所犯過的罪而十分後悔，最後想說出新世塾的根據地時不支死去，克哉向死去的署長致敬，paofu也覺得署長是一條好漢。
第十二章paofu的目的
舞耶等人離開野外音樂堂之後，便迴到paofu的工作室。paofu已經掌握了須藤龍藏的所有電話網絡，包括他的住宅，辦公室和手提電話，甚至他用公共電話也可以進行盜聽。眾人終於等到須藤龍藏的動靜，聽他和雲豹的電話內容，他們已經知道島津和署長已經死了，而且還知道是舞耶他們下手的。眾人也驚訝在何時被敵人監視著。雲豹的目的是向須藤取報酬和要求釋放他的弟弟，須藤約他到港南區的廢工場進行交易，到時會交護照、錢和弟弟給他。雲豹叫須藤單人赴約，須藤也答應了他。paofu對眾人說這是一個好機會，跟著便獨自走了出去，臨走時還露出怪異的笑容。由於克哉對於paofu仍然存有戒心，因此便拜托圭調查有關paofu的身份。麗因為擔心paofu獨自行動會有危險，於是便催促眾人去廢工場追paofu。
在某所辦公室之內，一班人在神壇之前開會，神取和千鶴也在人群當中。正在以拐杖行路的人便是現任外相須藤龍藏，這個神秘的地方便是新世塾的總壇。當須藤問及一位麵色不好的男人有關-1的試驗結果時，這個管原陸將便說要迴去測試-1，並且在離開時因不滿須藤龍藏而留下一句「狐假虎威」的說話。現在新世塾的幹部們，同樣擔心稱為「特異點」的少年，害怕會阻礙他們的計劃，而且也開始對禦前的思想有懷疑。聽到這裏的須藤警告他們，禦前的思想是要他們盡力完成使命便行。須藤龍藏一拐一拐地離開之後，其他的幹部也相繼離開，隻餘下神取對著禦前，說須藤隻是個被野心衝葷頭腦的老頭。
舞耶四人為了追上paofu，進入了須藤和雲豹交易的廢工場。paofu和眾人在貨櫃之上看著早已到達的雲豹，但隻見他和數名手下，見不到須藤龍藏的蹤影。忽然見到雲豹和他的手下吃驚的表情，原來並不是須藤龍藏親自前來，隻看到一輛二足步行戰車和一大班士兵。雲豹見狀便立即逃避，隻是他的手下來不及反應已被消滅。paofu看著獨自逃走的雲豹，於是一言不發地獨自追著他。克哉看著paofu的背影道：「那個電話是須藤龍藏為了消滅雲豹而設的陷阱，他是一早知道的」，眾人現在隻好追著paofu。在廢工場這個版圖之內，會有一些輸送帶的機關，在b2的字條中寫著開啟控製室的password「19750326」，進入控製室之後才可以令輸送帶轉方向，跟著便可以到達第2工場找paofu。
第十三章~激戰日輪丸~
當舞耶她們到達了鳴海區的約港口（ヨットハ`バ`），圭的管家鬆岡已經在此等候。他告訴舞耶日輪丸正在珠閑留灣對外10公厘停泊，船的外表和一般遊輪沒有分別，可是內部s大有文章，於是眾人便乘圭的快艇到日輪丸。如果玩者是選擇圭的話，鬆岡會阻止圭參與行動，並說圭為了日後承繼南田家，決不應該幹這件事。但圭不想簡單地承繼業，因此有必要印證自己的力量。鬆岡唯有拜托舞耶她們照顧圭。就在眾人乘快艇出海之後，鬆岡像是向死去了的前管家山岡報告，自言自語說圭已經成長了。為了幫助少主日後的前途，他打電話吩咐人把南田這名字從這事件中消失。
在日輪丸之上，千鶴走進潛水艇的格納地方和神取會麵。神取向她打探「老人」他們的情況，因為快要完成開封的事情，所以「老人」顯得有點坐立不安。由於千鶴已經跟了神取一段相當長的時間，因此對於神取的能力是十分之了解。她問神取為何要被龍藏的差遣，還請他帶領所有人把「老人」趕出去。不過神取顯然對此事不太熱心，他反而對於「特異點」少年和舞耶等人才感到興趣。千鶴問他為何會有這樣的想法，他說可能自己還未曾玩夠。突然二人也聽到一聲巨響，連船身也感到震蕩。神取知到是「特異點」達哉的所為，而且相信各人也會前來，因此便和千鶴二人乘潛艇出發。當神取的潛艇準備下水的時候，日輪丸的船身發生爆炸，看著紅紅火光的神取，麵上帶著一股奇怪的表情。就在潛艇離開的時候，圭的快艇亦趕到現場。
眾人登上日輪丸的甲版之後，便和龍藏的天誅軍展開激烈的槍戰，其間不斷由船上傳來的爆炸聲音。paofu稱讚達哉弄得場麵相當壯觀，可是克哉對弟弟的激烈行動感到擔心。由於對方的天誅軍人數很多，眾人為了要比達哉快找到龍藏，paofu便提議利用另一條道前進，於是舞耶她們便由船頭的入口進入日輪丸之內。日輪丸之內的通道頗為煩複，因此筆者在地圖上加上了標記方便認路。當眾人走到2b的會議室之內，看來很像祭祠的地方。克哉看著從頭頂的光投影在地上而成的地圖，找到海底遺跡的位置在舞取所站立的附近。不過看不見龍藏的蹤影，